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万見
- PDB-8edt: E. coli Pyruvate kinase (PykF) T462I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edt
タイトルE. coli Pyruvate kinase (PykF) T462I
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / Long term evolution experiment / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other governmentUS Army Research Office W911NF-11-1-0481
National Science Foundation (NSF, United States)DEB-1253650 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Beneficial mutations occurring in E. coli pyruvate kinase afford new allosteric mechanisms leading to faster resumption of growth
著者: Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F.
履歴
登録2022年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6092
ポリマ－101,6092
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase

A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,2184
ポリマ－203,2184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area8090 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area70020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.680, 247.412, 129.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate kinase


分子量: 50804.379 Da / 分子数: 2 / 変異: T462I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pykF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TL68, pyruvate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1M (Imidazole; MES monohydrate (acid)), 30% v/v (40% v/v ...詳細: 0.1 M (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1M (Imidazole; MES monohydrate (acid)), 30% v/v (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000), 100uM 1,8-ANS

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→40.89 Å / Num. obs: 71661 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.69
反射 シェル解像度: 2.09→2.165 Å / Rmerge(I) obs: 0.7768 / Num. unique obs: 7046 / CC1/2: 0.335 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YNG

4yng


解像度: 2.09→40.89 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 3091 4.31 %
Rwork0.2177 68570 -
obs0.2185 71661 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.51 Å2 / Biso mean: 45.5312 Å2 / Biso min: 11.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6935 0 0 65 7000
Biso mean---30 -
残基数----926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.120.27711060.32533062316898
2.12-2.160.33651510.304730953246100
2.16-2.190.34781440.302930663210100
2.19-2.230.32491360.295830913227100
2.23-2.280.29411790.278130283207100
2.28-2.320.30761250.263331253250100
2.32-2.370.26881250.257430693194100
2.37-2.430.24621250.25531173242100
2.43-2.490.28631250.246631573282100
2.49-2.560.27061250.252630633188100
2.56-2.630.25221250.248731053230100
2.63-2.720.24672500.236829913241100
2.72-2.810.25141250.233531373262100
2.81-2.930.26351250.23631073232100
2.93-3.060.29061250.240731333258100
3.06-3.220.30721250.249231403265100
3.22-3.420.23921250.240331523277100
3.42-3.690.21811250.208331483273100
3.69-4.060.24191250.194231723297100
4.06-4.640.18422500.162830533303100
4.64-5.850.19721250.174932083333100
5.85-40.890.17751250.172533513476100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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