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- PDB-8edk: Structure of C. elegans UNC-6 LamN and EGF domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edk
タイトルStructure of C. elegans UNC-6 LamN and EGF domains
要素Netrin unc-6
キーワードSIGNALING PROTEIN / Secreted Protein / Axon Guidance Cue / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sensory neuron axon guidance / regulation of motor neuron axon guidance / interneuron axon guidance / positive regulation of anterior/posterior axon guidance / regulation of dorsal/ventral axon guidance / mesodermal cell migration / gonad morphogenesis / positive regulation of locomotion / nematode male tail tip morphogenesis / dorsal/ventral axon guidance ...regulation of sensory neuron axon guidance / regulation of motor neuron axon guidance / interneuron axon guidance / positive regulation of anterior/posterior axon guidance / regulation of dorsal/ventral axon guidance / mesodermal cell migration / gonad morphogenesis / positive regulation of locomotion / nematode male tail tip morphogenesis / dorsal/ventral axon guidance / netrin-activated signaling pathway / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / ventral cord development / sensory neuron axon guidance / tissue development / motor neuron axon guidance / positive regulation of synapse assembly / dendrite morphogenesis / negative regulation of microtubule polymerization / dendrite development / basement membrane / regulation of cell migration / axon guidance / animal organ morphogenesis / neuron projection development / axon / signaling receptor binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain ...Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Priest, J.M. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS097161 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM138826 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the formation of repulsive netrin guidance complexes.
著者: Priest, J.M. / Nichols, E.L. / Smock, R.G. / Hopkins, J.B. / Mendoza, J.L. / Meijers, R. / Shen, K. / Ozkan, E.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin unc-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2636
ポリマ－49,7691
非ポリマー1,4945
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.243, 70.243, 287.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Netrin unc-6 / Uncoordinated protein 6


分子量: 49769.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-6, unc-106, F41C6.1 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34710

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 34分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→200 Å / Num. obs: 25806 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 76.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 19.43
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 2.164 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 4008 / CC1/2: 0.7 / Rrim(I) all: 2.245 / Rsym value: 2.164 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model for UNC-6

解像度: 2.5→68.23 Å / SU ML: 0.4799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1919
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 1297 5.04 %
Rwork0.22 24451 -
obs0.222 25748 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→68.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 95 31 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89864542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0497501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.06281260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.60.55151380.46452632X-RAY DIFFRACTION98.16
2.6-2.720.36161320.3322628X-RAY DIFFRACTION98.68
2.72-2.860.31271520.27572631X-RAY DIFFRACTION98.93
2.86-3.040.31841220.28622707X-RAY DIFFRACTION98.88
3.04-3.280.37351530.28182645X-RAY DIFFRACTION98.31
3.28-3.610.27281230.22842718X-RAY DIFFRACTION99.2
3.61-4.130.25511620.21492751X-RAY DIFFRACTION99.52
4.13-5.20.20251480.16692756X-RAY DIFFRACTION99.32
5.2-68.230.23511670.20322983X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7709895045-0.109761838911.279991641722.647960082130.9352898660467.41768086747-0.268254590090.4488989325470.355352112073-0.0268079029056-0.195965441334-0.0893732365077-0.8135194394980.3224755004660.5435565560590.5273197222370.05984893693610.07833711027070.4372330738040.1437657141420.61343709455821.503931641631.859205834210.7128752787
22.10072327384-0.155220744818-0.5105080927571.971737620930.6564223573554.29395969305-0.0842590500480.140018448889-0.0663564798780.0982567144514-0.1736702909250.293952723671-0.125759204541-0.6445351603780.2761778375250.444286107668-0.05105058138530.03959450522150.456510609054-0.01378426422320.56951346873210.034202678630.750425676514.1032237825
32.42936922983-1.155784493231.204173552473.27992775143-4.335488411057.155117933530.0978572788067-0.1901917690730.04446602498680.190142582702-0.437742106448-0.451277413037-0.1267815438120.6679124018010.3164456352420.587598390855-0.104876970659-0.1001888796360.7681110902770.1240180900450.65385350739139.583289587616.779672526244.82902437
45.19361525651-3.563704119423.964466789526.82594496209-5.868741852585.335088529730.00913723106212-0.771369591731-0.08600853501860.01976378374470.9537301990440.76975204497-0.0946074802472-1.65271866173-1.095789132870.6601849819080.0328114641337-0.08027474839211.08929690820.2099731578270.88913467165256.3845481837-7.7841081691576.0933097423
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 33 through 92 )33 - 921 - 53
22chain 'A' and (resid 93 through 299 )93 - 29954 - 246
33chain 'A' and (resid 300 through 406 )300 - 406247 - 353
44chain 'A' and (resid 407 through 465 )407 - 465354 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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