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- PDB-8ejp: Crystal structure of the homeodomain of Platypus sDUX in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ejp
タイトルCrystal structure of the homeodomain of Platypus sDUX in complex with DNA containing 5-Bromouracil
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
  • Homeobox domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DUX4 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ornithorhynchus anatinus (カモノハシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.174 Å
データ登録者Yin, L. / Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR055685 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124165 米国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2023
タイトル: Antagonism among DUX family members evolved from an ancestral toxic single homeodomain protein.
著者: Bosnakovski, D. / Toso, E.A. / Ener, E.T. / Gearhart, M.D. / Yin, L. / Luttmann, F.F. / Magli, A. / Shi, K. / Kim, J. / Aihara, H. / Kyba, M.
履歴
登録2022年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月18日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox domain-containing protein
B: Homeobox domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2046
ポリマ－27,0804
非ポリマー1242
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.499, 74.499, 99.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 21 through 74 or resid 76))
21(chain B and (resid 21 through 74 or resid 76))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 21 through 74 or resid 76))A0
211(chain B and (resid 21 through 74 or resid 76))B0

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要素

#1: タンパク質 Homeobox domain-containing protein


分子量: 8301.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ornithorhynchus anatinus (カモノハシ)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8NF41
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5179.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5297.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.174→59.676 Å / Num. obs: 10466 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 63.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 139973
反射 シェル

Num. unique obs: 523 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.174-2.32912.91.44467390.6490.4161.5041.564.5
7.091-59.67611.50.09160260.9970.0260.0952199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.174→59.676 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 1006 5.27 %
Rwork0.2384 18070 -
obs0.2397 10450 67.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.52 Å2 / Biso mean: 89.4784 Å2 / Biso min: 52.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.174→59.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 691 8 3 1648
Biso mean--75.24 66.57 -
残基数----146
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A561X-RAY DIFFRACTION11.4TORSIONAL
12B561X-RAY DIFFRACTION11.4TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.174-2.210.14740.4652705
2.21-2.250.3221160.361121016
2.25-2.30.3768220.355330924
2.3-2.340.4167240.415946235
2.34-2.390.4348300.389653240
2.39-2.450.2651390.380660546
2.45-2.510.4639330.381566851
2.51-2.580.3648460.377275657
2.58-2.650.5035440.362785663
2.65-2.740.2756410.3792970
2.74-2.840.476430.3685105877
2.84-2.950.4924510.3656114985
2.95-3.080.2116680.3392123492
3.09-3.250.341740.2949128096
3.25-3.450.3318700.2665132099
3.45-3.720.2608780.25491326100
3.72-4.090.2654850.22921307100
4.09-4.680.2214800.19211335100
4.68-5.90.2065930.19521318100
5.9-59.6760.1795650.15771346100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.9086-2.48625.09962.8108-2.458.2013-0.43960.64841.21080.00340.07220.5799-1.32130.22850.35450.6346-0.1101-0.05050.59870.03481.3118-14.791828.74163.4275
22.11731.04872.44566.11183.70599.8843-0.54130.7797-0.3772-0.41390.4143-0.48910.60291.11080.10520.4302-0.06020.08850.7028-0.04081.0922-3.643714.95422.5267
31.24920.69882.05859.79432.52463.5964-0.1416-0.6694-1.20680.8278-0.0073-0.31560.0895-0.02630.13760.382-0.02330.07930.49080.1360.9872-11.588914.06679.7906
42.78142.61313.01469.51221.41286.1071-0.91020.9566-0.7199-1.34220.21960.4327-0.09630.40950.71580.4764-0.18770.010.66310.05851.0527-10.850918.025-2.7718
55.676-5.8354-6.39776.02636.58257.2011-1.40260.0734-1.65670.39860.46330.61210.64510.37610.91740.6461-0.08260.16640.57670.00791.4431-27.27277.25254.8821
61.97593.8171-3.30288.4818-4.1639.8241-0.71570.94820.1627-0.41090.67751.2146-0.2977-1.63310.07480.4294-0.0896-0.04620.74030.13571.0321-38.519320.74022.0785
72.75920.9104-0.08465.3987-4.67868.6891-0.1944-0.24430.90160.69890.48550.3083-1.20360.8535-0.31250.3796-0.02690.0370.4879-0.08031.3466-30.641522.62839.099
83.2018-0.14550.45282.3138-1.41042.1787-0.31440.5083-0.5934-0.53650.2587-0.11720.6166-0.3718-0.29520.2991-0.66220.34670.5222-0.06671.4464-30.749217.0882-2.3408
91.5081-1.5596-1.88494.54750.77632.8347-1.35690.37930.5577-1.49630.2967-0.396-0.49740.25730.3940.7737-0.5143-0.23190.81090.2281.1696-15.332826.7714-7.1027
104.8128-0.59830.93673.2353.66028.9251-0.4996-0.39-0.5744-0.92280.76550.52321.92610.4717-0.35820.8844-0.45580.03971.0209-0.07751.7118-26.87262.5795-4.8912
110.8704-1.02170.13421.1984-0.14640.0207-0.19940.5363-0.8612-0.6380.37720.63010.7845-0.794-0.66710.7353-0.72420.31010.789-0.36831.9593-32.48813.4136-4.0372
121.97251.9056-0.68187.7672-0.78583.1234-0.98991.0040.453-0.8810.33140.5204-0.5147-0.2510.39380.7354-0.4322-0.04871.09540.05261.3424-15.808624.9198-7.6179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 29 )A21 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 47 )A30 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 61 )A48 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 76 )A62 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 21 through 29 )B21 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 30 through 47 )B30 - 47
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 48 through 61 )B48 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 62 through 76 )B62 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 11 through 17 )C11 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 6 )D1 - 6
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 7 through 17 )D7 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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