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- PDB-8e8v: Structure of the short LOR domain of human AASS bound to N-ethyls... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e8v
タイトルStructure of the short LOR domain of human AASS bound to N-ethylsuccinimide
要素Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / lysine metabolism / ketoglutarate / mitochondrial / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) / saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) activity / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine catabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Lysine catabolism ...saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) / saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) activity / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine catabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Lysine catabolism / transcription corepressor activity / histone binding / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE / Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Khamrui, S. / Lazarus, M.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124838 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R21HD102745 米国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2022
タイトル: Characterization and structure of the human lysine-2-oxoglutarate reductase domain, a novel therapeutic target for treatment of glutaric aciduria type 1.
著者: Leandro, J. / Khamrui, S. / Suebsuwong, C. / Chen, P.J. / Secor, C. / Dodatko, T. / Yu, C. / Sanchez, R. / DeVita, R.J. / Houten, S.M. / Lazarus, M.B.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
C: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
D: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,8978
ポリマ－193,3894
非ポリマー5094
水00
1
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4742
ポリマ－48,3471
非ポリマー1271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4742
ポリマ－48,3471
非ポリマー1271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4742
ポリマ－48,3471
非ポリマー1271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4742
ポリマ－48,3471
非ポリマー1271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.099, 155.963, 78.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial / LKR/SDH


分子量: 48347.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AASS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDR5, saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming), saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming)
#2: 化合物
ChemComp-NEN / 1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE / N-エチルスクシンイミド


分子量: 127.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1M HEPES, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月16日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.49 Å / Num. obs: 66842 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 350595 / Scaling rejects: 164
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.515.22.3782325244520.4281.1442.6440.899.2
11.49-47.495.10.06934126700.9920.0330.07719.198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8E8T

