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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ej5 | ||||||
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タイトル | Tail tip structure of Staphylococcus phage Andhra | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / phage tail | ||||||
機能・相同性 | CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Peptidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus phage Andhra (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kizziah, J.L. / Hawkins, N.C. / Dokland, T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure and host specificity of bacteriophage Andhra. 著者: N'Toia C Hawkins / James L Kizziah / Asma Hatoum-Aslan / Terje Dokland / 要旨: is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages ... is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages with compact genomes that are attractive candidates for therapeutic use. Here, we report the structure of the complete virion of -infecting phage Andhra, determined using high-resolution cryo-electron microscopy, allowing atomic modeling of 11 capsid and tail proteins. The capsid is a = 4 icosahedron containing a unique stabilizing capsid lining protein. The tail includes 12 trimers of a unique receptor binding protein (RBP), a lytic protein that also serves to anchor the RBPs to the tail stem, and a hexameric tail knob that acts as a gatekeeper for DNA ejection. Using structure prediction with AlphaFold, we identified the two proteins that comprise the tail tip heterooctamer. Our findings elucidate critical features for virion assembly, host recognition, and penetration. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ej5.cif.gz | 134.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ej5.ent.gz | 106.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ej5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ej5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ej5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ej5_validation.xml.gz | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ej5_validation.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/8ej5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/8ej5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51675.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus phage Andhra (ファージ) 遺伝子: Andhra_10 / 発現宿主: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) / 参照: UniProt: A0A1S6L1H0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10640.743 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus phage Andhra (ファージ) 発現宿主: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Staphylococcus phage Andhra / タイプ: VIRUS / Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Staphylococcus epidermidis |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 39 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98203 / 対称性のタイプ: POINT |