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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8edr | |||||||||
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タイトル | E. coli pyruvate kinase (PykF) P70Q | |||||||||
![]() | Pyruvate kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Pyruvate kinase / Long term evolution experiment / Kinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Beneficial mutations occurring in E. coli pyruvate kinase afford new allosteric mechanisms leading to faster resumption of growth 著者: Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 333.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 273.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8edqC ![]() 8edsC ![]() 8edtC ![]() 8eq0C ![]() 8eq1C ![]() 8eq3C ![]() 8eu4C ![]() 4yngS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50823.340 Da / 分子数: 2 / 変異: P70Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12M (0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol; 0.3M Pentaethylene glycol), 0.1M (1.0M Imidazole; MES monohydrate (acid)), 30% v/v (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→41.83 Å / Num. obs: 33761 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03724 / Net I/σ(I): 19.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.734 Å / Rmerge(I) obs: 0.3222 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 2381 / CC1/2: 0.796 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YNG 解像度: 2.64→41.83 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 168.68 Å2 / Biso mean: 37.1334 Å2 / Biso min: 10.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.64→41.83 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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