PDB-8e7r: Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and Phos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e7r

タイトル

Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and Phosphonoacetate

要素

Metallothiol transferase FosB

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / phosphonoacetate

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.975 Å

データ登録者

Travis, S. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Identification and analysis of small molecule inhibitors of FosB from Staphylococcus aureus.
著者: Travis, S. / Green, K.D. / Thamban Chandrika, N. / Pang, A.H. / Frantom, P.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

履歴

登録	2022年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e7r.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e7r.ent.gz	56.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8e7r_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e7r_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8e7r_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	8e7r_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e7qC 8g7fC 8g7gC 8g7hC 8g7iC 4jh6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metallothiol transferase FosB

B: Metallothiol transferase FosB

ヘテロ分子

33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.674, 67.831, 69.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein 分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

#1: タンパク質

Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein

分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物	ChemComp-PAE / PHOSPHONOACETIC ACID / ホスホノ酢酸分子量: 140.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 3350, 125 mM magnesium formate, 5 mM phosphonoacetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.975→50 Å / Num. obs: 22012 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.178 / Χ²: 0.784 / Net I/σ(I): 3.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.98-2.01	5	0.583	1054	0.752	0.287	0.652	0.524	99.8
2.01-2.05	5.1	0.535	1088	0.79	0.262	0.597	0.572	100
2.05-2.09	5.2	0.492	1078	0.818	0.238	0.548	0.562	100
2.09-2.13	5.1	0.448	1093	0.837	0.219	0.5	0.574	100
2.13-2.18	4.9	0.394	1081	0.87	0.2	0.444	0.644	99.8
2.18-2.23	4.7	0.375	1068	0.87	0.191	0.423	0.633	99.8
2.23-2.29	5.6	0.364	1097	0.898	0.169	0.402	0.668	100
2.29-2.35	5.6	0.308	1087	0.924	0.143	0.34	0.66	99.7
2.35-2.42	5.6	0.293	1082	0.93	0.136	0.324	0.65	99.7
2.42-2.49	5.5	0.29	1114	0.919	0.136	0.321	0.669	100
2.49-2.58	5.4	0.247	1080	0.959	0.116	0.274	0.707	100
2.58-2.69	5.4	0.227	1088	0.946	0.108	0.252	0.76	99.9
2.69-2.81	5.3	0.189	1099	0.966	0.09	0.21	0.791	100
2.81-2.96	5.1	0.164	1106	0.974	0.081	0.183	0.78	99.8
2.96-3.14	4.7	0.133	1092	0.981	0.068	0.15	0.846	99.4
3.14-3.39	5.2	0.115	1103	0.986	0.054	0.128	0.992	99.5
3.39-3.73	5.6	0.098	1112	0.989	0.045	0.108	1.094	100
3.73-4.26	5.5	0.085	1137	0.991	0.039	0.094	1.221	99.9
4.26-5.37	5.2	0.074	1133	0.995	0.035	0.083	1.175	99.2
5.37-50	4.8	0.073	1220	0.994	0.037	0.082	1.031	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.79 Å	46.81 Å
Translation	5.79 Å	46.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JH6

4jh6

解像度: 1.975→46.808 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.155 / Average fsc free: 0.9672 / Average fsc work: 0.9791 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2204	1049	4.776 %	RANDOM
R_work	0.1691	20916	-	-
all	0.172	-	-	-
obs	-	21965	99.223 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.975→46.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2326	0	35	211	2572
B_iso mean	-	-	32.96	24.72	-
残基数	-	-	-	-	276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.642	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.779	1.556	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.97	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.656	10	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.531	10	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.881	10	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.079	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.296	1.798	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.295	1.801	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.928	2.689	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.927	2.69	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.97	2.064	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.956	2.053	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.113	2.988	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.113	2.99	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.779	27.486	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.673	26.843	2686

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.975-2.026	0.26	84	0.225	1391	0.227	1606	0.959	0.966	91.8431	0.21
2.026-2.082	0.234	79	0.219	1477	0.22	1556	0.966	0.968	100	0.196
2.082-2.142	0.279	90	0.201	1429	0.206	1519	0.952	0.971	100	0.18
2.142-2.208	0.27	56	0.191	1429	0.194	1489	0.958	0.974	99.7314	0.17
2.208-2.28	0.269	68	0.183	1373	0.187	1441	0.954	0.977	100	0.161
2.28-2.36	0.219	70	0.174	1310	0.176	1384	0.97	0.979	99.711	0.154
2.36-2.448	0.253	74	0.169	1273	0.173	1349	0.96	0.98	99.8517	0.15
2.448-2.548	0.238	56	0.175	1246	0.178	1302	0.961	0.98	100	0.153
2.548-2.661	0.229	55	0.166	1192	0.168	1247	0.966	0.982	100	0.147
2.661-2.79	0.208	58	0.173	1150	0.175	1209	0.976	0.982	99.9173	0.156
2.79-2.941	0.194	36	0.166	1109	0.167	1147	0.975	0.984	99.8256	0.149
2.941-3.118	0.188	34	0.164	1039	0.165	1077	0.978	0.983	99.6286	0.149
3.118-3.333	0.2	38	0.163	971	0.164	1018	0.976	0.984	99.1159	0.149
3.333-3.598	0.193	27	0.154	936	0.155	963	0.978	0.986	100	0.144
3.598-3.939	0.223	49	0.146	829	0.15	878	0.972	0.988	100	0.137
3.939-4.4	0.187	53	0.122	753	0.126	808	0.981	0.991	99.7525	0.118
4.4-5.074	0.18	56	0.135	657	0.138	719	0.99	0.99	99.1655	0.134
5.074-6.196	0.214	33	0.182	585	0.183	621	0.965	0.986	99.5169	0.177
6.196-8.686	0.233	23	0.192	472	0.194	497	0.974	0.982	99.5976	0.192
8.686-46.808	0.231	10	0.202	295	0.203	305	0.979	0.966	100	0.227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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