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- PDB-8egn: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8egn
タイトルCrystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13643701
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / murC / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase / Cell wall biogenesis / peptidoglycan biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WIR / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13643701
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Hill, P. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9826
ポリマ－67,9532
非ポリマー1,0294
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.690, 75.160, 109.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 5 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 29 or resid 31...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISLEUA3 - 27
d_12ens_1LEUVALA29 - 71
d_13ens_1SERPROA73 - 94
d_14ens_1ALAALAA96 - 125
d_15ens_1VALALAA127 - 146
d_16ens_1GLNALAA149 - 158
d_17ens_1ALAASPA160 - 183
d_18ens_1ASPPROA191 - 231
d_19ens_1VALTHRA233 - 258
d_110ens_1LEUASPA260 - 291
d_111ens_1GLYVALA293 - 309
d_112ens_1701701B
d_113ens_1SO4SO4C
d_21ens_1HISLEUD1 - 25
d_22ens_1LEUVALD27 - 69
d_23ens_1SERPROD71 - 92
d_24ens_1ALAALAD94 - 123
d_25ens_1VALALAD125 - 144
d_26ens_1GLNALAD146 - 155
d_27ens_1ALAPROD157 - 221
d_28ens_1VALTHRD223 - 248
d_29ens_1LEUASPD250 - 281
d_210ens_1GLYVALD283 - 299
d_211ens_1701701E
d_212ens_1SO4SO4F

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.869702402953, 0.473871361018, 0.1380712262), (0.465417930409, 0.694211689762, 0.549050343641), (0.164328574361, 0.541771227554, -0.824305802869)ベクター: -18. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.869702402953, 0.473871361018, 0.1380712262), (0.465417930409, 0.694211689762, 0.549050343641), (0.164328574361, 0.541771227554, -0.824305802869)
ベクター: -18.8192402309, -10.5129874054, 48.7701369697)

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 33976.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411 / プラスミド: PsaeA.00137.b.B5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-WIR / (1R,2S)-1-({4-[(5-tert-butyl-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}amino)-2,3-dihydro-1H-inden-2-ol


分子量: 418.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Molecular Dimensions Morpheus II, optimization screen around condition A1 and A10: 100mM Bis-Tris/HCl pH 6.6, 13% (w/V) PEG 3000, 18%(V/V) 1,2,4-butanetriol, 30mM lithum sulfate, 30mM ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus II, optimization screen around condition A1 and A10: 100mM Bis-Tris/HCl pH 6.6, 13% (w/V) PEG 3000, 18%(V/V) 1,2,4-butanetriol, 30mM lithum sulfate, 30mM potassium sulfate: PseaA.00137.b.B5.PW37941 + 1mM BSI111802/AZ13643701: tray: 325364 b5: cryo: direct: puck fkc8-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1807 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月18日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1807 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 43967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.386 % / Biso Wilson estimate: 42.572 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 21.98
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-26.0280.6182.6132190.8520.677100
2-2.066.6940.4823.5931200.9230.523100
2.06-2.126.5670.3674.7330520.9520.399100
2.12-2.186.4370.2855.8629440.9660.31100
2.18-2.256.630.2357.2428810.9790.255100
2.25-2.336.4150.1789.2627700.9880.194100
2.33-2.426.7150.14411.5726910.9920.157100
2.42-2.526.5320.11713.8725950.9960.128100
2.52-2.636.4130.09916.2624580.9960.108100
2.63-2.766.5290.07620.924010.9970.083100
2.76-2.916.3940.0626.4322770.9980.065100
2.91-3.086.550.04932.4621310.9990.053100
3.08-3.36.210.03938.1520330.9990.04299.9
3.3-3.566.4180.03245.6319040.9990.03599.9
3.56-3.96.1420.02850.5217350.9990.03199.9
3.9-4.366.2140.02656.4515940.9990.02999.9
4.36-5.035.8810.02457.3414310.9990.02799.9
5.03-6.175.9590.02656.2712060.9990.02899.9
6.17-8.725.7970.02357.989640.9990.026100
8.72-505.4010.0260.6156110.02398.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1 4694精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 6X9N as per MoRDa, MurC same crystal form

