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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+64 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a benzimidazole dimethyl sulfane inhibitor | ||||||
要素 | 3C-like proteinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Viral Protein/Inhibitor / Viral Protein-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Madden, T.K. / Groutas, W.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure-guided design of direct-acting antivirals that exploit the gem-dimethyl effect and potently inhibit 3CL proteases of severe acute respiratory syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV- ...タイトル: Structure-guided design of direct-acting antivirals that exploit the gem-dimethyl effect and potently inhibit 3CL proteases of severe acute respiratory syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) and middle east respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). 著者: Dampalla, C.S. / Miller, M.J. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Machen, A.J. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e64.cif.gz | 138.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e64.ent.gz | 105.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e64.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e64_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e64_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8e64_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e64_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/8e64 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e5xC 8e5zC 8e61C 8e63C 8e65C 8e68C 8e69C 8e6aC 8e6bC 8e6cC 8e6dC 8e6eC 8f44C 8f45C 8f46C 6xmkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34068.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: PET28 / Cell (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-WEQ / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-Trs Propane, 200 mM KSCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月14日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→46.35 Å / Num. obs: 60148 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 448771 / Scaling rejects: 38 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6XMK 解像度: 1.75→46.35 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.35 Å
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LS精密化 シェル |
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