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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e5g | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of A. veneficus cytochrome filament | |||||||||
要素 | c-type cytochrome | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / helical symmetry / cytochrome filmanet / conductive nanowires / microbial nanowires | |||||||||
機能・相同性 | Multiheme cytochrome superfamily / HEME C / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Archaeoglobus veneficus (古細菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, F. / Baquero, D.P. / Krupovic, M. / Egelman, E.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Extracellular cytochrome nanowires appear to be ubiquitous in prokaryotes. 著者: Diana P Baquero / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Shengen Shawn Hu / Jessie Lynda Fields / Xing Liu / Christopher Rensing / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang / 要旨: Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens, recently identified as extracellular cytochrome nanowires (ECNs), have received wide attention due to ...Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens, recently identified as extracellular cytochrome nanowires (ECNs), have received wide attention due to numerous potential applications. However, whether other organisms employ similar ECNs for electron transfer remains unknown. Here, using cryoelectron microscopy, we describe the atomic structures of two ECNs from two major orders of hyperthermophilic archaea present in deep-sea hydrothermal vents and terrestrial hot springs. Homologs of Archaeoglobus veneficus ECN are widespread among mesophilic methane-oxidizing Methanoperedenaceae, alkane-degrading Syntrophoarchaeales archaea, and in the recently described megaplasmids called Borgs. The ECN protein subunits lack similarities in their folds; however, they share a common heme arrangement, suggesting an evolutionarily optimized heme packing for efficient electron transfer. The detection of ECNs in archaea suggests that filaments containing closely stacked hemes may be a common and widespread mechanism for long-range electron transfer in both prokaryotic domains of life. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e5g.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e5g.ent.gz | 38.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e5g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e5g_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e5g_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8e5g_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e5g_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e5g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27912MC 8e5fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 5
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27958.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus veneficus (古細菌) / 参照: UniProt: F2KMU8 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: extracellular cytochrome filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Archaeoglobus veneficus (古細菌) |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 33.52 ° / 軸方向距離/サブユニット: 32.74 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92602 / 対称性のタイプ: HELICAL |