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万見
- PDB-8edp: Crystal structure of a three-tetrad, parallel, and K+ stabilized ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edp
タイトルCrystal structure of a three-tetrad, parallel, and K+ stabilized homopurine G-quadruplex from human chromosome 7
要素DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / G-quadruplex (グアニン四重鎖) / parallel / propeller loops / three-tetrad
機能・相同性: / N-METHYLMESOPORPHYRIN / COBALT HEXAMMINE(III) / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ye, M. / Yatsunyk, L.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA253134 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Homopurine guanine-rich sequences in complex with N-methyl mesoporphyrin IX form parallel G-quadruplex dimers and display a unique symmetry tetrad.
著者: Ye, M. / Chen, E.V. / Pfeil, S.H. / Martin, K.N. / Atrafi, T. / Yun, S. / Martinez, Z. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2022年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9077
ポリマ－8,0091
非ポリマー8986
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area5150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.583, 40.927, 56.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

K

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 8009.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MMP / N-METHYLMESOPORPHYRIN / 3,8,13,17,23-ペンタメチル-7,12-ジエチル-21H,23H-ポルフィリン-2,18-ジプロパン酸


分子量: 580.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H40N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
解説: Red crystals in cubic, rhombus, or square prism shapes
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05M MES 6.5, 0.3M potassium chloride, 40% MPD, 0.005M Hexaammine cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→56.02 Å / Num. obs: 5027 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 62.16 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 374 / CC1/2: 0.447

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
Aimless1.19.2_4158データスケーリング
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G0F

4g0f


解像度: 2.01→28.01 Å / SU ML: 0.3468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.99
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 497 9.99 %
Rwork0.2432 4476 -
obs0.2468 4973 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 472 44 5 521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4832898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.1241230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.210.43751210.3731094X-RAY DIFFRACTION99.02
2.21-2.530.34891220.30531098X-RAY DIFFRACTION99.35
2.53-3.190.33091240.30561115X-RAY DIFFRACTION98.88
3.19-28.010.24991300.21481169X-RAY DIFFRACTION98.11
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.76191104192 Å / Origin y: 15.4476523302 Å / Origin z: 4.58538821286 Å
111213212223313233
T0.400865420473 Å20.0355730058433 Å20.0086329612202 Å2-0.535133595573 Å20.128500554488 Å2--0.446232659791 Å2
L7.28805699095 °21.732883136 °2-0.337139431567 °2-9.60754369905 °22.7890431099 °2--9.27446782266 °2
S0.0196716831373 Å °-0.143297067281 Å °0.072263839968 Å °0.324655474228 Å °-0.258104213831 Å °0.366386467567 Å °0.11663700269 Å °0.594211897316 Å °0.0630329815375 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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