PDB-8e7w: RsTSPO A139T with Heme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e7w

タイトル

RsTSPO A139T with Heme

要素

Tryptophan-rich sensory protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Translocator Protein 18 kD / TSPO

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / lipid binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Liu, J. / Hiser, C. / Li, F. / Garavito, R. / Ferguson-Miller, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: New TSPO Crystal Structures of Mutant and Heme-Bound Forms with Altered Flexibility, Ligand Binding, and Porphyrin Degradation Activity.
著者: Liu, J. / Hiser, C. / Li, F. / Hall, R. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.

履歴

登録	2022年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e7w.cif.gz	118.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e7w.ent.gz	89.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8e7w_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e7w_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8e7w_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	8e7w_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e7xC 8e7yC 8e7zC 4uc1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan-rich sensory protein

B: Tryptophan-rich sensory protein

C: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

61.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan-rich sensory protein

B: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

C: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.399, 99.568, 95.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.160, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...
2	1	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...
3	1	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...	A	A	3 - 23	3 - 23
1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...	A	A	24	24
1	3	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...	A	A	1 - 157	1 - 157
1	4	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...	A	A	1 - 157	1 - 157
1	5	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...	A	A	1 - 157	1 - 157
1	6	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 23 or (resid 24...	A	A	1 - 157	1 - 157
2	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...	B	B	3 - 23	3 - 23
2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...	B	B	24	24
2	3	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...	B	B	2 - 157	2 - 157
2	4	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...	B	B	2 - 157	2 - 157
2	5	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...	B	B	2 - 157	2 - 157
2	6	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 23 or (resid 24...	B	B	2 - 157	2 - 157
3	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	3 - 32	3 - 32
3	2	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	33	33
3	3	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150
3	4	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150
3	5	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150
3	6	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150

#1: タンパク質	Tryptophan-rich sensory protein / TSPO / Translocator protein TspO / TspO regulatory protein 分子量: 18015.066 Da / 分子数: 3 / 変異: A139T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: tspO, crtK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFC8
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-P6L / (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE 分子量: 746.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 28-30% PEG400, HEPES (pH 8.5), 100mM sodium acetate, 100 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→28.95 Å / Num. obs: 31427 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3098 / CC_1/2: 0.583 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UC1

4uc1

解像度: 2.1→28.95 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	949	3.02 %
R_work	0.1951	30433	-
obs	0.1968	31382	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.6 Å² / B_iso mean: 34.9326 Å² / B_iso min: 15.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→28.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3666	0	394	118	4178
B_iso mean	-	-	52.13	42.63	-
残基数	-	-	-	-	462

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1329	X-RAY DIFFRACTION	8.917	TORSIONAL
1	2	B	1329	X-RAY DIFFRACTION	8.917	TORSIONAL
1	3	C	1329	X-RAY DIFFRACTION	8.917	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.21	0.3179	135	0.2517	4284	4419	99
2.21-2.35	0.2726	142	0.228	4300	4442	99
2.35-2.53	0.2686	136	0.2094	4372	4508	100
2.53-2.78	0.2468	150	0.1952	4310	4460	100
2.78-3.19	0.2439	137	0.1888	4357	4494	100
3.19-4.01	0.2521	132	0.185	4374	4506	100
4.01-28.95	0.2368	117	0.184	4436	4553	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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