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- PDB-8e73: Vigna radiata supercomplex I+III2 (full bridge) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+73
タイトルVigna radiata supercomplex I+III2 (full bridge)
要素
  • (MPP-alpha (protomer ...) x 2
  • COB (cyt b)
  • CYC1 (cyt c1)
  • MPP-beta
  • NDUA1
  • NDUA11
  • NDUA12
  • NDUA13
  • NDUA2
  • NDUA3
  • NDUA5
  • NDUA6
  • NDUA7
  • NDUA8
  • NDUA9
  • NDUAB1-alpha
  • NDUAB1-beta
  • NDUB10
  • NDUB11
  • NDUB2
  • NDUB3
  • NDUB4
  • NDUB6
  • NDUB7
  • NDUB8
  • NDUB9
  • NDUC2
  • NDUCA1
  • NDUCA2
  • NDUCAL2
  • NDUFX
  • NDUP1
  • NDUP2
  • NDUP4
  • NDUS1
  • NDUS2
  • NDUS3
  • NDUS4
  • NDUS5
  • NDUS6
  • NDUS7
  • NDUS8
  • NDUV1
  • NDUV2
  • NDUX1
  • Nad1
  • Nad2
  • Nad3
  • Nad4
  • Nad4L
  • Nad5
  • Nad6
  • QCR10 (UCRY)
  • QCR6
  • QCR7
  • QCR8
  • QCR9
  • UCR1 (Rieske iron-sulfur protein subunit)
キーワードELECTRON TRANSPORT / respiratory supercomplex / nadh-cyt c oxidoreductase / membrane complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / P450-containing electron transport chain / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl binding ...TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / P450-containing electron transport chain / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / chloroplast / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mRNA processing / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / mRNA binding / heme binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / : / : ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / : / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Hexapeptide repeat / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Complex 1 LYR protein domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Complex 1 protein (LYR family) / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NAD-dependent epimerase/dehydratase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / UBIQUINONE-10 / Chem-ZMP / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106754061 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / Serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Uncharacterized protein LOC106758628 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial isoform X1 / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein LOC106761134 / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106766640 / Uncharacterized protein LOC106767179 / Uncharacterized protein LOC106768957 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Uncharacterized protein LOC106771273 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1 / Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Uncharacterized protein LOC106775330 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / Uncharacterized protein LOC106779486 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Maldonado, M. / Letts, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0022293 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Plant-specific features of respiratory supercomplex I + III from Vigna radiata.
著者: M Maldonado / Z Fan / K M Abe / J A Letts /
要旨: The last steps of cellular respiration-an essential metabolic process in plants-are carried out by mitochondrial oxidative phosphorylation. This process involves a chain of multi-subunit membrane ...The last steps of cellular respiration-an essential metabolic process in plants-are carried out by mitochondrial oxidative phosphorylation. This process involves a chain of multi-subunit membrane protein complexes (complexes I-V) that form higher-order assemblies called supercomplexes. Although supercomplexes are the most physiologically relevant form of the oxidative phosphorylation complexes, their functions and structures remain mostly unknown. Here we present the cryogenic electron microscopy structure of the supercomplex I + III from Vigna radiata (mung bean). The structure contains the full subunit complement of complex I, including a newly assigned, plant-specific subunit. It also shows differences in the mitochondrial processing peptidase domain of complex III relative to a previously determined supercomplex with complex IV. The supercomplex interface, while reminiscent of that in other organisms, is plant specific, with a major interface involving complex III's mitochondrial processing peptidase domain and no participation of complex I's bridge domain. The complex I structure suggests that the bridge domain sets the angle between the enzyme's two arms, limiting large-scale conformational changes. Moreover, complex I's catalytic loops and its response in active-to-deactive assays suggest that, in V. radiata, the resting complex adopts a non-canonical state and can sample deactive- or open-like conformations even in the presence of substrate. This study widens our understanding of the possible conformations and behaviour of complex I and supercomplex I + III. Further studies of complex I and its supercomplexes in diverse organisms are needed to determine the universal and clade-specific mechanisms of respiration.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MPP-beta
B: MPP-alpha (protomer 1)
C: COB (cyt b)
D: CYC1 (cyt c1)
E: UCR1 (Rieske iron-sulfur protein subunit)
F: QCR7
G: QCR8
H: QCR6
J: QCR9
K: QCR10 (UCRY)
M: MPP-beta
N: MPP-alpha (protomer 2)
O: COB (cyt b)
P: CYC1 (cyt c1)
Q: UCR1 (Rieske iron-sulfur protein subunit)
R: QCR7
S: QCR8
T: QCR6
V: QCR9
W: QCR10 (UCRY)
1M: Nad1
2M: Nad2
3M: Nad3
4M: Nad4
4L: Nad4L
5M: Nad5
6M: Nad6
A1: NDUA1
A2: NDUA2
A3: NDUA3
A5: NDUA5
A6: NDUA6
A7: NDUA7
A8: NDUA8
A9: NDUA9
AK: NDUA11
AL: NDUA12
AM: NDUA13
AC: NDUAB1-beta
AB: NDUAB1-alpha
B2: NDUB2
B3: NDUB3
B4: NDUB4
B7: NDUB7
B8: NDUB8
B9: NDUB9
BJ: NDUB10
BK: NDUB11
FD: NDUFX
C2: NDUC2
P2: NDUP2
G1: NDUCA1
G2: NDUCA2
L2: NDUCAL2
S1: NDUS1
S2: NDUS2
S3: NDUS3
S4: NDUS4
S5: NDUS5
S6: NDUS6
S7: NDUS7
S8: NDUS8
P1: NDUP1
P4: NDUP4
C1: NDUB6
V1: NDUV1
V2: NDUV2
X1: NDUX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,622,406114
ポリマ－1,588,83568
非ポリマー33,57246
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 57種, 66分子 AMCODPEQFRGSHTJVKW1M2M3M4M4L5M6MA1A2A3A5A6...