8e8t


解像度: 2.45→47.49 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 3247 4.87 %
Rwork0.234 63424 -
obs0.2351 66671 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 233.49 Å2 / Biso mean: 84.5537 Å2 / Biso min: 37.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12703 0 36 0 12739
Biso mean--72.59 --
残基数----1616
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.45-2.48660.39941120.39532789
2.4866-2.52540.3661300.39222753
2.5254-2.56680.40811770.35932720
2.5668-2.61110.41091210.36032767
2.6111-2.65860.33321370.33432751
2.6586-2.70970.33451310.33132749
2.7097-2.7650.361750.32562735
2.765-2.82510.34191230.31372730
2.8251-2.89080.331440.2962757
2.8908-2.96310.33991560.29382730
2.9631-3.04320.28521380.27842733
3.0432-3.13270.27361570.26732767
3.1327-3.23380.30191540.26872731
3.2338-3.34940.28361470.27492748
3.3494-3.48350.29041540.2522747
3.4835-3.64190.25921580.23532719
3.6419-3.83390.21991300.21392788
3.8339-4.0740.23151560.19782755
4.074-4.38830.23621160.20132789
4.3883-4.82950.19791110.18382792
4.8295-5.52750.22611350.20142787
5.5275-6.96050.22541500.21382774
6.9605-47.490.20031350.18032813
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3613-1.15351.51795.3451.19623.014-0.38090.9897-0.7419-1.04410.36670.3485-0.26330.11190.12120.7438-0.12070.05250.9759-0.39411.0528-9.358-12.261-33.406
22.84760.7950.15663.8871-1.17691.1018-0.1090.3308-0.46840.08930.0734-0.43240.43440.25670.07120.60620.04680.01060.7847-0.25720.7499-7.725-15.576-24.522
34.47280.1982-0.08966.5057-0.06266.68771.1612.0509-1.1166-2.16330.2961-0.68081.71440.8559-1.57981.32490.1558-0.15931.3516-0.39611.1923-11.308-15.914-41.468
45.0926-1.5635-1.1048.27061.89014.8160.96010.5733-0.3787-1.6616-0.8712-0.28930.9068-0.40060.0071.01250.0416-0.00841.0086-0.28170.9759-13.541-23.133-36.736
50.041-0.2354-0.2943.48953.79734.1759-0.34860.5947-0.5439-0.7804-0.17930.11031.81340.45930.25821.7549-0.04660.15611.6024-0.61651.4534-17.944-24.548-46.981
61.7186-0.2184-2.45080.07850.25483.56550.72710.9217-0.7531-0.88640.39080.46360.1215-0.4677-0.48011.8502-0.36820.0371.8901-0.1121.3928-14.323-31.028-43.831
72.5594-0.8304-0.20686.64712.59044.2360.0507-0.0191-0.5036-0.17950.05330.84110.23860.0482-0.08860.7428-0.0593-0.05311.0883-0.32261.183-27.757-16.142-30.735
82.79760.47320.25780.83860.47851.0056-0.08830.2408-0.1778-0.03170.05250.1180.0754-0.09260.04920.3875-0.02880.02870.762-0.03210.4996-34.79211.814-27.468
95.3080.57490.32414.5468-0.23195.0876-0.13141.0919-0.5294-1.5233-0.19320.24150.57090.11320.27260.7475-0.0086-0.06051.2111-0.14460.5752-40.0027.101-43.172
103.00110.1248-0.05217.82460.60772.61050.08040.38130.1501-0.6835-0.28560.0807-0.3064-0.2160.17110.435-0.0123-0.00140.81440.05720.5705-31.68220.493-34.728
118.7203-1.84982.06935.94651.73871.35170.31330.838-0.2686-1.0258-0.2415-1.1792-0.09870.12690.17490.7128-0.14510.22911.3631-0.240.6824-31.9135.168-43.531
124.6704-0.9331.07227.2277-0.60626.76890.53971.87870.7242-1.4586-0.4476-0.59230.38390.9796-0.22110.6452-0.17390.12161.249-0.07930.5736-24.28312.958-44.098
133.4250.5742-0.13114.0867-1.83225.0605-0.18981.5512-0.3449-0.75610.2748-0.39540.16291.2485-0.19880.736-0.09450.11831.6289-0.0690.5116-23.72913.398-41.039
141.6877-0.42250.85482.98880.15711.34430.21570.4383-0.38760.1614-0.15120.83870.5408-0.02110.08660.5541-0.02210.00720.759-0.21490.7305-19.585-18.242-26.726
152.9911-2.06350.37393.897-0.03452.7220.53380.2704-0.86040.8362-0.71330.60390.4845-0.77680.25660.936-0.2151-0.03780.8949-0.28671.2706-26.238-27.125-32.255
163.06150.92650.0354.14820.33381.5497-0.1915-0.25880.4109-0.1530.26550.4989-0.2363-0.3157-0.09840.49180.02780.02930.67710.06310.6541-18.54841.85-24.299
173.89590.92090.22321.25421.4233.5450.48330.64051.1405-1.7951-0.66940.3727-0.9854-0.7055-0.29091.09310.1246-0.16721.03360.23360.8461-14.05248.103-37.144
188.1992-4.57971.42486.2792-3.03884.45620.17560.80490.3789-0.29540.0280.1862-0.39930.1562-0.16941.33770.1576-0.13192.35480.65111.7169-9.5551.763-46.486
190.5403-1.64621.31625.3673-4.41063.7091-0.41571.15110.845-0.8189-0.2786-0.1918-0.9609-0.4280.08151.39670.17680.00461.53240.58861.0031-11.88456.734-41.383
208.34610.14542.29385.10650.33354.8673-0.69631.01810.556-0.22340.3551-1.0868-0.01480.67090.50750.8585-0.13020.10360.66970.06130.79180.96846.392-29.63
211.91840.2026-0.22681.8816-0.60910.53190.04310.1547-0.04740.034-0.0908-0.0872-0.04080.07930.05790.402-0.0229-0.00710.8483-0.04210.50911.8313.436-24.07
223.27741.2731-0.07372.26720.17061.40960.18730.2789-0.0359-0.1896-0.4302-0.4051-0.26860.23070.27950.4863-0.02560.05250.98540.13650.53320.89724.05-34.451
231.91342.9475-2.044.814-2.9212.3738-0.0766-0.86541.62611.188-0.54340.5069-1.22980.06990.52310.93440.3009-0.14151.21130.1240.799210.99631.353-36.816
