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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8.0E+67 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAT | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / ETS / complex / winged-helix-turn-helix / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Scheu, K. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / McIntosh, L.P. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: to be publishedTitle: The functional role of histidine within the ETV6 ETS domain Authors: Scheu, K. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / McIntosh, L.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8e67.cif.gz | 305.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8e67.ent.gz | 243.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8e67.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8e67_validation.pdf.gz | 493.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8e67_full_validation.pdf.gz | 498.3 KB | Display | |
| Data in XML | 8e67_validation.xml.gz | 18.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8e67_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e67 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8e66C ![]() 4mhgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: DNA chain | Mass: 4683.061 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: DNA chain | Mass: 4495.922 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Protein | Mass: 12337.234 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5 at ~300 uM incubated 1:1 with 50 mM Sodium cacodylate, 25 mM Ammonium acetate, 10 mM MgCl2, 20% PEG-8000, pH 6.0 PH range: 6.0-7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 1.52127 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.52127 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.3→48.2 Å / Num. obs: 58090 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.287 % / Biso Wilson estimate: 50.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 10.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4MHG Resolution: 2.3→48.2 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.77 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 194.81 Å2 / Biso mean: 67.4525 Å2 / Biso min: 23.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→48.2 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
Citation

PDBj












































