PDB-8e67: ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8.0E+67

タイトル

ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAT

要素

Complementary 15 bp strand
GGAT-containing 15 bp DNA
Transcription factor ETV6

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / ETS / complex / winged-helix-turn-helix / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Scheu, K. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / McIntosh, L.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: The functional role of histidine within the ETV6 ETS domain
著者: Scheu, K. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / McIntosh, L.P.

履歴

登録	2022年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e67.cif.gz	305.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e67.ent.gz	243.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e66C 4mhgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: GGAT-containing 15 bp DNA

C: Complementary 15 bp strand

A: Transcription factor ETV6

D: GGAT-containing 15 bp DNA

E: Complementary 15 bp strand

F: Transcription factor ETV6

G: GGAT-containing 15 bp DNA

H: Complementary 15 bp strand

I: Transcription factor ETV6

J: GGAT-containing 15 bp DNA

K: Complementary 15 bp strand

L: Transcription factor ETV6

86.1 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: GGAT-containing 15 bp DNA

C: Complementary 15 bp strand

A: Transcription factor ETV6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, Binding between the protein and DNA complex was confirmed through NMR, while affinity was determined through SPR. The dimerization of DNA was confirmed through gel filtration.
21.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: GGAT-containing 15 bp DNA

E: Complementary 15 bp strand

F: Transcription factor ETV6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: GGAT-containing 15 bp DNA

H: Complementary 15 bp strand

I: Transcription factor ETV6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: GGAT-containing 15 bp DNA

K: Complementary 15 bp strand

L: Transcription factor ETV6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.940, 74.350, 76.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: DNA鎖	GGAT-containing 15 bp DNA 分子量: 4683.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖	Complementary 15 bp strand 分子量: 4495.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質	Transcription factor ETV6 分子量: 12337.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Etv6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9Q8J8
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5 at ~300 uM incubated 1:1 with 50 mM Sodium cacodylate, 25 mM Ammonium acetate, 10 mM MgCl2, 20% PEG-8000, pH 6.0 PH範囲: 6.0-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.52127 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.52127 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→48.2 Å / Num. obs: 58090 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.287 % / B_iso Wilson estimate: 50.32 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.868 / Net I/σ(I): 10.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.42	3.208	0.683	1.68	14271	4455	4449	0.748	0.821	99.9
2.42-2.55	3.336	0.474	2.49	13211	3969	3960	0.882	0.563	99.8
2.55-2.69	3.292	0.318	3.66	11187	3412	3398	0.929	0.379	99.6
2.69-2.86	3.452	0.246	4.72	11385	3302	3298	0.967	0.291	99.9
2.86-3.04	3.344	0.157	6.92	9280	2788	2775	0.986	0.187	99.5
3.04-3.25	3.165	0.087	9.92	7760	2477	2452	0.997	0.105	99
3.25-3.5	3.324	0.062	14.51	7443	2263	2239	0.998	0.074	98.9
3.5-3.78	3.076	0.052	17.02	5619	1852	1827	0.997	0.064	98.7
3.78-4.12	3.383	0.047	21.22	5429	1625	1605	0.997	0.056	98.8
4.12-4.51	3.324	0.041	23.41	4385	1336	1319	0.996	0.049	98.7
4.51-5	3.287	0.04	23.81	3635	1120	1106	0.997	0.047	98.8
5-48.2	3.235	0.035	25.53	10165	3178	3142	0.998	0.042	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MHG

4mhg

解像度: 2.3→48.2 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	2903	5 %
R_work	0.2113	55187	-
obs	0.214	58090	93.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.81 Å² / B_iso mean: 67.4525 Å² / B_iso min: 23.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→48.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3233	2390	0	32	5655
B_iso mean	-	-	-	50.48	-
残基数	-	-	-	-	493

