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- PDB-8e3u: Nickel-reconstituted nitrogenase MoFeP mutant S188A from Azotobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e3u
タイトルNickel-reconstituted nitrogenase MoFeP mutant S188A from Azotobacter vinelandii after IDS oxidation
要素(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / MoFeP / MoFe-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / iron-sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / : / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / FE(7)-S(7) CLUSTER / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Rutledge, H.L. / Tezcan, F.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM099813 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)80NSSC18M0093 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Role of Serine Coordination in the Structural and Functional Protection of the Nitrogenase P-Cluster.
著者: Rutledge, H.L. / Field, M.J. / Rittle, J. / Green, M.T. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32026年8月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / 解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,14114
ポリマ－229,7664
非ポリマー3,37610
水18,1771009
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30540 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area56340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.259, 129.009, 107.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 55363.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 株 (発現宿主): DJ / ATCC BAA-1303 / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase


分子量: 59519.879 Da / 分子数: 2 / Mutation: S188A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 株 (発現宿主): DJ / ATCC BAA-1303 / 参照: UniProt: C1DGZ8, nitrogenase

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非ポリマー , 6種, 1019分子

#3: 化合物 ChemComp-UFF / FE(7)-S(7) CLUSTER


分子量: 615.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe7S7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H10O7
#5: 化合物 ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: CFe7MoS9
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 18% PEG 8000, 100 mM Tris pH 8.25, 500 mM NaCl, 10 mM dithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.48484, 1.50832
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月2日
放射モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu monochromater
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.484841
21.508321
反射解像度: 1.99→79.89 Å / Num. obs: 136546 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.36 Å2 / CC1/2: 0.939 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6751 / CC1/2: 0.003 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122精密化
iMOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHENIX1.19.1-4122位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MIN

2min


解像度: 1.99→79.89 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 6796 5.02 %
Rwork0.2023 --
obs0.2049 135397 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→79.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15657 0 96 1009 16762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01916207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.79322352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.175992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1022343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0142816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.010.42182320.3934199X-RAY DIFFRACTION97
2.01-2.030.37132080.37424230X-RAY DIFFRACTION97
2.03-2.060.38392350.36644123X-RAY DIFFRACTION97
2.06-2.090.38891990.34984242X-RAY DIFFRACTION97
2.09-2.110.40032050.34274214X-RAY DIFFRACTION97
2.11-2.140.35652490.334192X-RAY DIFFRACTION98
2.14-2.170.36872220.32254215X-RAY DIFFRACTION98
2.17-2.20.3632120.30854314X-RAY DIFFRACTION98
2.2-2.240.34912270.34226X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.280.34062280.29344292X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.310.31492150.27244268X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.360.32472470.27244264X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.40.30562070.25594313X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.450.31762030.25154352X-RAY DIFFRACTION99
2.45-2.50.31692500.24834255X-RAY DIFFRACTION99
2.5-2.560.31362210.2454307X-RAY DIFFRACTION99
2.56-2.630.32711910.25974322X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.70.31972190.24194332X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.780.33682050.22754311X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.870.25952290.20414331X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.970.28622150.20154332X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.090.28172050.19734336X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.230.27122370.18884330X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.40.23072540.17274291X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.610.20442310.14644321X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.890.17812510.13764310X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.280.18032420.12534322X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.90.18032610.12264323X-RAY DIFFRACTION100
4.9-6.180.19162290.14974332X-RAY DIFFRACTION100
6.18-79.890.18692670.1654402X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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