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万見
- PDB-8eec: Crystal structure of HPK1 citron-homology domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eec
タイトルCrystal structure of HPK1 citron-homology domain
要素Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / beta-propeller / scaffolding
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, P. / Lehoux, I. / Wang, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: HPK1 citron homology domain regulates phosphorylation of SLP76 and modulates kinase domain interaction dynamics
著者: Chitre, A.S. / Wu, P. / Walters, B.T. / Wang, X. / Bouyssou, A. / Du, X. / Lehoux, I. / Fong, R. / Arata, A. / Chan, J. / Wang, D. / Franke, Y. / Grogan, J.L. / Mellman, I. / Comps-Agrar, L. / Wang, W.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9697
ポリマ－37,3991
非ポリマー5706
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.667, 81.667, 140.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 37399.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.85 Å / Num. obs: 17174 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 218660
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.6413.31.393253724490.7010.3951.4462.1100
7.91-46.8510.50.03968226490.9990.0130.04157.799.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.614 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 1585 5.05 %
Rwork0.2084 29828 -
obs0.2108 17114 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.76 Å2 / Biso mean: 57.8319 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.614 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2429 0 30 94 2553
Biso mean--97.06 49.06 -
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.923424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.513913
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.58070.33561500.30622702
2.5807-2.6730.39631420.29732703
2.673-2.780.40261540.29942688
2.78-2.90650.30221580.26172724
2.9065-3.05970.28581510.2352702
3.0597-3.25130.29521500.22352712
3.2513-3.50230.23641680.20532681
3.5023-3.85450.30771240.20242747
3.8545-4.41190.21391480.17132684
4.4119-5.55680.19541320.16232730
5.5568-44.60.19571080.19822755
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.8661 Å / Origin y: 30.5038 Å / Origin z: 57.0361 Å
111213212223313233
T0.1263 Å20.0879 Å20.0059 Å2-0.2486 Å20.0133 Å2--0.1514 Å2
L0.0558 °20.0188 °20.0573 °2-0.0523 °2-0.0196 °2--0.0631 °2
S-0.1049 Å °-0.156 Å °-0.0388 Å °0.0706 Å °0.1506 Å °-0.0171 Å °-0.0706 Å °-0.0633 Å °0.0292 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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