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.3457	132	0.3459	2536	2668	90
2.34-2.38	0.3634	132	0.322	2506	2638	88
2.38-2.42	0.3405	136	0.3257	2573	2709	93
2.42-2.47	0.3555	145	0.3167	2644	2789	93
2.47-2.52	0.3775	131	0.3133	2584	2715	94
2.52-2.57	0.3351	145	0.3089	2684	2829	94
2.57-2.63	0.3764	137	0.301	2575	2712	93
2.63-2.7	0.3459	142	0.2998	2645	2787	94
2.7-2.77	0.3512	140	0.3127	2677	2817	94
2.77-2.85	0.4353	135	0.3149	2648	2783	94
2.85-2.95	0.396	135	0.3106	2649	2784	94
2.95-3.05	0.3487	143	0.2834	2643	2786	93
3.05-3.17	0.3497	129	0.2533	2538	2667	91
3.17-3.32	0.3045	140	0.2256	2590	2730	94
3.32-3.49	0.3453	137	0.2113	2672	2809	94
3.49-3.71	0.224	139	0.197	2654	2793	94
3.71-4	0.2306	141	0.1784	2664	2805	95
4-4.4	0.2111	139	0.1558	2676	2815	95
4.4-5.03	0.2162	142	0.1627	2634	2776	94
5.03-6.34	0.1925	140	0.1606	2683	2823	95
6.34-48.2	0.1789	143	0.1572	2712	2855	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1255	0.6714	-2.2296	0.9591	-0.5286	1.3461	0.5732	-0.0847	0.7916	0.1531	0.4127	0.0556	-0.1875	0.3636	0.3927	0.6155	0.1537	-0.0154	0.5816	-0.0199	0.781	-21.0346	-3.1688	-32.2143
2	1.0229	-0.0377	-1.225	0.8418	-0.3714	1.1803	0.3167	0.1896	0.3983	-0.0985	-0.0234	0.1234	-0.9518	-0.2858	-0.0077	0.5158	-0.0203	0.1006	0.45	0.1421	0.5935	-24.3114	-3.1434	-33.6333
3	0.223	-0.145	0.0643	0.0957	-0.0524	0.0338	-0.166	0.8033	0.1395	-0.2604	0.7907	-0.4675	0.7006	-0.2671	0.0004	0.6231	0.167	0.1029	0.8688	0.0888	0.5603	-19.5317	-22.1941	-44.1848
4	0.1241	0.0503	-0.1201	0.0614	-0.0094	0.1339	0.089	0.6085	-0.1906	-0.6178	-0.1577	-0.1103	0.3029	-0.4663	0.0001	0.5156	-0.1347	0.0104	0.5176	0.0246	0.4211	-20.1762	-23.993	-36.1522
5	0.043	0.0942	-0.0554	0.0893	0.0443	0.0228	-0.4629	0.4959	-0.7792	-0.0719	0.1456	-0.839	-0.0631	0.607	-0.0005	0.4834	0.013	-0.017	0.4625	0.0848	0.74	-9.7608	-27.6743	-32.6394
6	0.0398	-0	-0.6541	0.3898	0.9371	2.9381	-0.2779	-0.0476	-0.4902	-0.1432	0.4343	-0.4401	0.5904	1.0329	0.3621	0.5412	-0.1152	-0.0928	0.2841	0.2419	0.4662	-18.3508	-25.7154	-25.3584
7	0.1569	0.059	0.1781	0.7027	0.1155	0.296	1.2649	1.2632	0.1319	0.6878	0.4143	-1.8031	0.6209	0.9621	0.5621	0.0516	-0.3494	0.4584	0.2187	0.6314	0.0505	-11.38	-16.0894	-36.5083
8	4.1545	-0.0797	1.3957	0.1641	0.4305	1.8248	-0.612	-0.187	1.4873	-0.3709	-0.3919	-0.44	-0.6508	-0.6761	-0.3856	0.5041	-0.0531	0.0805	0.4731	0.4015	0.4354	-12.5382	-10.0341	-41.2739
9	0.127	0.1953	0.2231	0.1662	0.3468	0.3207	-0.0502	-0.0908	0.0875	0.0192	-0.0139	0.2902	-0.4142	-0.0425	-0	0.377	0.0281	0.0271	0.2606	0.064	0.4648	-24.4453	-12.2913	-29.9252
10	0.0985	-0.0049	-0.1148	0.0489	0.011	0.063	0.6	-0.2454	0.6911	-0.2876	-0.0889	-0.4601	-0.651	-0.1636	0.0027	0.589	-0.0644	0.0685	0.3993	0.1502	0.5785	-19.808	-16.9975	-18.2262
11	3.2838	-0.502	0.3692	0.0825	-0.1168	0.127	-0.4462	-0.9745	-0.4218	-0.4167	0.0269	0.7878	-0.2685	-0.7191	0.0138	0.4842	-0.1872	-0.0592	0.4351	0.1216	0.6108	-28.8448	-23.3248	-31.2169
12	0.832	1.15	-1.0294	1.637	-0.9345	0.7628	-0.1636	-0.2481	0.0668	-0.0385	0.2916	-0.2822	-0.3499	0.0216	-0	0.5747	0.109	-0.0197	0.5864	-0.1448	0.562	9.6949	-3.6754	-31.5026
13	0.3106	0.3469	-0.5655	1.1158	-0.7015	0.4063	-0.2431	-0.3183	0.3601	0.08	0.1703	-0.1143	-0.8959	0.0313	0.0001	0.6312	0.0453	-0.0611	0.3701	-0.0379	0.5128	6.4377	-3.201	-32.708
14	1.4444	-1.4421	-0.0099	1.5354	-0.7215	1.0483	0.3032	1.1699	-0.3243	-1.2462	0.217	0.7568	0.8802	-0.3301	0.1003	0.4922	0.0347	0.0455	0.5165	0.0268	0.3081	13.1213	-22.4561	-40.0481
