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- PDB-8ehh: Crystal structure of the class A extended-spectrum beta-lactamase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ehh
タイトルCrystal structure of the class A extended-spectrum beta-lactamase CTX-M-96 in complex with relebactam at 1.03 Angstrom resolution
要素Beta-lactamase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase inhibitor / DBO / ESBL / ceftazidimase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MK7 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Power, P. / Ghiglione, B. / Bonomo, R.A. / Rodriguez, M.M. / Gutkind, G. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
National Scientific and Technical Research Council (CONICET)11220200100191CO アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT-2018-01550 アルゼンチン
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the class A extended-spectrum beta-lactamase CTX-M-96 in complex with relebactam at 1.03 Angstrom resolution.
著者: Ghiglione, B. / Rodriguez, M.M. / Penzotti, P. / Bethel, C.R. / Gutkind, G. / Bonomo, R.A. / Klinke, S. / Power, P.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年3月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / entity / pdbx_contact_author / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly.details ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Missing anisotropic B-factor
詳細: The actual reason for replacement was a request by one of the reviewers of the submitted manuscript requesting that, due to the high resolution of the structure, anisotropic B-factors and ...詳細: The actual reason for replacement was a request by one of the reviewers of the submitted manuscript requesting that, due to the high resolution of the structure, anisotropic B-factors and hydrogen atoms have to be included in the structure. We agreed with that. A revised manuscript with the updated coordinates will be submitted soon for publication.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4762
ポリマ－28,1261
非ポリマー3501
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.480, 45.590, 117.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28125.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaCTX-M-12 variant, blaCTX-M / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZXB6, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MK7 / (2S,5R)-1-formyl-N-(piperidin-4-yl)-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / MK-7655, bound form


分子量: 350.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: rectangular prisms
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 / 詳細: 1.55 M sodium chloride + 1.55 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.885601 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
詳細: convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885601 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→42.51 Å / Num. obs: 117183 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 9.57 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 30.09
反射 シェル解像度: 1.03→1.067 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 17282 / CC1/2: 0.97 / Rrim(I) all: 0.2 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZNY

3zny


解像度: 1.03→42.51 Å / SU ML: 0.0944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 11.8234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.155 5860 5 %
Rwork0.1385 111308 -
obs0.1393 117168 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→42.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 23 297 2262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18852723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0936319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.802289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.03-1.040.2581540.23432926X-RAY DIFFRACTION78.29
1.04-1.050.25441700.19673229X-RAY DIFFRACTION87.31
1.05-1.070.1791810.17713433X-RAY DIFFRACTION92.22
1.07-1.080.181930.15943663X-RAY DIFFRACTION96.93
1.08-1.090.15741930.14353669X-RAY DIFFRACTION100
1.09-1.110.15921970.13973738X-RAY DIFFRACTION99.95
1.11-1.130.16971950.13063706X-RAY DIFFRACTION99.97
1.13-1.140.14121990.12653783X-RAY DIFFRACTION100
1.14-1.160.13061940.12183684X-RAY DIFFRACTION100
1.16-1.180.14411990.12223773X-RAY DIFFRACTION99.95
1.18-1.20.15331970.12373743X-RAY DIFFRACTION100
1.2-1.220.15411940.12623686X-RAY DIFFRACTION99.97
1.22-1.240.13671960.12433736X-RAY DIFFRACTION100
1.24-1.270.12171990.12623772X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.30.14621970.13473747X-RAY DIFFRACTION99.95
1.3-1.330.14341960.14383713X-RAY DIFFRACTION99.92
1.33-1.360.1631970.14183746X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.40.13611970.12793753X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.440.13712000.12083794X-RAY DIFFRACTION99.95
1.44-1.490.14891980.11493760X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.540.1271980.1183762X-RAY DIFFRACTION99.95
1.54-1.60.13031970.12173748X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.670.15222000.12513785X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.760.15461990.12633781X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.870.14091990.12623793X-RAY DIFFRACTION100
1.87-2.020.13652000.12523806X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.220.13452020.13053825X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.540.13642020.13723852X-RAY DIFFRACTION100
2.54-3.20.17562050.14823884X-RAY DIFFRACTION99.98
3.2-42.510.18942120.16624018X-RAY DIFFRACTION98.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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