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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eec | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HPK1 citron-homology domain | ||||||
要素 | Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / scaffolding (足場) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, P. / Lehoux, I. / Wang, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: HPK1 Citron Homology Domain Serves as a Scaffold to Promote Phosphorylation of SLP76 著者: Chitre, A. / Wu, P. / Walters, B. / Wang, X. / Du, X. / Lehoux, I. / Fong, R. / Arata, A. / Frnake, Y. / Grogan, J.L. / Mellman, I. / Camps-Agrar, L. / Wang, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eec.cif.gz | 137.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eec.ent.gz | 107.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eec | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37399.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→46.85 Å / Num. obs: 17174 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 218660 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.614 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.76 Å2 / Biso mean: 57.8319 Å2 / Biso min: 11.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→44.614 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 60.8661 Å / Origin y: 30.5038 Å / Origin z: 57.0361 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |