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万見
- PDB-8edi: Structure of C. elegans UNC-5 IG 1+2 Domains bound to Heparin dp4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edi
タイトルStructure of C. elegans UNC-5 IG 1+2 Domains bound to Heparin dp4
要素Netrin receptor unc-5
キーワードPROTEIN BINDING / Cell surface receptor / Axon Guidance / Signaling / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


distal tip cell migration / Netrin-1 signaling / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of anterior/posterior axon guidance / regulation of dorsal/ventral axon guidance / gonad morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / mesodermal cell migration / netrin receptor activity / dorsal/ventral axon guidance ...distal tip cell migration / Netrin-1 signaling / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of anterior/posterior axon guidance / regulation of dorsal/ventral axon guidance / gonad morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / mesodermal cell migration / netrin receptor activity / dorsal/ventral axon guidance / chemorepulsion of axon / netrin-activated signaling pathway / positive regulation of locomotion / ventral cord development / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / commissural neuron axon guidance / motor neuron axon guidance / negative regulation of microtubule polymerization / axonal growth cone / positive regulation of axon extension / protein tyrosine kinase binding / membrane raft / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Death domain profile. / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily ...UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Death domain profile. / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin receptor unc-5
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Priest, J.M. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS097161 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM138826 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the formation of repulsive netrin guidance complexes.
著者: Priest, J.M. / Nichols, E.L. / Smock, R.G. / Hopkins, J.B. / Mendoza, J.L. / Meijers, R. / Shen, K. / Ozkan, E.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin receptor unc-5
B: Netrin receptor unc-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6705
ポリマ－46,3742
非ポリマー2,2963
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area22220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.460, 69.460, 424.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 2 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 159 or resid 161 through 903))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPILEA1 - 158
d_12ens_1ALAHISA160 - 200
d_13ens_1NAGNAGB
d_14ens_1NAGNAGC
d_15ens_1FUCFUCD
d_21ens_1ASPILEE1 - 158
d_22ens_1ALAHISE160 - 200
d_23ens_1NAGNAGF
d_24ens_1NAGNAGG
d_25ens_1FUCFUCC

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.535665366599, -0.842344850865, 0.0593107683968), (-0.841123208806, 0.526039550849, -0.125674733142), (0.0746616543779, -0.117207265831, -0.990296972732)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.535665366599, -0.842344850865, 0.0593107683968), (-0.841123208806, 0.526039550849, -0.125674733142), (0.0746616543779, -0.117207265831, -0.990296972732)
ベクター: 4.67759319331, 8.15166607083, 65.6829015097)

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要素

#1: タンパク質 Netrin receptor unc-5 / Uncoordinated protein 5


分子量: 23186.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-5, B0273.4 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q26261
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)- ...4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1154.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 4% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 16% (w/v) PEG 8000, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→49.1 Å / Num. obs: 21299 / % possible obs: 58 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 53.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.11→2.3 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1065 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.43 / Rrim(I) all: 1.72 / Rsym value: 1.66 / % possible all: 24.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EDC

8edc


解像度: 2.11→49.1 Å / SU ML: 0.3186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.3254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 1065 5 %
Rwork0.2402 20234 -
obs0.2419 21299 58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3079 0 146 18 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00983359
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17814587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0987569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.03631317
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.957894604009 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.20.5373190.3742367X-RAY DIFFRACTION8.73
2.2-2.320.4148410.3996765X-RAY DIFFRACTION17.95
2.32-2.460.4423580.35521097X-RAY DIFFRACTION25.94
2.46-2.650.4354840.39171604X-RAY DIFFRACTION37.53
2.65-2.920.33551500.3392867X-RAY DIFFRACTION66.38
2.92-3.340.35972290.3274347X-RAY DIFFRACTION99.59
3.34-4.210.2882330.22884414X-RAY DIFFRACTION99.94
4.21-49.10.20812510.18824773X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.40127831556-0.883226587357-0.4025280912016.626452712542.987482981276.400870094290.123799061704-1.018963732310.4497879529590.626562189087-0.424716055981.2323482783-0.0620738552887-0.8790118048190.2358270027670.44732007597-0.212702519972-0.01672331061170.865214231459-0.1016296585010.773897855827-3.1895601506-21.508789094147.7083683105
24.043043116210.543262132691-0.804261198531.42398917921-1.416953282125.38334782283-0.1810813730680.6839658445780.226652883877-0.1447565307340.0870906479042-0.135210536268-0.1919922877350.03962619614550.06308802109920.511827712002-0.259295331896-0.1603915099540.5212318402720.08378830328250.41400196914212.9416570734-21.48841488678.67095415824
35.1105736158-1.155522782091.440817270089.13141366039-6.305294311147.15493801591-0.5965394843780.1111470580690.945954634003-0.1119866030030.4452260492910.215163003265-0.900487156633-0.846091538424-0.008723924288780.724854239283-0.0706027827309-0.2764999274680.4123043215060.01579044272010.60430217901623.7416588719-5.6503627201724.7039551635
45.62088469506-2.5517734889-0.1486566635048.29999963654-1.119818326625.90363402883-0.3823200073990.6723900851011.038134860130.137497006778-0.236341138676-0.971428563849-0.4628455409370.7333674583420.5065901074170.609096494021-0.20286973447-0.2800213148480.4605065332730.08842190602720.67541009260629.4105466558-7.1946006997419.225347111
51.703171920450.275262279738-0.7006478340423.165764238160.1423492588475.373800121360.15241805839-0.5602441351520.1541352594610.794521941192-0.466792142290.7002377940680.240250565833-0.4014082458910.3256415015470.688447752459-0.2032984494220.03999517211640.578950413108-0.1726398338510.49222017705816.1766845953-15.957004574360.9515095003
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 2 through 103 )BE2 - 1031 - 102
22chain 'B' and (resid 104 through 201 )BE104 - 201103 - 200
33chain 'A' and (resid 2 through 28 )AA2 - 281 - 27
44chain 'A' and (resid 29 through 103 )AA29 - 10328 - 102
55chain 'A' and (resid 104 through 201 )AA104 - 201103 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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