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万見
- PDB-8edh: Identification of a class of WNK isoform-specific inhibitors thro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edh
タイトルIdentification of a class of WNK isoform-specific inhibitors through high-throughput screening
要素Serine/threonine-protein kinase WNK3
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / WNK3 / kinase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ion transmembrane transporter activity / negative regulation of pancreatic juice secretion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion import / positive regulation of sodium ion transport / non-membrane-bounded organelle assembly / potassium channel inhibitor activity ...positive regulation of ion transmembrane transporter activity / negative regulation of pancreatic juice secretion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion import / positive regulation of sodium ion transport / non-membrane-bounded organelle assembly / potassium channel inhibitor activity / positive regulation of calcium ion transport / cellular hyperosmotic response / osmosensory signaling pathway / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / cell volume homeostasis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / maintenance of blood-brain barrier / bicellular tight junction / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / peptidyl-threonine phosphorylation / Stimuli-sensing channels / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WGK / Serine/threonine-protein kinase WNK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.111 Å
データ登録者Akella, R. / Goldsmith, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP190421 米国
引用ジャーナル: Drug Des Devel Ther / 年: 2023
タイトル: Identification of a Class of WNK Isoform-Specific Inhibitors Through High-Throughput Screening.
著者: Chlebowicz, J. / Akella, R. / Humphreys, J.M. / He, H. / Kannangara, A.R. / Wei, S. / Posner, B. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年4月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK3
C: Serine/threonine-protein kinase WNK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6343
ポリマ－67,2762
非ポリマー3581
水2,846158
1
A: Serine/threonine-protein kinase WNK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9962
ポリマ－33,6381
非ポリマー3581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Serine/threonine-protein kinase WNK3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6381
ポリマ－33,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.976, 112.473, 66.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.268, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 137 - 406 / Label seq-ID: 20 - 289

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK3 / Protein kinase lysine-deficient 3 / Protein kinase with no lysine 3


分子量: 33637.930 Da / 分子数: 2 / 変異: S308A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Kinase domain of WNK3 with S308A mutation / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNK3, KIAA1566, PRKWNK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BYP7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-WGK / ethyl 1-(5,7-dimethoxy-4-methylquinolin-2-yl)piperidine-4-carboxylate


分子量: 358.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: plates
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Sodium Malonate pH 5.0 and 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→27.8 Å / Num. obs: 13357 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 44.4 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.11→4.8 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 674 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FPQ

5fpq


解像度: 3.111→26.485 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / WRfactor Rfree: 0.285 / WRfactor Rwork: 0.178 / SU B: 27.783 / SU ML: 0.457 / Average fsc free: 0.9415 / Average fsc work: 0.9742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.665 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2911 1046 9.634 %10%
Rwork0.1857 9811 --
all0.196 ---
obs-10857 81.301 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 69.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.239 Å20 Å20.213 Å2
2---1.259 Å2-0 Å2
3---0.884 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.111→26.485 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4126 0 26 158 4310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0124239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.6545709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7575511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.5111024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.82910791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.7710180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.22168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22876
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2530.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2020.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.676.8642059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.4510.2742566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4477.3252180
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.26410.7973143
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.552130.26217765
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1730.057596
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.172750.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.172750.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.111-3.190.379200.252170.269860.90.96124.03650.232
3.19-3.2770.349370.2823250.299300.9290.94938.92470.258
3.277-3.370.381420.2824650.2929280.9080.94754.63360.25
3.37-3.4720.271520.2745490.2748810.9370.95368.21790.236
3.472-3.5840.348730.2475810.268620.9170.96175.87010.216
3.584-3.7070.353650.2286440.248510.9160.96783.31380.199
3.707-3.8440.338520.2187390.2278060.9240.9798.1390.192
3.844-3.9980.28830.1917010.27880.9450.97799.49240.172
3.998-4.1710.323850.1836600.1997480.9290.97999.59890.159
4.171-4.3690.247600.1676500.1747130.9580.98299.57920.155
4.369-4.5990.258720.1456130.1576880.960.98699.5640.139
4.599-4.8690.267640.1475680.1596460.9570.98697.83280.14
4.869-5.1920.245730.135310.1436150.9670.9998.21140.133
5.192-5.590.292550.1515050.1655870.9540.98695.40030.151
5.59-6.0970.283520.1774570.1895130.9560.98299.22030.182
6.097-6.7720.364490.1944290.2114810.9280.97999.37630.199
6.772-7.7350.233370.1553920.1624320.9730.98499.30560.172
7.735-9.2780.206270.1343430.1393730.9760.98999.19570.174
9.278-12.3830.308290.1782610.193040.9430.98395.39470.22
12.383-26.4850.255190.2491810.2492000.9440.9531000.327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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