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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e6q | ||||||
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タイトル | Human TRPM2 ion channel in 1 mM ADPR | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRPM2 / TRP / ADPR / ADP-ribose / NUDT9H / NUDT9 / calcium / ion channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to purine-containing compound / mono-ADP-D-ribose binding / manganese ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / dendritic cell differentiation / response to purine-containing compound / regulation of filopodium assembly / ligand-gated calcium channel activity / cellular response to temperature stimulus / TRP channels ...cellular response to purine-containing compound / mono-ADP-D-ribose binding / manganese ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / dendritic cell differentiation / response to purine-containing compound / regulation of filopodium assembly / ligand-gated calcium channel activity / cellular response to temperature stimulus / TRP channels / dendritic cell chemotaxis / sodium channel activity / response to hydroperoxide / calcium ion transmembrane import into cytosol / temperature homeostasis / calcium ion import across plasma membrane / intracellularly gated calcium channel activity / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / specific granule membrane / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / regulation of actin cytoskeleton organization / calcium ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / calcium channel activity / cellular response to hydrogen peroxide / calcium ion transport / response to heat / perikaryon / protein homotetramerization / lysosome / lysosomal membrane / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, L. / Fu, T.M. / Xia, S. / Wu, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A unified mechanism for human TRPM2 activation, desensitization and inhibition 著者: Wang, L. / Fu, T.-M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e6q.cif.gz | 915.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e6q.ent.gz | 736.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e6q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e6q_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e6q_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8e6q_validation.xml.gz | 149 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e6q_validation.cif.gz | 218.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e6q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27922MC 8e6rC 8e6sC 8e6tC 8e6uC 8e6vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 171416.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPM2, EREG1, KNP3, LTRPC2, TRPC7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94759 #2: 化合物 | ChemComp-APR / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human TRPM2 in 1 mM ADPR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135036 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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