PDB-8eac: Thermus thermophilus methylenetetrahydrofolate reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eac

タイトル

Thermus thermophilus methylenetetrahydrofolate reductase

要素

Methylenetetrahydrofolate reductase

メチレンテトラヒドロ葉酸還元酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

TIM barrel (TIMバレル) / flavin

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion /

nucleotide binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yamada, K. / Koutmos, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: 5-Formyltetrahydrofolate promotes conformational remodeling in a methylenetetrahydrofolate reductase active site and inhibits its activity.
著者: Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M.

履歴

登録	2022年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eac.cif.gz	238.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eac.ent.gz	184.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8eac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8eac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7th4C 7th5C 3aptS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylenetetrahydrofolate reductase

B: Methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

66.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.284, 89.055, 161.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylenetetrahydrofolate reductase / メチレンテトラヒドロ葉酸還元酵素分子量: 33050.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHA0327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SLG6, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1M Hepes pH7.8, 1M LiCl, 20% PEG6k

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→89.06 Å / Num. obs: 49988 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2948 / CC_1/2: 0.965

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3apt

3apt

解像度: 1.9→80.734 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 3.585 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2501	2534	5.076 %
R_work	0.2065	47388	-
all	0.209	-	-
obs	-	49922	97.354 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.602 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.995 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.608 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→80.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4489	0	53	231	4773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.653	6292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.318	1.574	10286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.31	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.09	19.291	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.624	15	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.208	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.339	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.668	2.842	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.669	2.841	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.939	4.243	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.939	4.244	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.462	3.41	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.461	3.411	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.374	4.92	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.373	4.921	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.362	33.409	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.353	33.326	5035

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.277	196	0.232	3203	X-RAY DIFFRACTION	91.004
1.949-2.003	0.258	176	0.224	3296	X-RAY DIFFRACTION	95.3846
2.003-2.061	0.265	175	0.213	3308	X-RAY DIFFRACTION	98.8085
2.061-2.124	0.286	159	0.211	3214	X-RAY DIFFRACTION	97.4011
2.124-2.194	0.284	172	0.208	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.3671
2.194-2.271	0.25	150	0.207	3035	X-RAY DIFFRACTION	98.151
2.271-2.357	0.283	155	0.212	2915	X-RAY DIFFRACTION	97.8642
2.357-2.453	0.265	143	0.219	2835	X-RAY DIFFRACTION	98.7401
2.453-2.562	0.276	145	0.213	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.3096
2.562-2.687	0.299	109	0.221	2429	X-RAY DIFFRACTION	91.7902
2.687-2.832	0.252	117	0.213	2500	X-RAY DIFFRACTION	98.643
2.832-3.004	0.204	110	0.203	2381	X-RAY DIFFRACTION	99.164
3.004-3.211	0.259	113	0.216	2237	X-RAY DIFFRACTION	99.198
3.211-3.468	0.265	111	0.201	2085	X-RAY DIFFRACTION	99.4115
3.468-3.799	0.239	114	0.202	1916	X-RAY DIFFRACTION	99.4611
3.799-4.247	0.243	92	0.172	1748	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
4.247-4.904	0.209	96	0.172	1521	X-RAY DIFFRACTION	96.7105
4.904-6.004	0.214	73	0.22	1252	X-RAY DIFFRACTION	93.5074
6.004-8.486	0.234	77	0.213	1040	X-RAY DIFFRACTION	99.1127
8.486-80.734	0.262	51	0.238	616	X-RAY DIFFRACTION	98.5229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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