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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ecx | |||||||||
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タイトル | PA0709 with glyoxal and BME modifications | |||||||||
![]() | Antibiotic biosynthesis monooxygenase | |||||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / glyoxal | |||||||||
機能・相同性 | : / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Dimeric alpha-beta barrel / monooxygenase activity / cytosol / ACETATE ION / Antibiotic biosynthesis monooxygenase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of PA0709 著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Ulijasz, A.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ecpC ![]() 8eifC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11786.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C/D/E subunits have HEM/CAR modifications modelled alongside unmodified ARG at Arg49 position 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12 % PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→49.64 Å / Num. obs: 63379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 29.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4439 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.536 / Rrim(I) all: 1.409 / Χ2: 0.99 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: unpublished 解像度: 2.03→49.64 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2779 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→49.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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