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- PDB-8ejr: Kelch domain of human KEAP1 bound to Nrf2 linear peptide, Ac-GDPE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ejr
タイトルKelch domain of human KEAP1 bound to Nrf2 linear peptide, Ac-GDPETGE-NH2
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • Linear peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
キーワードPROTEIN BINDING / Protein interaction / inhibitor / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of epidermal cell differentiation / cellular response to laminar fluid shear stress / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / mediator complex / cellular response to fluid shear stress / cellular response to methionine / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of response to oxidative stress / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of ferroptosis / regulation of innate immune response / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of embryonic development / cellular response to angiotensin / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to glucose starvation / cellular response to copper ion / inclusion body / reactive oxygen species metabolic process / cellular response to interleukin-4 / cell redox homeostasis / transcription coregulator binding / response to ischemia / positive regulation of D-glucose import / actin filament / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Heme signaling / molecular condensate scaffold activity / protein-DNA complex / positive regulation of neuron projection development / centriolar satellite / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / Neddylation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of autophagy / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / ciliary basal body / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like ECH-associated protein 1 / Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Muellers, S.N. / Allen, K.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The benefit of cyclization: a comparison of cyclic and linear peptide inhibitors of the KEAP1/Nrf2 protein-protein interaction
著者: Muellers, S.N. / Allen, K.N. / Whitty, A.
履歴
登録2022年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Linear peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5263
ポリマ－74,5263
非ポリマー00
水5,080282
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8991
ポリマ－36,8991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Linear peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6272
ポリマ－37,6272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.806, 68.909, 77.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.658, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-760-

HOH

21B-796-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 36899.176 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 320-812 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド Linear peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / NF-E2-related factor 2 / NFE2-related factor 2 / Nrf-2 / HEBP1 / Nuclear factor / erythroid derived 2 / like 2


分子量: 727.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16236
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 0.8% PEG monomethyl ether (MME) 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→29.41 Å / Num. obs: 45416 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.31 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.318 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.08→2.154 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4519 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.435 / Rrim(I) all: 0.99 / % possible all: 98.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WFV

5wfv


解像度: 2.08→29.41 Å / SU ML: 0.264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.172
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 1896 4.18 %
Rwork0.2223 43507 -
obs0.2234 45403 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 52 282 4674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00954497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23646126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0736656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3211590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.130.29741350.25753063X-RAY DIFFRACTION98.37
2.13-2.190.26781290.26533065X-RAY DIFFRACTION98.46
2.19-2.250.31431370.25413077X-RAY DIFFRACTION98.59
2.25-2.330.28461370.24953084X-RAY DIFFRACTION98.62
2.33-2.410.29521360.24843084X-RAY DIFFRACTION98.77
2.41-2.510.31751300.2493091X-RAY DIFFRACTION98.93
2.51-2.620.31291330.25463087X-RAY DIFFRACTION99.02
2.62-2.760.30361390.2453108X-RAY DIFFRACTION99.08
2.76-2.930.2491330.23023092X-RAY DIFFRACTION99.23
2.93-3.160.25491380.2293134X-RAY DIFFRACTION99.33
3.16-3.470.25811340.22143113X-RAY DIFFRACTION99.3
3.47-3.980.2131380.20523142X-RAY DIFFRACTION99.48
3.98-5.010.17091350.17273152X-RAY DIFFRACTION99.61
5.01-29.410.2581420.22753215X-RAY DIFFRACTION99.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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