PDB-8ecf: Cryo structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase micro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ecf

タイトル

Cryo structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase microcrystals mixed with sulbactam for 3 hours

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/Inhibitor / Beta lactamase / sulbactam / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.736 Å

データ登録者

Malla, T.N. / Schmidt, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Heterogeneity in M. tuberculosis beta-lactamase inhibition by Sulbactam.
著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. ...

履歴

登録	2022年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ecf.cif.gz	396.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ecf.ent.gz	318 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ecf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ecf_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ecf_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8ecf_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	8ecf_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ebiC 8ebrC 8ec4C 8gcsC 8gctC 8gcvC 8gcxC 6b5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.442, 96.666, 111.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.082, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 29 - 293 / Label seq-ID: 3 - 267

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655AHQ9, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-TSL / TRANS-ENAMINE INTERMEDIATE OF SULBACTAM 分子量: 235.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.52 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 / 詳細: 2.1 M Ammonium Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.26 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.26 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.33 Å / Num. obs: 25400 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.7 % / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 0.372
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6b5x

6b5x

解像度: 2.736→48.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / SU B: 18.658 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.516 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	1322	5.205 %
R_work	0.2111	24077	-
all	0.214	-	-
obs	-	25399	60.032 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.967 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.683 Å²	-0 Å²	-0.896 Å²
2-	-	2.15 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.736→48.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7952	0	80	156	8188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	8184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.191	1.657	11180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.417	1.559	17228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.369	5.019	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.509	5.476	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.443	10	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.141	10	352
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	7271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.008	5.829	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.006	5.828	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.92	8.72	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.919	8.72	5289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.331	6.415	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.331	6.415	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.646	9.443	5892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.646	9.445	5893
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.725	113.955	35114
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.718	114.046	35064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.11	0.05	8017
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.101	0.05	8164
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.106	0.05	8081
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.112	0.05	8041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.099	0.05	8106
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.107	0.05	8115

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10989	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10989	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10074	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10074	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10561	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10561	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1121	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1121	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09886	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09886	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10678	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10678	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.736-2.807	0.295	1	0.272	19	X-RAY DIFFRACTION	0.655
2.807-2.883	0.392	3	0.317	97	X-RAY DIFFRACTION	3.2906
2.883-2.967	0.342	14	0.309	229	X-RAY DIFFRACTION	8.2178
2.967-3.058	0.309	45	0.355	625	X-RAY DIFFRACTION	23.2639
3.058-3.157	0.307	44	0.31	1051	X-RAY DIFFRACTION	39.8037
3.157-3.268	0.339	76	0.302	1315	X-RAY DIFFRACTION	51.5567
3.268-3.391	0.317	80	0.286	1492	X-RAY DIFFRACTION	60.8595
3.391-3.528	0.329	90	0.256	1647	X-RAY DIFFRACTION	69.8151
3.528-3.684	0.286	96	0.234	1958	X-RAY DIFFRACTION	85.619
3.684-3.863	0.312	125	0.23	2009	X-RAY DIFFRACTION	92.8634
3.863-4.07	0.252	93	0.204	2007	X-RAY DIFFRACTION	96.3745
4.07-4.315	0.28	99	0.189	1891	X-RAY DIFFRACTION	95.8113
4.315-4.611	0.231	113	0.177	1671	X-RAY DIFFRACTION	92.0537
4.611-4.976	0.195	65	0.163	1710	X-RAY DIFFRACTION	97.5275
4.976-5.446	0.229	74	0.169	1571	X-RAY DIFFRACTION	98.444
5.446-6.079	0.241	85	0.182	1408	X-RAY DIFFRACTION	97.9016
6.079-7.001	0.267	86	0.196	1178	X-RAY DIFFRACTION	93.6296
7.001-8.53	0.223	65	0.175	1038	X-RAY DIFFRACTION	96.7544
8.53-11.879	0.261	44	0.191	700	X-RAY DIFFRACTION	82.1192
11.879-48.33	0.335	24	0.284	460	X-RAY DIFFRACTION	88.4826

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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