6x9n


解像度: 1.95→37.7 Å / SU ML: 0.2162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3059
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 2003 4.56 %0
Rwork0.1794 41949 --
obs0.1812 43952 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 72 281 4840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00694690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87836406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.39241657
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.78900693949 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.26661820.24722928X-RAY DIFFRACTION99.94
2-2.050.2941600.22112944X-RAY DIFFRACTION99.97
2.05-2.110.25171510.20982928X-RAY DIFFRACTION99.94
2.11-2.180.25921360.20272955X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.260.25461370.20332987X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.350.2351490.19742948X-RAY DIFFRACTION99.94
2.35-2.460.24911500.18842945X-RAY DIFFRACTION99.94
2.46-2.590.26281250.19523005X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.750.21981330.19782992X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.2771150.20543034X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.260.22271540.19133000X-RAY DIFFRACTION99.9
3.26-3.730.21941350.1753009X-RAY DIFFRACTION99.94
3.73-4.70.18291280.14553075X-RAY DIFFRACTION99.88
4.7-37.70.18341480.16533199X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.652093538051.237893900381.478155398981.759987395860.8457755549774.963142076860.0915635339397-0.02316319185080.2066327577970.1861203294240.0199394385790.0681368654973-0.0498195104449-0.134969405656-0.1119607927740.281257970140.03716155403290.002495345013430.208989193535-0.01072104334910.22535497501-2.67823893161-1.1191792366848.266458268
22.91117739445-0.523583208502-0.534464441371.73953163227-0.1009663634813.929204598030.0142857378417-0.195345768348-0.27318014246-0.0146862240725-0.01900602142380.03395148046260.1496270257670.170323545602-0.02042102950040.213875375232-0.02471396615830.005596378461510.209587925850.04818388302240.26451037501111.8698963241-1.5054519520820.2752767089
33.45463996756-0.743828547321-0.2818923448723.608904167131.021228280496.49233459462-0.01754663694090.2739509424940.276694353507-0.2071675471610.008552175501840.209494371661-0.5272368885970.184172420170.01340875214640.404797169253-0.110016246634-0.02625483907770.2909937707650.03913044111090.370286729124-11.613138092715.91697575676.55544546539
42.06616807704-0.272595654624-2.56560181860.1186558568740.7227128543175.031878025770.1014077387620.06778083008250.0876380111435-0.1433602153720.04119875064090.0233945894756-0.187805502581-0.142352925123-0.1558302132030.295558011886-0.0351769737326-0.04232528031530.2611989259770.02701122231480.304241203369-18.042661330510.902265936119.7952716785
53.05702711323-0.20175955898-1.020998563122.85720278733-0.4760395836472.94884369787-0.04257679479480.0498226101783-0.260248498712-0.170746717158-0.04666629618050.02138866190080.347942103085-0.1239633997770.1221555151860.284910947284-0.0711637366595-0.04455391503080.246045673962-0.02799355665790.239405405256-23.9294926481-1.1445786438533.57986553
64.537023505161.18407551921-2.385563293297.67766475311.08162677294.08093130858-0.0616958723951-0.07984241580730.1590204593010.04769448104110.1009877413970.567109571277-0.268003875208-0.453629433189-0.01928132167530.2102979870430.0276543454228-0.01589305922740.3159248865850.03531108415210.262341972364-33.711583231811.899409671238.9834697441
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 107 )AA3 - 1071 - 105
22chain 'A' and (resid 108 through 313 )AA108 - 313106 - 309
33chain 'B' and (resid 5 through 81 )BD5 - 811 - 77
44chain 'B' and (resid 82 through 158 )BD82 - 15878 - 151
55chain 'B' and (resid 159 through 257 )BD159 - 257152 - 243
66chain 'B' and (resid 258 through 313 )BD258 - 313244 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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