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Yorodumi- PDB-8ecm: Crystal Structure Analysis of Acetyl-CoA acetyltransferase from F... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ecm | ||||||
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Title | Crystal Structure Analysis of Acetyl-CoA acetyltransferase from Firmicutes bacterium | ||||||
Components | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Firmicutes bacterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Seo, H.S. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Med / Year: 2023 Title: Gut microbial metabolism of 5-ASA diminishes its clinical efficacy in inflammatory bowel disease. Authors: Mehta, R.S. / Mayers, J.R. / Zhang, Y. / Bhosle, A. / Glasser, N.R. / Nguyen, L.H. / Ma, W. / Bae, S. / Branck, T. / Song, K. / Sebastian, L. / Pacheco, J.A. / Seo, H.S. / Clish, C. / Dhe- ...Authors: Mehta, R.S. / Mayers, J.R. / Zhang, Y. / Bhosle, A. / Glasser, N.R. / Nguyen, L.H. / Ma, W. / Bae, S. / Branck, T. / Song, K. / Sebastian, L. / Pacheco, J.A. / Seo, H.S. / Clish, C. / Dhe-Paganon, S. / Ananthakrishnan, A.N. / Franzosa, E.A. / Balskus, E.P. / Chan, A.T. / Huttenhower, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ecm.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ecm.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8ecm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ecm_validation.pdf.gz | 492.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ecm_full_validation.pdf.gz | 516.2 KB | Display | |
Data in XML | 8ecm_validation.xml.gz | 121.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8ecm_validation.cif.gz | 172.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xl2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44987.523 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Firmicutes bacterium (bacteria) / Gene: BN516_00284 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: R6CZ24 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.9 Details: 100 mM sodium acetate, pH 4.9, 55% MPD, 20 mM CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2022 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.89→76.29 Å / Num. obs: 263888 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 39.07 Å2 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 500388 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 1.9 %
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4XL2 Resolution: 1.89→73.46 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.73 Å2 / Biso mean: 50.4955 Å2 / Biso min: 26.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.89→73.46 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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