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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ebi | ||||||
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タイトル | XFEL structure of beta lactamase microcrystals mixed with sulbactam solution for 15ms | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta lactamase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Malla, T.N. / Schmidt, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Heterogeneity in M. tuberculosis beta-lactamase inhibition by Sulbactam. 著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. ...著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. / Sierra, R.G. / Tolstikova, A. / Yefanov, O. / Yoon, C.H. / Ourmazd, A. / Fromme, P. / Schwander, P. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Stojkovic, E.A. / Batyuk, A. / Boutet, S. / Phillips Jr., G.N. / Pollack, L. / Schmidt, M. #1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2023 タイトル: Heterogeneity in the M. tuberculosis beta-Lactamase Inhibition by Sulbactam. 著者: Schmidt, M. / Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J. / Mariani, V. / Pandey, S. / ...著者: Schmidt, M. / Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. / Sierra, R. / Tolstikova, A. / Yefanov, O. / Yoon, C.H. / Ourmazd, A. / Fromme, P. / Schwander, P. / Barty, A. / Chapman, H. / Stojkovic, E. / Batyuk, A. / Boutet, S. / Phillips, G. / Pollack, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ebi.cif.gz | 258.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ebi.ent.gz | 167.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ebi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ebi_validation.pdf.gz | 491.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ebi_full_validation.pdf.gz | 501.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ebi_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ebi_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ebrC 8ec4C 8ecfC 8gcsC 8gctC 8gcvC 8gcxC 6b5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655AHQ9, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: batch mode / pH: 4.1 / 詳細: 2.4 M Ammonium Phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.26 Å |
検出器 | タイプ: SLAC ePix10k 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.26 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20.86 Å / Num. obs: 41529 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 273 % / Biso Wilson estimate: 63.35 Å2 / CC star: 0.98 / R split: 0.23 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 130 % / Num. unique obs: 4080 / CC star: 0.58 / R split: 3.16 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6b5x 解像度: 2.7→20.86 Å / SU ML: 0.5178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.5327 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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