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- PDB-8ed4: Structure of the complex between the arsenite oxidase and its nat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ed4
タイトルStructure of the complex between the arsenite oxidase and its native electron acceptor cytochrome c552 from Pseudorhizobium sp. str. NT-26
要素
  • AroA
  • AroB
  • C-type cytochrome c552
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (azurin) / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / NADH dehydrogenase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 ...Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-MGD / OXYGEN ATOM / C-type cytochrome c552 / AroA / AroB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Maher, M.J. / Poddar, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The structure of the complex between the arsenite oxidase from Pseudorhizobium banfieldiae sp. strain NT-26 and its native electron acceptor cytochrome c 552.
著者: Poddar, N. / Santini, J.M. / Maher, M.J.
履歴
登録2022年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AroA
B: AroB
I: C-type cytochrome c552
C: AroA
D: AroB
J: C-type cytochrome c552
E: AroA
F: AroB
K: C-type cytochrome c552
G: AroA
H: AroB
L: C-type cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)505,02043
ポリマ－493,81312
非ポリマー11,20731
水31,5081749
1
A: AroA
B: AroB
I: C-type cytochrome c552
C: AroA
D: AroB
J: C-type cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,26920
ポリマ－246,9066
非ポリマー5,36214
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: AroA
F: AroB
K: C-type cytochrome c552
G: AroA
H: AroB
L: C-type cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,75123
ポリマ－246,9066
非ポリマー5,84517
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.400, 126.560, 148.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 3種, 12分子 ACEGBDFHIJKL

#1: タンパク質
AroA / Arsenite oxidase large subunit AioA [3Fe-4S] cluster / Mo-molybdopterin cofactor-binding active site


分子量: 93250.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
遺伝子: aroA, aioA, NT26_p10030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VAL8, arsenate reductase (azurin)
#2: タンパク質
AroB


分子量: 17466.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
遺伝子: aroB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VAL9
#3: タンパク質
C-type cytochrome c552


分子量: 12736.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
遺伝子: cytC, NT26_p10031 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TV05

-
非ポリマー , 10種, 1780分子

#4: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#5: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#7: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#8: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#9: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.3, 18% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.23 Å / Num. obs: 214836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 10599 / CC1/2: 0.915

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AAY,1CO6

4aay

1co6


解像度: 2.25→49.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 6.761 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23015 10062 5.1 %RANDOM
Rwork0.18101 ---
obs0.1835 188208 92.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20.02 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→49.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33256 0 632 1749 35637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01334940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01731126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.65947541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.241.58472306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.66654363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79622.7341902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.214155521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.96315217
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.24402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0240063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.21317308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8981.21317307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5411.81521635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5411.81521636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8541.2417632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8541.2417633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4941.83525847
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.08613.48640098
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.08613.48740099
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 270 -
Rwork0.208 5517 -
obs--36.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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