PDB-8ebc: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ebc

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Listeria monocytogenes in the complex with IMP

要素

Lmo0132 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Osipiuk, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Listeria monocytogenes in the complex with IMP
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Osipiuk, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2022年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project / struct_keywords Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ebc.cif.gz	955.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ebc.ent.gz	661.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ebc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ebc_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ebc_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8ebc_validation.xml.gz	70.7 KB	表示
CIF形式データ	8ebc_validation.cif.gz	94.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1pvnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP06331

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lmo0132 protein

B: Lmo0132 protein

C: Lmo0132 protein

D: Lmo0132 protein

F: Lmo0132 protein

E: Lmo0132 protein

ヘテロ分子

261 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Lmo0132 protein

D: Lmo0132 protein

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2

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3

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4

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5

B: Lmo0132 protein

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6

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ヘテロ分子

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7

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8

D: Lmo0132 protein

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9

D: Lmo0132 protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.977, 95.699, 97.604
Angle α, β, γ (deg.)	111.360, 105.170, 107.610
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Lmo0132 protein 分子量: 43079.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0132 / プラスミド: pMCSG50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: Q8YAJ3
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.2 M ammonium formate pH 6.6, 20 % (w/v) PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月12日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 78331 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.11
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 3560 / CC_1/2: 0.784 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 1PVN

1pvn

解像度: 2.5→39.88 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.9549
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	3344	4.96 %
R_work	0.194	64037	-
obs	0.1961	67381	83.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15775	0	150	150	16075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16249
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4274	21944
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0407	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6468	5934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3484	51	0.2654	1062	X-RAY DIFFRACTION	32.97
2.53-2.56	0.2942	94	0.234	1505	X-RAY DIFFRACTION	47.85
2.56-2.6	0.2847	68	0.2493	1727	X-RAY DIFFRACTION	53.26
2.6-2.65	0.254	104	0.2397	1836	X-RAY DIFFRACTION	57.31
2.65-2.69	0.3137	107	0.243	1943	X-RAY DIFFRACTION	62.42
2.69-2.74	0.2784	111	0.2528	2163	X-RAY DIFFRACTION	66.8
2.74-2.79	0.299	145	0.2435	2248	X-RAY DIFFRACTION	71.35
2.79-2.85	0.2978	133	0.24	2441	X-RAY DIFFRACTION	76.15
2.85-2.91	0.2917	146	0.2486	2568	X-RAY DIFFRACTION	80.99
2.91-2.98	0.3053	155	0.2391	2758	X-RAY DIFFRACTION	86.8
2.98-3.05	0.3111	179	0.2564	2873	X-RAY DIFFRACTION	90.46
3.05-3.14	0.2873	166	0.2314	3005	X-RAY DIFFRACTION	94.88
3.14-3.23	0.2893	172	0.2161	3071	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.23-3.33	0.2444	189	0.2175	3170	X-RAY DIFFRACTION	98.59
3.33-3.45	0.2715	186	0.2131	3138	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.45-3.59	0.2564	189	0.2027	3143	X-RAY DIFFRACTION	98.81
3.59-3.75	0.2481	127	0.1845	3193	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.75-3.95	0.2266	120	0.178	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.95-4.2	0.2161	126	0.1681	3214	X-RAY DIFFRACTION	98.93
4.2-4.52	0.1654	128	0.1518	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.05
4.52-4.98	0.2074	157	0.1493	3170	X-RAY DIFFRACTION	99.11
4.98-5.7	0.188	164	0.162	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.2
5.7-7.17	0.1933	146	0.1856	3189	X-RAY DIFFRACTION	99.32
7.17-39.88	0.1873	181	0.1707	3069	X-RAY DIFFRACTION	96.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.96000058672	-0.450065381822	-1.15461074377	2.0426093522	0.620022291833	1.32415130628	-0.190717869725	0.236768375866	-0.271158803383	0.0887288432089	-0.250837896398	0.440728491399	0.0429885430005	0.103910834282	0.313103180561	0.266660667906	-0.0445142031047	-0.0521060293441	0.398460460809	-0.0305970971407	0.221493104886	14.2936570597	6.57459447882	7.94310778383
2	1.45727810422	-0.24112294923	0.203364252397	2.29960833926	-0.132204162571	1.53038772999	0.0737728087014	-0.0165969252994	0.00552095510752	-0.0966632022537	-0.151170592494	0.0490438589926	-0.138950514997	-0.0379328985362	0.0694106243715	0.185919125153	-0.0426059963559	-0.0124213261734	0.155740983588	0.000612609069285	0.0267322759981	24.8722258167	18.9815370351	-8.32330940121
3	1.35943218916	-0.472274918377	0.081781111939	1.4028999453	0.392498976732	1.60583780599	0.0573385100974	-0.306174720212	0.0435074565714	0.348552652468	-0.0615455595666	0.0350932597049	-0.106246724249	0.16382256896	-0.000426146713827	0.213301014348	-0.119047606394	-0.0174462740507	0.277788534175	0.021386150218	0.0996390938279	29.892914593	19.6179521574	6.64983698024
4	4.36383234979	-0.230682528725	0.193027552987	0.750053157244	-0.0730928570547	0.464581730724	-0.34063060395	-0.0784609212126	0.333082420509	-0.204229906534	0.173075110864	-0.105897304241	-0.123449149515	0.180934327566	0.0574928538635	0.330983408338	-0.127722696471	-0.0120375619272	0.463605461622	-0.0727520255151	0.377769420675	-7.84642045228	-10.3549434412	-52.7172387379
5	1.60285060173	1.03379928107	-0.541727678854	1.87861344046	-0.322445196836	2.57772096224	-0.0404370667982	-0.191472552087	0.0261464816043	-0.0339493629372	0.0834279518563	-0.269588682446	-0.0883832188344	0.223214544735	-0.00807202887009	0.20364063715	0.0750398072118	-0.15853914621	0.200067545561	-0.0863056814308	0.154295130006	10.4407709768	-5.72163650285	-30.994245476
6	1.8347783273	0.282054257723	-0.540108935893	1.46441349516	0.165003218606	2.62043322881	-0.000987615952398	0.0790314931391	0.209884995663	-0.0136835919384	-0.0020559199625	0.281614850013	-0.2158366858	-0.335759824296	-0.0719011897476	0.184687412982	0.0767070276827	-0.0832631098654	0.214970064926	-0.0384548627389	0.254415476751	-3.45635554193	-0.71197572136	-32.1326762535
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28	1.80907672138	0.204464326311	0.211623029681	0.843918456345	-0.972809317049	1.23877413766	-0.0103517716722	0.00504300951535	0.0404198809774	0.271320193362	0.0873089669254	0.228893859887	-0.165884189499	0.000940213898718	-0.0790672892484	0.145790948785	0.0699750825393	0.027692974804	0.31451308163	-0.102801290483	0.465667339113	-13.6641436475	40.1875746236	20.7068873389

