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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+53 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of proteinase K recorded on K3 | |||||||||
要素 | Proteinase K | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / serine protease | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Parengyodontium album (菌類) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Clabbers, M.T.B. / Martynowycz, M.W. / Hattne, J. / Nannenga, B.L. / Gonen, T. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Electron-counting MicroED data with the K2 and K3 direct electron detectors. 著者: Max T B Clabbers / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Tamir Gonen / 要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) uses electron cryo-microscopy (cryo-EM) to collect diffraction data from small crystals during continuous rotation of the sample. As a result of advances ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) uses electron cryo-microscopy (cryo-EM) to collect diffraction data from small crystals during continuous rotation of the sample. As a result of advances in hardware as well as methods development, the data quality has continuously improved over the past decade, to the point where even macromolecular structures can be determined ab initio. Detectors suitable for electron diffraction should ideally have fast readout to record data in movie mode, and high sensitivity at low exposure rates to accurately report the intensities. Direct electron detectors are commonly used in cryo-EM imaging for their sensitivity and speed, but despite their availability are generally not used in diffraction. Primary concerns with diffraction experiments are the dynamic range and coincidence loss, which will corrupt the measurement if the flux exceeds the count rate of the detector. Here, we describe instrument setup and low-exposure MicroED data collection in electron-counting mode using K2 and K3 direct electron detectors and show that the integrated intensities can be effectively used to solve structures of two macromolecules between 1.2 Å and 2.8 Å resolution. Even though a beam stop was not used with the K3 studies we did not observe damage to the camera. As these cameras are already available in many cryo-EM facilities, this provides opportunities for users who do not have access to dedicated facilities for MicroED. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e53.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e53.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8e53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e53_validation.pdf.gz | 353.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e53_full_validation.pdf.gz | 354.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8e53_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e53_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e53 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27901MC 8e52C 8e54C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / 詳細: Serine protease / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.0289 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 濃度: 40 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Microcrystals |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-データ収集
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / Num. of diffraction images: 840 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
EM回折 | カメラ長: 745 mm |
EM回折 シェル | 解像度: 2.7→3.4 Å / フーリエ空間範囲: 83 % / 多重度: 6 / 構造因子数: 2499 / 位相残差: 33 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 83 % / 再高解像度: 2.7 Å / 測定した強度の数: 30326 / 構造因子数: 5453 / 位相誤差: 28 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 64 / Rsym: 30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020-24-08 解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.01 Å / B: 67.01 Å / C: 106.56 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 15.89 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum liklihood | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.7→43.333 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.248 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.889 Å2
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拘束条件 |
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