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- PDB-8e2q: Crystal structure of TadAC-1.17 in a complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e2q
タイトルCrystal structure of TadAC-1.17 in a complex with ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
  • tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / deaminase (脱アミノ) / ssDNA (デオキシリボ核酸) / TadAC / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
MafB19-like deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / tRNA-specific adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Lee, S.J. / Ciaramella, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Improved cytosine base editors generated from TadA variants.
著者: Lam, D.K. / Feliciano, P.R. / Arif, A. / Bohnuud, T. / Fernandez, T.P. / Gehrke, J.M. / Grayson, P. / Lee, K.D. / Ortega, M.A. / Sawyer, C. / Schwaegerle, N.D. / Peraro, L. / Young, L. / Lee, ...著者: Lam, D.K. / Feliciano, P.R. / Arif, A. / Bohnuud, T. / Fernandez, T.P. / Gehrke, J.M. / Grayson, P. / Lee, K.D. / Ortega, M.A. / Sawyer, C. / Schwaegerle, N.D. / Peraro, L. / Young, L. / Lee, S.J. / Ciaramella, G. / Gaudelli, N.M.
履歴
登録2022年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
B: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
C: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
D: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,58715
ポリマ－91,0498
非ポリマー5387
水2,360131
1
A: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
B: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7477
ポリマ－45,5254
非ポリマー2233
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
2
C: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
D: tRNA-specific adenosine deaminase 1.17
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8408
ポリマ－45,5254
非ポリマー3154
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.930, 85.930, 224.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...
21(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...
31(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...
41(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...
12(chain E and resid 4 through 13)
22(chain G and resid 4 through 13)
32(chain H and resid 4 through 13)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PHEPHEMETMET(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA6 - 126 - 12
121HISHISILEILE(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA14 - 6014 - 60
131ALAALALEULEU(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA62 - 6362 - 63
141GLNGLNSERSER(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA65 - 9765 - 97
151ARGARGARGARG(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA9898
161VALVALASNASN(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA4 - 1574 - 157
171VALVALASNASN(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA4 - 1574 - 157
181VALVALASNASN(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA4 - 1574 - 157
191VALVALASNASN(chain A and (resid 6 through 12 or resid 14...AA4 - 1574 - 157
211PHEPHEMETMET(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB6 - 126 - 12
221HISHISLYSLYS(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB14 - 2014 - 20
231ARGARGALAALA(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB21 - 2221 - 22
241SERSERLYSLYS(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB2 - 1612 - 161
251SERSERLYSLYS(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB2 - 1612 - 161
261SERSERLYSLYS(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB2 - 1612 - 161
271SERSERLYSLYS(chain B and (resid 6 through 12 or resid 14...BB2 - 1612 - 161
311PHEPHEMETMET(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC6 - 126 - 12
321HISHISLYSLYS(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC14 - 2014 - 20
331ARGARGALAALA(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC21 - 2221 - 22
341VALVALGOLGOL(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC - L4 - 2014
351VALVALGOLGOL(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC - L4 - 2014
361VALVALGOLGOL(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC - L4 - 2014
371VALVALGOLGOL(chain C and (resid 6 through 12 or resid 14...CC - L4 - 2014
411PHEPHEMETMET(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD6 - 126 - 12
421HISHISLYSLYS(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD14 - 2014 - 20
431ARGARGALAALA(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD21 - 2221 - 22
441GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD3 - 1563 - 156
451GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD3 - 1563 - 156
461GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD3 - 1563 - 156
471GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 6 through 12 or resid 14...DD3 - 1563 - 156
112DCDCDADA(chain E and resid 4 through 13)EE4 - 134 - 13
212DCDCDADA(chain G and resid 4 through 13)GG4 - 134 - 13
312DCDCDADA(chain H and resid 4 through 13)HH4 - 134 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
tRNA-specific adenosine deaminase 1.17


分子量: 18765.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tadA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8T8U5, tRNA(adenine34) deaminase
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 3996.587 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3,350, tacsimate pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.28
反射解像度: 2.34→62.03 Å / Num. obs: 41554 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Num. unique obs: 3041 / CC1/2: 0.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8E2P

8e2p


解像度: 2.34→62.03 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 224.59 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 2085 5.02 %
Rwork0.169 39410 -
obs0.1802 41494 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.43 Å2 / Biso mean: 43.1387 Å2 / Biso min: 18.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→62.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4817 970 22 131 5940
Biso mean--46.71 44.45 -
残基数----668
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1696X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
12B1696X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
13C1696X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
14D1696X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
21E276X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
22G276X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
23H276X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.34-2.390.32361680.27642560272894
2.39-2.450.32971220.27712609273196
2.45-2.520.28831350.2782589272495
2.52-2.590.32951660.27042534270094
2.6-2.680.28311400.26382597273795
2.68-2.770.29081170.25972620273796
2.77-2.890.30241380.23712578271695
2.89-3.020.28441210.22352610273195
3.02-3.180.23871690.20782606277594
3.18-3.370.21841290.19232600272995
3.37-3.640.2261360.17282640277695
3.64-40.17981220.15212644276696
4-4.580.17881240.13492687281196
4.58-5.770.19371030.13132745284896
5.77-62.030.15451940.14342791298593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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