PDB-8e6u: Human TRPM2 ion channel in 1 mM F-dADPR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e6u

タイトル

Human TRPM2 ion channel in 1 mM F-dADPR

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRPM2 / TRP / ADPR / ADP-ribose / NUDT9H / NUDT9 / calcium / ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

mono-ADP-D-ribose binding / manganese ion transmembrane transporter activity / ligand-gated calcium channel activity / zinc ion transmembrane transport / dendritic cell differentiation / response to purine-containing compound / cellular response to temperature stimulus / regulation of filopodium assembly / TRP channels / dendritic cell chemotaxis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wang, L. / Fu, T.M. / Xia, S. / Wu, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A unified mechanism for human TRPM2 activation, desensitization and inhibition
著者: Wang, L. / Fu, T.-M.

履歴

登録	2022年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e6u.cif.gz	940.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e6u.ent.gz	775.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8e6u_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e6u_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8e6u_validation.xml.gz	156.1 KB	表示
CIF形式データ	8e6u_validation.cif.gz	226.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e6u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	27926MC 27922C 27923C 27924C 27925C 27927C 8e6qC 8e6rC 8e6sC 8e6tC 8e6vC 6mix M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

ヘテロ分子

691 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 / Estrogen-responsive element-associated gene 1 protein / Long transient receptor potential channel 2 ...Estrogen-responsive element-associated gene 1 protein / Long transient receptor potential channel 2 / LTrpC2 / Transient receptor potential channel 7 / TrpC7 / Transient receptor potential melastatin 2 分子量: 171416.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPM2, EREG1, KNP3, LTRPC2, TRPC7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94759
#2: 化合物	ChemComp-UOZ / [(2R,3S,5R)-5-(6-amino-8-phenyl-9H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-trihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) 分子量: 619.412 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₅O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human TRPM2 in 1 mM F-dADPR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 49 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61503 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	44496
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.792	60424
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.433	5828
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.047	6696
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	7652

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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