PDB-8ecx: PA0709 with glyoxal and BME modifications

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ecx

タイトル

PA0709 with glyoxal and BME modifications

要素

Antibiotic biosynthesis monooxygenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / glyoxal

機能・相同性

: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Dimeric alpha-beta barrel / monooxygenase activity / cytosol / ACETATE ION / Antibiotic biosynthesis monooxygenase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of PA0709
著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Ulijasz, A.T.

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年12月27日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_conn / struct_mon_prot_cis Item: _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] ..._pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 解説: Model completeness 詳細: We wanted to model two different adducts alongside wt Arg at position 49 for three of the chains. Previously only one adduct was modeled. Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ecx.cif.gz	334.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ecx.ent.gz	227.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ecx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ecpC 8eifC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

B: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

C: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

D: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

E: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

F: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

71.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.013, 148.984, 120.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-314- HOH

#1: タンパク質	Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Quinol monooxygenase YgiN 分子量: 11786.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: C/D/E subunits have HEM/CAR modifications modelled alongside unmodified ARG at Arg49 position 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZNL3
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12 % PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→49.64 Å / Num. obs: 63379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.162 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 1.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4439 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.536 / R_rim(I) all: 1.409 / Χ²: 0.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 2.03→49.64 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2779
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	6335	10 %
R_work	0.1648	57009	-
obs	0.1672	63344	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→49.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4968	0	58	774	5800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	5271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7746	7116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0439	706
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.5558	763