15	0.0244	0.0019	-0.0097	0.1325	-0.1646	0.5472	-0.4199	-0.8955	-0.6037	0.2193	0.1097	-0.1986	0.3324	0.7139	-0.0302	0.4272	0.1699	0.1175	0.6047	0.1046	0.6812	23.2511	-25.3294	-33.0659
16	0.9079	-0.5341	-0.012	0.3367	-0.3916	0.4651	0.038	-0.2538	-0.1114	0.0412	-0.1931	-0.3979	0.4338	0.7096	-0.0015	0.3343	0.0088	0.034	0.3257	0.0868	0.389	16.9757	-21.3791	-30.1815
17	0.0437	-0.0098	-0.0083	0.08	0.0187	0.0572	0.1081	0.3469	1.4135	-0.4976	0.1709	-1.1658	-0.7156	0.7233	0.0018	0.5592	-0.1069	0.0407	0.468	0.0505	0.5898	18.1009	-7.7259	-40.7381
18	0.221	-0.3214	-0.0944	0.4916	-0.6374	0.3114	-0.2381	-0.306	0.4589	0.2139	0.2247	-0.0597	-0.029	0.0625	0.0001	0.3467	0.0429	0.0229	0.344	-0.0447	0.3955	8.0403	-14.0354	-27.4032
19	0.4893	-0.0045	-0.0673	0.4059	-0.1464	0.279	-0.0437	-0.462	-0.624	0.1251	-0.0003	0.1482	-0.0997	-0.4978	0.0044	0.3579	-0.0295	0.0383	0.3243	-0.0744	0.5495	2.6402	-24.4268	-33.4369
20	1.7492	-0.8788	-2.4239	1.0031	0.9502	2.0019	-0.186	0.4747	-0.7814	-0.3181	0.1291	0.189	0.5267	0.7574	0.0002	0.8768	0.031	-0.1022	0.7908	0.1824	0.8162	-3.0673	-42.7507	-5.6122
21	1.1709	-0.6656	-0.8484	0.0895	0.3923	0.8114	0.1579	-0.1803	-1.0521	-0.2035	-0.2547	0.1191	0.4006	-0.0384	-0.0041	0.6206	0.0119	-0.0253	0.6258	0.0643	0.7248	-3.1414	-43.9683	-3.6432
22	0.0669	-0.1727	0.2081	0.4752	-0.6065	0.5443	0.0549	-0.2661	0.0764	0.3955	0.6197	-0.4851	-0.0751	0.6674	1.5162	0.5736	-0.1157	-0.2247	1.2286	0.2579	0.6178	6.456	-24.7332	-1.3439
23	0.4786	-0.3585	-0.3115	0.0404	0.2669	0.1562	-0.0089	-0.5093	0.3273	-0.6201	0.1834	-0.3881	-0.2647	0.2297	0.0008	0.5033	-0.0998	0.0627	0.5329	-0.0101	0.4149	-0.114	-20.3171	-8.7017
24	0.2282	-0.2992	0.191	0.089	-0.2549	0.1949	0.7754	0.8303	0.0822	-0.3142	-0.3466	0.2937	-0.7287	-0.3643	0.0095	0.6199	0.0806	0.061	0.3931	0.0324	0.4427	-9.8814	-19.3572	-11.2411
25	0.2364	-0.725	0.1008	0.9554	-0.7265	0.361	0.1455	-0.1989	-0.5498	0.2659	-0.3486	-0.135	0.1044	0.3097	-0.0004	0.3984	0.0068	-0.0028	0.422	0.0295	0.4713	-0.6908	-33.4102	-9.803
26	0.1553	0.2894	-0.2123	0.4097	-0.1202	0.4542	0.167	0.0497	-0.3445	0.4862	0.4557	0.3217	0.2965	-1.116	-0.0044	0.5928	-0.1227	0.0152	0.7101	0.1659	0.594	-14.3104	-28.5785	-8.0362
27	0.0481	0.099	-0.1094	-0.0182	-0.1659	0.1455	-0.2399	-0.4514	0.3599	0.2646	0.313	0.0878	-0.3322	-0.4627	0.0003	0.7204	-0.0086	-0.0446	0.5393	-0.0644	0.4714	-9.5989	-23.1692	1.0256
28	1.6673	0.3993	-1.3326	0.6929	-0.1363	0.9371	0.0936	-0.3452	-0.5077	0.1154	0.0287	-0.3309	0.5837	-0.0177	0.0001	0.6562	0.0335	-0.1272	0.6326	0.1261	0.5926	-36.5289	-45.2197	-8.4704
29	0.5897	-0.7224	-0.3651	0.7999	1.4943	0.5242	0.3463	-0.3524	-0.5716	-0.0732	0.136	-0.052	0.5613	-0.2557	0.0026	0.7379	-0.1238	-0.1845	0.7879	0.268	0.5419	-36.3096	-45.544	-4.8065
30	0.7046	-2.1669	-0.6791	9.5079	-1.5283	3.6043	-0.4321	-1.0599	0.3103	0.2985	0.3638	-1.1656	-0.6904	0.4235	0.0698	0.4631	-0.0346	-0.0758	0.6685	0.0302	0.3271	-30.876	-25.4907	-3.285
31	0.0217	0.0218	-0.0009	0.0523	-0.0664	0.0527	-0.122	-0.4211	0.275	0.454	0.1899	0.4041	0.2948	-0.298	-0.0002	0.7481	-0.2625	-0.029	0.6265	0.0428	0.5884	-28.4002	-19.6448	-14.0694
32	0.2418	0.0472	0.0747	-0.1132	0.0011	0.1381	-0.002	0.3487	0.5129	0.0002	-0.1806	0.2415	0.1775	-0.4158	-0.0037	0.525	-0.0779	0.0394	0.4997	0.0931	0.4855	-40.1654	-21.3689	-11.758
33	0.2322	0.4887	0.0181	0.677	-0.7218	1.0865	0.0457	-0.4431	-0.2231	-0.0546	-0.0584	-0.173	0.6432	0.4606	0.0668	0.4497	-0.0379	-0.0483	0.6169	0.1598	0.4113	-33.1684	-35.2974	-8.5022