#1: タンパク質 MPP-beta


分子量: 58711.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TWG4
#3: タンパク質 COB (cyt b)


分子量: 44454.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#4: タンパク質 CYC1 (cyt c1)


分子量: 33556.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3W199
#5: タンパク質 UCR1 (Rieske iron-sulfur protein subunit)


分子量: 30051.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TB49, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 QCR7


分子量: 14392.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U9J1
#7: タンパク質 QCR8


分子量: 8349.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U9S5
#8: タンパク質 QCR6


分子量: 8117.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VHC0
#9: タンパク質 QCR9


分子量: 8203.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQD2
#10: タンパク質 QCR10 (UCRY)


分子量: 8948.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#12: タンパク質 Nad1


分子量: 35771.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#13: タンパク質 Nad2


分子量: 54063.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#14: タンパク質 Nad3


分子量: 13746.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: G9JLR0
#15: タンパク質 Nad4


分子量: 55823.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#16: タンパク質 Nad4L


分子量: 11153.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#17: タンパク質 Nad5


分子量: 74895.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#18: タンパク質 Nad6


分子量: 23604.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#19: タンパク質 NDUA1


分子量: 7357.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TU57
#20: タンパク質 NDUA2


分子量: 10884.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TVC7
#21: タンパク質 NDUA3


分子量: 6695.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TCK0
#22: タンパク質 NDUA5


分子量: 18977.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U023
#23: タンパク質 NDUA6


分子量: 14920.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3W1K8
#24: タンパク質 NDUA7


分子量: 14356.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UVC7
#25: タンパク質 NDUA8


分子量: 12022.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VVN6
#26: タンパク質 NDUA9


分子量: 43781.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3V8W7
#27: タンパク質 NDUA11


分子量: 17284.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TLY8
#28: タンパク質 NDUA12


分子量: 18192.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VNK7
#29: タンパク質 NDUA13


分子量: 16189.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UYW0
#30: タンパク質 NDUAB1-beta


分子量: 13066.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A0L9U2J6
#31: タンパク質 NDUAB1-alpha


分子量: 14314.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VXS7
#32: タンパク質 NDUB2


分子量: 7555.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TFG6
#33: タンパク質 NDUB3


分子量: 7843.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UVV0
#34: タンパク質 NDUB4


分子量: 8364.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3ULL3
#35: タンパク質 NDUB7


分子量: 11600.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3V2B8
#36: タンパク質 NDUB8


分子量: 13592.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UJ95
#37: タンパク質 NDUB9


分子量: 13519.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U1J6
#38: タンパク質 NDUB10


分子量: 12587.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VGT1
#39: タンパク質 NDUB11


分子量: 13157.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3V2Z3
#40: タンパク質 NDUFX


分子量: 17610.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VXN7
#41: タンパク質 NDUC2


分子量: 9243.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#42: タンパク質 NDUP2


分子量: 12172.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A0L9V7A4
#43: タンパク質 NDUCA1


分子量: 29333.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VT00
#44: タンパク質 NDUCA2


分子量: 29780.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U544
#45: タンパク質 NDUCAL2


分子量: 28268.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UI49
#46: タンパク質 NDUS1


分子量: 81434.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQ85
#47: タンパク質 NDUS2


分子量: 45031.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#48: タンパク質 NDUS3


分子量: 22926.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#49: タンパク質 NDUS4


分子量: 16435.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UIW7
#50: タンパク質 NDUS5


分子量: 9966.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQ33
#51: タンパク質 NDUS6


分子量: 11582.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VYF3
#52: タンパク質 NDUS7


分子量: 23710.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U8J5
#53: タンパク質 NDUS8


分子量: 25545.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A0L9VFH0
#54: タンパク質 NDUP1


分子量: 11245.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U2B9
#55: タンパク質 NDUP4


分子量: 7316.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UND4
#56: タンパク質 NDUB6


分子量: 9708.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TTD7
#57: タンパク質 NDUV1


分子量: 53904.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#58: タンパク質 NDUV2


分子量: 27992.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A0L9UNZ4
#59: タンパク質 NDUX1


分子量: 10949.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VI15

-
MPP-alpha (protomer ... , 2種, 2分子 BN

#2: タンパク質 MPP-alpha (protomer 1)


分子量: 55244.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UHF9
#11: タンパク質 MPP-alpha (protomer 2)


分子量: 54537.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VF71

-
非ポリマー , 13種, 46分子

#60: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#61: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#62: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#63: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#64: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#65: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#66: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#67: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#68: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#69: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#70: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#71: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#72: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vigna radiata supercomplex I+III2 (full bridge) / タイプ: COMPLEX
詳細: Higher-order assembly between respiratory complex I and complex III2
Entity ID: #1-#59 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
緩衝液pH: 7.7
詳細: 0.2% digitonin, 30 mM HEPES pH 7.7, 150 mM potassium acetate, 1 mM EDTA, 0.002% PMSF
試料濃度: 1.55 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Digitonin-extracted, amphipol (A8-35)stabilized
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: 4 ul, 20 seconds pre-blot, blot 4 seconds

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 25712

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123451 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003100136
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.544135727
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.06214503
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04214886
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00417155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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