246.697-0.14150.82183.67140.73366.4154-0.37911.98240.0989-1.5562-0.33240.001-0.1065-0.23280.63780.8532-0.00870.10061.46550.07380.647513.36918.915-43.898
252.95290.4630.17767.94890.51912.47930.1080.0268-0.5251-0.70230.0156-1.07850.20110.139-0.10420.4340.0982-0.01341.1006-0.12620.50954.6457.364-35.307
268.209-4.0002-2.80855.3805-0.72343.68020.4490.93031.3094-1.30640.66880.7434-0.403-0.9895-1.76660.8122-0.0558-0.09651.37980.21130.86144.95324.305-41.829
273.05261.64082.52135.4754-1.72084.17290.39962.1372-0.5855-1.4881-0.04380.5837-0.2972-0.7874-0.22990.74710.0083-0.13021.2073-0.04010.5413-2.95615.527-43.905
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474.31071.72850.33864.4481-0.65220.6477-0.5427-0.2746-0.26991.0441-0.3566-0.4588-0.71211.48271.12441.0503-0.2487-0.38451.49460.01521.009317.14226.76714.343
480.4512-0.8231-0.81891.89271.89241.95570.349-1.0626-0.63371.10010.05410.30740.8841-0.3948-0.40771.85250.4861-0.29521.50430.00241.721120.46831.44522.69
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597.957-1.5398-7.32392.2991.09626.803-0.1756-2.14420.56940.115-0.052-0.3638-0.31230.79850.12060.85570.0267-0.01481.5476-0.04930.4424-12.80124.67413.034
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 24:36 )A24 - 36
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3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 92:100 )A92 - 100
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9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 310:330 )A310 - 330
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 340:356 )A340 - 356
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 357:369 )A357 - 369
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24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND RESID 314:330 )B314 - 330
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26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN B AND RESID 357:369 )B357 - 369
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN B AND RESID 370:386 )B370 - 386
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN B AND RESID 387:402 )B387 - 402
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN B AND RESID 403:432 )B403 - 432
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN B AND RESID 433:450 )B433 - 450
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32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN C AND RESID 93:110 )C93 - 110
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN C AND RESID 123:126 )C123 - 126
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN C AND RESID 127:138 )C127 - 138
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN C AND RESID 139:152 )C139 - 152
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN C AND RESID 153:215 )C153 - 215
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN C AND RESID 216:253 )C216 - 253
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN C AND RESID 254:309 )C254 - 309
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN C AND RESID 310:322 )C310 - 322
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN C AND RESID 323:341 )C323 - 341
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN C AND RESID 342:358 )C342 - 358
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN C AND RESID 361:379 )C361 - 379
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN C AND RESID 380:389 )C380 - 389
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN C AND RESID 390:402 )C390 - 402
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN C AND RESID 403:450 )C403 - 450
46X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN D AND RESID 24:93 )D24 - 93
47X-RAY DIFFRACTION47( CHAIN D AND RESID 94:110 )D94 - 110
48X-RAY DIFFRACTION48( CHAIN D AND RESID 124:129 )D124 - 129
49X-RAY DIFFRACTION49( CHAIN D AND RESID 130:152 )D130 - 152
50X-RAY DIFFRACTION50( CHAIN D AND RESID 153:271 )D153 - 271
51X-RAY DIFFRACTION51( CHAIN D AND RESID 272:278 )D272 - 278
52X-RAY DIFFRACTION52( CHAIN D AND RESID 279:298 )D279 - 298
53X-RAY DIFFRACTION53( CHAIN D AND RESID 299:311 )D299 - 311
54X-RAY DIFFRACTION54( CHAIN D AND RESID 312:343 )D312 - 343
55X-RAY DIFFRACTION55( CHAIN D AND RESID 344:357 )D344 - 357
56X-RAY DIFFRACTION56( CHAIN D AND RESID 361:373 )D361 - 373
57X-RAY DIFFRACTION57( CHAIN D AND RESID 374:386 )D374 - 386
58X-RAY DIFFRACTION58( CHAIN D AND RESID 387:394 )D387 - 394
59X-RAY DIFFRACTION59( CHAIN D AND RESID 395:403 )D395 - 403
60X-RAY DIFFRACTION60( CHAIN D AND RESID 404:450 )D404 - 450

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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