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- PDB-8e66: ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+66
タイトルETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAA
要素
  • Complementary 15 bp strand
  • GGAA-containing 15 bp DNA
  • Transcription factor ETV6
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ETS / complex / winged-helix-turn-helix / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10) / Ets variant 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Scheu, K. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / McIntosh, L.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The functional role of histidine within the ETV6 ETS domain
著者: Scheu, K. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GGAA-containing 15 bp DNA
C: Complementary 15 bp strand
A: Transcription factor ETV6
D: GGAA-containing 15 bp DNA
E: Complementary 15 bp strand
F: Transcription factor ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8557
ポリマ－42,7186
非ポリマー1371
水1,892105
1
B: GGAA-containing 15 bp DNA
C: Complementary 15 bp strand
A: Transcription factor ETV6


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, Binding between the protein and DNA complex was confirmed through NMR, while affinity was determined through SPR. The dimerization of DNA was confirmed through gel filtration.
  • 21.4 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3593
ポリマ－21,3593
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
2
D: GGAA-containing 15 bp DNA
E: Complementary 15 bp strand
F: Transcription factor ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4964
ポリマ－21,3593
非ポリマー1371
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.841, 94.685, 76.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 GGAA-containing 15 bp DNA


分子量: 4692.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Complementary 15 bp strand


分子量: 4486.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Transcription factor ETV6


分子量: 12180.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Etv6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9Q8J8
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5 at ~300 uM incubated 1:1 with 50 mM Sodium cacodylate, 25 mM Ammonium acetate, 10 mM MgCl2, 20% PEG-8000, pH 6.0
PH範囲: 6.0-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 17254 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 115206
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.395.40.6758100.7270.3040.7430.65893.4
2.39-2.435.70.5138190.8090.2270.5630.69693.8
2.43-2.485.90.5128690.8570.2210.5590.6994.4
2.48-2.536.10.4738020.8450.2020.5160.69694.5
2.53-2.596.20.4398100.8790.1860.4780.67495.3
2.59-2.656.10.3998680.9040.1690.4350.68696.6
2.65-2.716.20.3338850.910.1420.3630.68897.5
2.71-2.796.30.338040.9260.1390.3590.69698.7
2.79-2.876.40.2958850.9440.1250.3220.72199.2
2.87-2.966.50.2468900.9630.1020.2670.68299.3
2.96-3.076.60.248570.9650.10.2610.72799.5
3.07-3.196.80.1428800.9950.0580.1540.732100
3.19-3.337.10.1198940.9940.0480.1280.8100
3.33-3.517.20.158620.9860.060.1611.211100
3.51-3.737.20.1538910.9670.0610.1652.073100
3.73-4.027.40.1158660.9870.0450.1241.032100
4.02-4.427.50.18880.990.0390.1070.93100
4.42-5.067.60.0858970.9920.0330.0910.688100
5.06-6.377.60.0858780.9930.0330.0910.685100
6.37-507.40.0558990.9920.0220.0590.60798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MHG

4mhg


解像度: 2.35→25.92 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 1649 9.99 %
Rwork0.2165 14860 -
obs0.2203 16509 93.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.62 Å2 / Biso mean: 33.3706 Å2 / Biso min: 18.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→25.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1608 1218 5 105 2936
Biso mean--60.92 29.48 -
残基数----244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.420.32211110.27291005111676
2.42-2.50.321210.28651085120682
2.5-2.590.34551220.29181084120685
2.59-2.690.33361280.27451209133791
2.69-2.820.31121410.27251260140196
2.82-2.960.33511540.27251298145299
2.96-3.150.31971400.27312771417100
3.15-3.390.26241460.230113281474100
3.39-3.730.26461470.21813331480100
3.73-4.270.21381460.182313151461100
4.27-5.370.18691420.163613151457100
5.37-25.920.18341510.154513511502100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75240.05250.83550.3111-0.62241.26270.19960.19810.05940.1683-0.4263-0.48820.02510.1018-0.01110.37670.03960.02320.306-0.05830.25951.93423.9042-1.6025
21.09460.14220.33620.2495-0.20261.64250.21580.42360.0239-0.4793-0.3697-0.2376-0.03980.0311-0.01440.32310.0040.05360.34410.04510.32523.69996.8365-1.8067
30.35930.22150.14250.163-0.05310.23670.06350.23820.63830.24350.49710.3726-0.5585-0.46140.02120.28220.0166-0.01790.33710.00440.2586-4.387111.093516.419
40.0979-0.1228-0.19370.1168-0.18440.215-0.0880.24220.01120.0856-0.01210.20680.0395-0.02310.00010.22430.00260.0020.29470.0040.2733-4.1314-0.522421.5124
50.36750.28720.11710.49630.07320.0256-0.33170.20780.3079-0.50730.12240.30530.2004-0.704-0.01390.3114-0.03320.04650.2625-0.02550.2605-10.02753.7258.8144
61.1687-0.1136-0.12-0.0725-1.04060.5208-0.06750.16940.2205-0.047-0.138-0.02770.09710.1962-0.00870.21690.0014-0.0360.21910.04230.24622.80795.019911.3758
70.75280.52-0.33970.2575-0.65491.72630.2066-0.0692-0.0790.1122-0.463-0.15850.02530.3953-0.12640.251-0.0112-0.02740.16010.00130.218-0.7964-23.804640.2889
80.3382-0.0733-0.40360.128-0.08171.19050.07070.0392-0.02960.0429-0.1368-0.3520.19060.027100.2856-0.00910.0160.28770.00240.4130.9086-26.965740.429
92.15510.0942-0.7690.3315-0.47110.5436-0.49220.6996-1.6031-0.42860.4153-0.2931.0946-0.4448-0.02340.3126-0.03760.07240.21430.03410.3129-7.0976-30.160222.5117
103.15691.0792-0.7281.180.31350.7970.26620.76781.0167-0.5641-0.0850.3978-0.543-0.3142-0.07290.2234-0.0197-0.01660.34930.13490.1448-10.1877-19.421317.1478
110.85230.04240.02280.76280.19581.8197-0.2827-0.14760.0946-0.10310.0307-0.0280.61680.4145-0.45120.15840.07440.02720.33850.04960.216-7.6348-21.60424.4592
120.17680.0439-0.1451-0.2064-0.0754-0.08390.11690.0120.0206-0.002-0.19190.1131-0.13570.01190.00010.2355-0.0001-0.00720.22540.00480.3074-3.4015-25.158534.0108
130.29190.28610.17610.18010.05020.1624-0.0054-0.1897-0.19040.2243-0.33670.32270.10010.1947-0.00040.1917-0.00890.00820.26930.01580.24564.6697-17.516824.5457
141.1652-0.71550.48650.407-0.31870.2956-0.32912.08360.1611-0.7157-0.08880.576-0.7582-0.1127-0.4801-0.86750.6017-0.49460.13280.34660.19733.8667-23.580720.101
150.0370.0126-0.03790.04670.0228-0.00190.14080.7375-0.5367-0.64670.0237-0.0175-0.07510.1560.00010.50930.1040.02050.3967-0.1030.46753.5704-36.254718.5814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 333 through 346 )A333 - 346
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 347 through 368 )A347 - 368
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 369 through 379 )A369 - 379
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 380 through 424 )A380 - 424
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 15 )D1 - 15
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 1 through 15 )E1 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 334 through 345 )F334 - 345
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 346 through 358 )F346 - 358
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 359 through 380 )F359 - 380
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 381 through 400 )F381 - 400
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 401 through 411 )F401 - 411
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 412 through 418 )F412 - 418
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 419 through 425 )F419 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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