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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ebo | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Homopurine parallel G-quadruplex from human chromosome 7 stabilized by K+ ions | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / G-quadruplex (グアニン四重鎖) / parallel / propeller loops | 機能・相同性 | COBALT (III) ION / : / N-METHYLMESOPORPHYRIN / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | データ登録者 | Chen, E.V. / Yatsunyk, L.A. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022 | タイトル: Homopurine guanine-rich sequences in complex with N-methyl mesoporphyrin IX form parallel G-quadruplex dimers and display a unique symmetry tetrad. 著者: Ye, M. / Chen, E.V. / Pfeil, S.H. / Martin, K.N. / Atrafi, T. / Yun, S. / Martinez, Z. / Yatsunyk, L.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ebo.cif.gz | 44.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ebo.ent.gz | 26.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ebo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8edpC 4g0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7069.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MMP / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-3CO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: thin, well-ordered rhombuses |
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結晶化 | 温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The well condition included 0.012 M NaCl, 0.08-0.1 M KCl, 0.04 M sodium cacodylate pH 5.5, 45% MPD, and 0.002 M hexammine cobalt(III) chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→30.44 Å / Num. obs: 4296 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 64.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 279 / CC1/2: 0.351 / Rpim(I) all: 0.894 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4G0F 解像度: 1.98→24.71 Å / SU ML: 0.2268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 45.9448 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→24.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.0484741614 Å / Origin y: 2.8269384339 Å / Origin z: -14.539514764 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |