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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8edb | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-CGCGAATTCGCG-3' and an AT-specific binder (DB1884) complex | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / SMALL MOLECULE / MINOR GROOVE | 機能・相同性 | 4,4'-(1H-indole-2,6-diyl)dibenzenecarboximidamide / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences. 著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 388.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 388.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ec1C ![]() 8ed6C ![]() 8edaC ![]() 8f1sC ![]() 8f1vC ![]() 8f20C ![]() 8f2wC ![]() 8f2yC ![]() 8f94C ![]() 8fb4C ![]() 8fdpC ![]() 8fdqC ![]() 8fdrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DC / Beg label comp-ID: DC / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Label seq-ID: 1 - 12
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: A self-complementary DNA (5'-CGCGAATTCGCG-3') bound by the ligand DB1884. 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-884 / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→25.24 Å / Num. obs: 10249 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.6 Å / Num. unique obs: 1004 / CC1/2: 0.99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: IBNA 解像度: 1.55→25.24 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.08 Å2 / Biso mean: 24.2403 Å2 / Biso min: 12.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→25.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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