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.05	0.2657	211	0.2476	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2809	209	0.2401	1887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.1	0.2579	209	0.2205	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2742	208	0.2243	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.229	209	0.2177	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.237	208	0.1981	1876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.2121	210	0.1931	1887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.2393	210	0.1768	1893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2209	206	0.1784	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.32	0.2306	212	0.185	1904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.2141	211	0.1903	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.41	0.2259	206	0.1878	1861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.2134	210	0.1891	1889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.5	0.2183	211	0.1848	1893	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.5-2.56	0.2214	209	0.1722	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.62	0.1872	212	0.1686	1900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.1919	206	0.1639	1860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.76	0.186	211	0.1623	1899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.84	0.2059	210	0.1626	1885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.93	0.1841	212	0.1587	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.03	0.1784	213	0.1633	1917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.15	0.1889	210	0.1671	1892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.3	0.1694	213	0.156	1917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.47	0.1788	210	0.1425	1887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.69	0.167	214	0.1425	1926	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.97	0.1687	211	0.1382	1901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.37	0.1659	215	0.1342	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-5	0.1318	216	0.1247	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-6.3	0.1655	216	0.1716	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
6.31-49.64	0.1997	227	0.1932	2034	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1391961024	0.799920437234	-1.00935933091	2.18987283089	-0.377002812384	0.251321734193	0.00238128804083	-0.0195305943294	0.0970565996097	-0.368392623133	-0.0497664723146	0.139630610058	-0.0634612871513	-0.035896410543	0.0102447683907	0.222645164129	0.0207033891194	0.00468763019092	0.205328370555	0.00555526240414	0.154918217555	25.504	11.982	0.295
2	2.06441864593	1.92867319811	3.7409680037	3.53910351936	1.59140249402	3.80732575163	0.227444307519	-0.142320937107	-0.175339748389	-0.0270114677282	-0.0529544659293	-0.233743962501	0.161271451184	0.149056849882	-0.227874246644	0.234214280332	0.000125436041801	0.030792763004	0.190748172523	-0.0165767940009	0.224039161902	37.921	6.226	6.114
3	4.35332934766	-1.00629638494	0.815752237052	2.65447078693	0.737759698578	2.85670312806	0.1632647451	-0.0696212982879	0.0856181722765	-0.102508485752	0.00230780652911	-0.137988564092	-0.0542078040344	0.1227266505	-0.147024215199	0.157631658545	0.00945674212863	0.0228845002907	0.106042380668	-0.0101582724643	0.124650178872	31.32	15.037	7.579
4	9.55382264084	2.82775521299	0.512048501022	2.02614224458	6.41471402867	6.58621535784	0.308925260701	0.438167940636	0.221374770297	-0.732677795776	0.140162971985	-0.702662657559	-0.195230855627	0.176593196852	-0.36524016015	0.314582720977	0.0421137866432	0.0910087791547	0.247339046823	0.0012248323283	0.295957844948	44.553	12.606	-0.458
5	8.29143744905	2.47669742666	5.48412096426	2.6019496831	-1.24582852512	8.12138531331	0.243208445399	0.511909817546	-0.272704806881	-0.611202109526	-0.0589926334274	-0.160033567571	0.512893538172	0.408398872701	-0.177402392174	0.296798281387	0.0257081081093	0.014538167557	0.147821241562	-0.0194722686822	0.184922259338	32.932	6.108	-5.275
6	2.9349201374	1.8773417114	2.51452493171	3.78887578456	3.00633669256	5.48963018411	-0.0991158022758	-0.111357039356	-0.0254242929905	-0.331541865847	0.241217020285	-0.312412379357	-0.534515174942	0.246273186611	-0.0953908856278	0.238716376159	-0.00471412403173	0.0596998529318	0.225094773294	-0.00270553124467	0.233657437789	35.379	23.102	5.235
7	2.18200165268	1.2479006036	-0.240404674969	3.71961198082	-1.61157645792	3.17896946509	-0.0147543673916	-0.0390418148643	0.313394148438	-0.225322412265	-0.0636931224781	0.086961686224	-0.312915008416	0.120175200193	0.0913502598092	0.23964817338	-0.000924798547183	0.0217741765911	0.19939124456	-0.0369909745157	0.214077221031	30.873	34.629	11.485
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9	3.07469811676	1.46372887208	-1.3934897912	6.79754400697	-2.33081512629	4.72280155466	-0.0730372059624	-0.182150124432	-0.0765403088039	0.19181720129	0.0666214892438	-0.132931508487	-0.0672877773044	-0.0882827101004	0.0418461752512	0.171770421105	0.0118826851374	-0.0119872930914	0.19668116467	-0.0353913788071	0.132165790351	28.144	24.779	15.71
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11	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND ( RESID 65:98 OR RESID 101:102 ) )	B	65 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND ( RESID 65:98 OR RESID 101:102 ) )	B	101 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 1:37 )	C	1 - 37
14	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 38:62 )	C	38 - 62
15	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 63:84 )	C	63 - 84
16	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND ( RESID 85:98 OR RESID 101:102 ) )	C	85 - 98
17	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND ( RESID 85:98 OR RESID 101:102 ) )	C	101 - 102
18	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 4:37 )	D	4 - 37
19	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 38:62 )	D	38 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 63:74 )	D	63 - 74
21	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 75:91 )	D	75 - 91
22	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND ( RESID 92:98 OR RESID 101:101 ) )	D	92 - 98
23	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND ( RESID 92:98 OR RESID 101:101 ) )	D	101
24	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN E AND RESID 3:16 )	E	3 - 16
25	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN E AND RESID 17:48 )	E	17 - 48
26	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN E AND RESID 49:64 )	E	49 - 64
27	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN E AND RESID 65:74 )	E	65 - 74
28	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 75:84 )	E	75 - 84
29	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 85:91 )	E	85 - 91
30	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN E AND ( RESID 92:98 OR RESID 101:102 ) )	E	92 - 98
31	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN E AND ( RESID 92:98 OR RESID 101:102 ) )	E	101 - 102
32	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN F AND RESID 4:37 )	F	4 - 37
33	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN F AND RESID 38:91 )	F	38 - 91
34	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN F AND ( RESID 92:98 OR RESID 101:102 ) )	F	92 - 98
35	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN F AND ( RESID 92:98 OR RESID 101:102 ) )	F	101 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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