34	0.0665	-0.1085	0.0915	0.0824	-0.1463	0.0759	0.0111	-0.3164	-1.0627	-1.3489	0.1905	0.82	0.0199	-0.7438	-0.0001	0.522	-0.08	-0.1065	0.4475	0.0949	0.5821	-46.0468	-29.0525	-16.5814
35	0.2053	-0.0621	0.3329	0.3526	-0.4721	0.5644	0.352	-0.2318	0.4465	0.4141	0.1757	0.5572	0.299	-0.9384	0.1715	0.5956	-0.0383	0.1513	0.6828	-0.0777	0.4792	-41.0533	-25.2905	0.0424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 15 )	B	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 1 through 15 )	C	1 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 331 through 336 )	A	331 - 336
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 337 through 346 )	A	337 - 346
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 347 through 353 )	A	347 - 353
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 354 through 368 )	A	354 - 368
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 369 through 379 )	A	369 - 379
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 380 through 386 )	A	380 - 386
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 387 through 405 )	A	387 - 405
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 406 through 411 )	A	406 - 411
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 412 through 423 )	A	412 - 423
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 15 )	D	1 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 1 through 15 )	E	1 - 15
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 330 through 346 )	F	330 - 346
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 347 through 353 )	F	347 - 353
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 354 through 379 )	F	354 - 379
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 380 through 386 )	F	380 - 386
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 387 through 411 )	F	387 - 411
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 412 through 426 )	F	412 - 426
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 3 through 15 )	G	3 - 15
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	1 - 14
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'I' and (resid 331 through 336 )	I	331 - 336
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'I' and (resid 337 through 353 )	I	337 - 353
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'I' and (resid 354 through 368 )	I	354 - 368
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resid 369 through 399 )	I	369 - 399
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'I' and (resid 400 through 411 )	I	400 - 411
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'I' and (resid 412 through 424 )	I	412 - 424
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'J' and (resid 1 through 15 )	J	1 - 15
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'K' and (resid 1 through 15 )	K	1 - 15
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'L' and (resid 333 through 346 )	L	333 - 346
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'L' and (resid 347 through 353 )	L	347 - 353
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'L' and (resid 354 through 368 )	L	354 - 368
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'L' and (resid 369 through 405 )	L	369 - 405
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'L' and (resid 406 through 411 )	L	406 - 411
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'L' and (resid 412 through 424 )	L	412 - 424

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)