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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eiu | |||||||||
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タイトル | E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / RNA / thermophile / A loop | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å | |||||||||
![]() | Nissley, A.J. / Penev, P.I. / Watson, Z.L. / Banfield, J.F. / Cate, J.H.D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rare ribosomal RNA sequences from archaea stabilize the bacterial ribosome. 著者: Amos J Nissley / Petar I Penev / Zoe L Watson / Jillian F Banfield / Jamie H D Cate / ![]() 要旨: The ribosome serves as the universally conserved translator of the genetic code into proteins and supports life across diverse temperatures ranging from below freezing to above 120°C. Ribosomes are ...The ribosome serves as the universally conserved translator of the genetic code into proteins and supports life across diverse temperatures ranging from below freezing to above 120°C. Ribosomes are capable of functioning across this wide range of temperatures even though the catalytic site for peptide bond formation, the peptidyl transferase center, is nearly universally conserved. Here we find that Thermoproteota, a phylum of thermophilic Archaea, substitute cytidine for uridine at large subunit rRNA positions 2554 and 2555 (Escherichia coli numbering) in the A loop, immediately adjacent to the binding site for the 3'-end of A-site tRNA. We show by cryo-EM that E. coli ribosomes with uridine to cytidine mutations at these positions retain the proper fold and post-transcriptional modification of the A loop. Additionally, these mutations do not affect cellular growth, protect the large ribosomal subunit from thermal denaturation, and increase the mutational robustness of nucleotides in the peptidyl transferase center. This work identifies sequence variation across archaeal ribosomes in the peptidyl transferase center that likely confers stabilization of the ribosome at high temperatures and develops a stable mutant bacterial ribosome that can act as a scaffold for future ribosome engineering efforts. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 210.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 404.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 01234cdefghijklmnoprstuvwxyz
-RNA鎖 , 5種, 6分子 AXYZab
#6: RNA鎖 | 分子量: 499873.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#27: RNA鎖 | 分子量: 8770.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#28: RNA鎖 | 分子量: 24168.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #29: RNA鎖 | | 分子量: 941809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #30: RNA鎖 | | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#7: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 q
#45: タンパク質 | 分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 7048分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PAR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/8AN.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MET.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PAR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/8AN.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MET.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#55: 化合物 | #56: 化合物 | ChemComp-PAR / | #57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | ChemComp-SPD / #59: 化合物 | #60: 化合物 | ChemComp-SPM / | #61: 化合物 | #62: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1614362 | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114493 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 38.8 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7K00 Accession code: 7K00 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |