PDB-8ecu: F93S Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in Complex with NADH and N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ecu

タイトル

F93S Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in Complex with NADH and N-Cyclohexylformamide

要素

Alcohol dehydrogenase E chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ternary complex

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Zheng, C. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118044	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM133894	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of F93S horse liver alcohol dehydrogenase at 1.30 Angstroms resolution
著者: Zheng, C. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ecu.cif.gz	314.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ecu.ent.gz	250.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ecu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ecu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ecu_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8ecu_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	8ecu_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dwvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (11) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alcohol dehydrogenase E chain

B: Alcohol dehydrogenase E chain

ヘテロ分子

81.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.030, 49.770, 92.570
Angle α, β, γ (deg.)	93.270, 102.800, 108.490
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Alcohol dehydrogenase E chain 分子量: 39978.355 Da / 分子数: 2 / 変異: F93S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: liver enzyme / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#4: 化合物	ChemComp-CXF / CYCLOHEXYLFORMAMIDE / N-シクロヘキシルホルムアミド分子量: 127.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG400 (10%-25%), 2mM NADH, 10mM N-cyclohexylformamide in Tris buffer at pH 8.20

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月15日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→39.27 Å / Num. obs: 164848 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 9.605 % / B_iso Wilson estimate: 22.114 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.855 / Net I/σ(I): 10.75 / Num. measured all: 1583338 / Scaling rejects: 812

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.3-1.33	7.541	1.28	1.47	85842	13139	11383	0.764	1.373	86.6
1.33-1.37	7.634	1.03	1.86	83533	12765	10942	0.848	1.104	85.7
1.37-1.41	7.631	0.85	2.22	77253	12418	10124	0.89	0.911	81.5
1.41-1.45	7.746	0.694	2.78	83759	12084	10813	0.916	0.743	89.5
1.45-1.5	7.828	0.554	3.43	81493	11695	10411	0.944	0.593	89
1.5-1.55	10.697	0.54	4.5	114914	11342	10743	0.961	0.567	94.7
1.55-1.61	10.329	0.421	5.52	106932	10902	10353	0.967	0.443	95
1.61-1.68	10.412	0.333	6.65	104144	10471	10002	0.979	0.351	95.5
1.68-1.75	10.931	0.265	8.41	105641	10090	9664	0.988	0.278	95.8
1.75-1.84	10.762	0.208	10.53	99849	9686	9278	0.991	0.218	95.8
1.84-1.94	10.519	0.16	13.08	92638	9117	8807	0.994	0.169	96.6
1.94-2.06	10.205	0.133	15.21	85376	8658	8366	0.995	0.14	96.6
2.06-2.2	10.771	0.113	18.82	85450	8170	7933	0.996	0.119	97.1
2.2-2.37	10.609	0.099	21.32	78218	7551	7373	0.996	0.104	97.6
2.37-2.6	10.666	0.093	22.86	73020	6994	6846	0.997	0.098	97.9
2.6-2.91	10.139	0.083	24.02	62355	6283	6150	0.996	0.087	97.9
2.91-3.36	10.331	0.076	26.78	56438	5531	5463	0.997	0.08	98.8
3.36-4.11	10.555	0.071	29.02	48861	4696	4629	0.997	0.074	98.6
4.11-5.81	10.032	0.065	28.56	35983	3617	3587	0.998	0.068	99.2
5.81-39.27	10.923	0.068	30.51	21639	1998	1981	0.998	0.071	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DWV

4dwv

解像度: 1.3→39.27 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1644	8241	5 %
R_work	0.1419	156535	-
obs	0.143	164776	93.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.25 Å² / B_iso mean: 23.7768 Å² / B_iso min: 11.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→39.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5560	0	110	890	6560
B_iso mean	-	-	18.32	36.93	-
残基数	-	-	-	-	748

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.31	0.3241	257	0.2836	4878	5135	86
1.31-1.33	0.3119	255	0.267	4837	5092	87
1.33-1.35	0.2963	256	0.2504	4857	5113	86
1.35-1.36	0.2829	250	0.2342	4763	5013	86
1.36-1.38	0.2755	251	0.2283	4748	4999	84
1.38-1.4	0.2555	227	0.2234	4317	4544	78
1.4-1.42	0.2579	265	0.2097	5038	5303	88
1.42-1.44	0.2642	261	0.1996	4947	5208	90
1.44-1.46	0.2225	265	0.1786	5041	5306	89
1.46-1.49	0.2106	261	0.1649	4956	5217	89
1.49-1.51	0.1934	273	0.1556	5179	5452	92
1.51-1.54	0.1923	277	0.1447	5251	5528	95
1.54-1.57	0.1855	283	0.1353	5381	5664	95
1.57-1.6	0.1722	278	0.1304	5282	5560	95
1.6-1.64	0.182	280	0.1274	5319	5599	95
1.64-1.68	0.1593	283	0.1227	5366	5649	96
1.68-1.72	0.1676	285	0.1205	5416	5701	96
1.72-1.76	0.1431	285	0.119	5418	5703	96
1.76-1.82	0.1665	279	0.1278	5320	5599	96
1.82-1.87	0.1557	281	0.1327	5349	5630	96
1.87-1.94	0.1676	289	0.1304	5467	5756	97
1.94-2.02	0.1584	283	0.1326	5403	5686	96
2.02-2.11	0.1588	288	0.1279	5473	5761	97
2.11-2.22	0.1568	286	0.1334	5421	5707	97
2.22-2.36	0.1551	288	0.1324	5475	5763	98
2.36-2.54	0.1503	288	0.1367	5491	5779	98
2.54-2.8	0.1628	291	0.1478	5510	5801	98
2.8-3.21	0.1697	291	0.1529	5527	5818	98
3.21-4.04	0.1461	292	0.1365	5544	5836	99
4.04-39.27	0.1312	293	0.1254	5561	5854	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)