[日本語] English
万見
- PDB-8edn: Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edn
タイトルCryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer
要素Isoform I of Neurofibromin
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase activating protein / Ras signaling / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / negative regulation of Schwann cell migration / Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / negative regulation of Schwann cell migration / Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation / amygdala development / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / vascular associated smooth muscle cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / mast cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / regulation of intracellular signal transduction / regulation of cell-matrix adhesion / regulation of blood vessel endothelial cell migration / forebrain morphogenesis / cell communication / smooth muscle tissue development / hair follicle maturation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / sympathetic nervous system development / camera-type eye morphogenesis / myeloid leukocyte migration / peripheral nervous system development / negative regulation of neurotransmitter secretion / phosphatidylcholine binding / myelination in peripheral nervous system / metanephros development / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of long-term synaptic potentiation / endothelial cell proliferation / collagen fibril organization / regulation of bone resorption / regulation of postsynapse organization / artery morphogenesis / neural tube development / adrenal gland development / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of protein import into nucleus / forebrain astrocyte development / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / spinal cord development / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / pigmentation / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / neuroblast proliferation / positive regulation of GTPase activity / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of cell-matrix adhesion / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / negative regulation of stem cell proliferation / skeletal muscle tissue development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAPK cascade / extracellular matrix organization / positive regulation of endothelial cell proliferation / osteoclast differentiation / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / stem cell proliferation / GTPase activator activity / wound healing / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / liver development / cerebral cortex development / brain development / visual learning / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cognition / protein import into nucleus / Regulation of RAS by GAPs / osteoblast differentiation / long-term synaptic potentiation / MAPK cascade / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to heat / heart development / presynapse / regulation of gene expression / actin cytoskeleton organization / neuron apoptotic process / fibroblast proliferation / angiogenesis / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain ...: / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Darling, J.E. / Merk, A. / Grisshammer, R. / Ognjenovic, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer
著者: Ognjenovic, J. / Merk, A.
履歴
登録2022年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月20日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform I of Neurofibromin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,4111
ポリマ－317,4111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Isoform I of Neurofibromin / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 317410.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21359
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Full-length human NF1_body4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.32 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 200
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 9.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161208 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00229847
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48940883
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9714663
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0384970
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035354

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る