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 29 )	A	A	-1 - 29	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 30 through 276 )	A	A	30 - 276	27 - 255
3	3	chain 'A' and (resid 277 through 370 )	A	A	277 - 370	256 - 337
4	4	chain 'B' and (resid -1 through 29 )	B	E	-1 - 29	1 - 26
5	5	chain 'B' and (resid 30 through 118 )	B	E	30 - 118	27 - 103
6	6	chain 'B' and (resid 119 through 254 )	B	E	119 - 254	104 - 230
7	7	chain 'B' and (resid 255 through 370 )	B	E	255 - 370	231 - 336
8	8	chain 'C' and (resid 1 through 29 )	C	G	1 - 29	1 - 23
9	9	chain 'C' and (resid 30 through 63 )	C	G	30 - 63	24 - 57
10	10	chain 'C' and (resid 64 through 125 )	C	G	64 - 125	58 - 105
11	11	chain 'C' and (resid 126 through 158 )	C	G	126 - 158	106 - 138
12	12	chain 'C' and (resid 159 through 185 )	C	G	159 - 185	139 - 165
13	13	chain 'C' and (resid 186 through 254 )	C	G	186 - 254	166 - 234
14	14	chain 'C' and (resid 255 through 309 )	C	G	255 - 309	235 - 289
15	15	chain 'C' and (resid 310 through 333 )	C	G	310 - 333	290 - 313
16	16	chain 'C' and (resid 334 through 375 )	C	G	334 - 375	314 - 355
17	17	chain 'D' and (resid 0 through 122 )	D	I	0 - 122	1 - 103
18	18	chain 'D' and (resid 123 through 254 )	D	I	123 - 254	104 - 235
19	19	chain 'D' and (resid 255 through 375 )	D	I	255 - 375	236 - 344
20	20	chain 'F' and (resid -1 through 29 )	F	K	-1 - 29	1 - 25
21	21	chain 'F' and (resid 30 through 276 )	F	K	30 - 276	26 - 253
22	22	chain 'F' and (resid 277 through 372 )	F	K	277 - 372	254 - 338
23	23	chain 'E' and (resid 0 through 26 )	E	N	0 - 26	1 - 25
24	24	chain 'E' and (resid 27 through 143 )	E	N	27 - 143	26 - 129
25	25	chain 'E' and (resid 144 through 203 )	E	N	144 - 203	130 - 189
26	26	chain 'E' and (resid 204 through 284 )	E	N	204 - 284	190 - 270
27	27	chain 'E' and (resid 285 through 333 )	E	N	285 - 333	271 - 308
28	28	chain 'E' and (resid 334 through 375 )	E	N	334 - 375	309 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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