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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ee9 | |||||||||||||||
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タイトル | Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAATGGGG) | |||||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / protein-DNA complex / ETS family / ETS / PU.1 / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / STAT family protein binding / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development ...positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / STAT family protein binding / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / pericyte cell differentiation / defense response to tumor cell / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of p38MAPK cascade / DNA-binding transcription repressor activity / positive regulation of B cell differentiation / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / interleukin-6-mediated signaling pathway / NFAT protein binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein sequestering activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of granulopoiesis / regulation of erythrocyte differentiation / histone deacetylase binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Terrell, J.R. / Poon, G.M.K. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA selection by the master transcription factor PU.1. 著者: Terrell, J.R. / Taylor, S.J. / Schneider, A.L. / Lu, Y. / Vernon, T.N. / Xhani, S. / Gumpper, R.H. / Luo, M. / Wilson, W.D. / Steidl, U. / Poon, G.M.K. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e3kSC ![]() 8e3rC ![]() 8e4hC ![]() 8e5yC ![]() 8ebhC ![]() 8ej6C ![]() 8ej8C ![]() 8ek3C ![]() 8ek8C ![]() 8ekjC ![]() 8ekuC ![]() 8ekvC ![]() 8ekzC ![]() 8em9C ![]() 8emdC ![]() 8engC ![]() 8eo1C ![]() 8eo4C ![]() 8eqgC ![]() 8eqkC ![]() 8eqlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5044.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4750.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: タンパク質 | 分子量: 12436.583 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETS-Domain UNP residues 165-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月2日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→33.29 Å / Num. obs: 59154 / % possible obs: 96.88 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03986 / Rpim(I) all: 0.02504 / Rrim(I) all: 0.04735 / Net I/σ(I): 18.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.264 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3852 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / Num. unique obs: 5594 / CC1/2: 0.917 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.2433 / Rrim(I) all: 0.4584 / % possible all: 92.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8E3K 解像度: 1.22→33.29 Å / SU ML: 0.0891 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.19 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→33.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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