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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eej | ||||||
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タイトル | C. ammoniagenes monoamine oxidase (MAO) C424S variant bound to dopamine | ||||||
要素 | Amine oxidase | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / Flavoenzyme / substrate | ||||||
機能・相同性 | Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-DOPAMINE / Amine oxidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Muellers, S.N. / Allen, K.N. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Structural Insights into the Substrate Range of a Bacterial Monoamine Oxidase. 著者: Muellers, S.N. / Tararina, M.A. / Kuzmanovic, U. / Galagan, J.E. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eej.cif.gz | 202.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eej.ent.gz | 156.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eej_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eej_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8eej_validation.xml.gz | 38.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eej_validation.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eej | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8eefC 8eegC 8eehC 8eeiSC 8eekC 8eelC 8eemC 8eenC 8eeoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50006.410 Da / 分子数: 2 / 変異: C424S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア) 遺伝子: CA40472_00570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A807MR40 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10 - 15% w/v PEG-3350, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.977 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→29.82 Å / Num. obs: 147936 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 13.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.596 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 14311 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.303 / Rrim(I) all: 0.737 / % possible all: 97.59 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8EEI 解像度: 1.54→29.82 Å / SU ML: 0.1497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6904 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→29.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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