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Yorodumi- PDB-8ejp: Crystal structure of the homeodomain of Platypus sDUX in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ejp | |||||||||
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Title | Crystal structure of the homeodomain of Platypus sDUX in complex with DNA containing 5-Bromouracil | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DUX4 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Ornithorhynchus anatinus (platypus) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.174 Å | |||||||||
Authors | Yin, L.L. / Shi, K. / Aihara, H. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Iscience / Year: 2023 Title: Antagonism among DUX family members evolved from an ancestral toxic single homeodomain protein. Authors: Bosnakovski, D. / Toso, E.A. / Ener, E.T. / Gearhart, M.D. / Yin, L. / Luttmann, F.F. / Magli, A. / Shi, K. / Kim, J. / Aihara, H. / Kyba, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ejp.cif.gz | 105.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ejp.ent.gz | 76.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ejp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ejp_validation.pdf.gz | 465.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ejp_full_validation.pdf.gz | 466.8 KB | Display | |
Data in XML | 8ejp_validation.xml.gz | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8ejp_validation.cif.gz | 9.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/8ejp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/8ejp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ejoC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 8301.640 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ornithorhynchus anatinus (platypus) / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: A0A6I8NF41 #2: DNA chain | | Mass: 5179.400 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #3: DNA chain | | Mass: 5297.276 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.174→59.676 Å / Num. obs: 10466 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 63.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 139973 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Num. unique obs: 523 / Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.174→59.676 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 42.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.52 Å2 / Biso mean: 89.4784 Å2 / Biso min: 52.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.174→59.676 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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