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- PDB-8e23: Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+23
タイトルHuman DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*C*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
  • DNA polymerase theta
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA polymerase theta / inhibitor / allosteric / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / base-excision repair / protein homooligomerization / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / DNA helicase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-UAF / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Mader, P. / Pau, V.P.T. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN 143277 カナダ
Other private
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of RP-6685 , an Orally Bioavailable Compound that Inhibits the DNA Polymerase Activity of Pol theta.
著者: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. ...著者: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. / Duffy, N.M. / Godbout, C. / Casas-Selves, M. / Falgueyret, J.P. / Baruah, P.S. / Nicolas, O. / Stocco, R. / Poirier, H. / Martino, G. / Fortin, A.B. / Roulston, A. / Chefson, A. / Dorich, S. / St-Onge, M. / Patel, P. / Pellerin, C. / Ciblat, S. / Pinter, T. / Barabe, F. / El Bakkouri, M. / Parikh, P. / Gervais, C. / Sfeir, A. / Mamane, Y. / Morris, S.J. / Black, W.C. / Sicheri, F. / Gallant, M.
#1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of Lead RP-6685: an orally bioavailable compound that inhibits the DNA polymerase activity of Pol Theta
著者: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. ...著者: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. / Duffy, N.M. / Godbout, C. / Casas-Selves, M. / Falgueyret, J.P. / Baruah, P.S. / Nicolas, O. / Stocco, R. / Poirier, H. / Martino, J. / Fortin, A.B. / Chefson, A. / Dorich, S. / St-Onge, M. / Patel, P. / Pellerin, C. / Ciblat, S. / Pinter, T. / Barabe, F. / El Bakkouri, M. / Parikh, P. / Gervais, C. / Mamane, Y. / Morris, S.J. / Black, C.W. / Sicheri, F. / Gallant, M.
履歴
登録2022年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase theta
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*C*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
D: DNA polymerase theta
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*C*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,08011
ポリマ－168,7126
非ポリマー1,3685
水1,63991
1
A: DNA polymerase theta
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*C*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2096
ポリマ－84,3563
非ポリマー8533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30230 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase theta
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*C*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8725
ポリマ－84,3563
非ポリマー5152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)246.850, 69.320, 147.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase theta / DNA polymerase eta


分子量: 75200.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLQ, POLH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75417, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5157.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*C*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3998.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 96分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 化合物 ChemComp-UAF / N-methyl-N-phenyl[(3aM)-3-(trifluoromethyl)cyclopenta[c]pyrazol-2(1H)-yl]ethanethioamide


分子量: 337.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F3N3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→73.53 Å / Num. obs: 65106 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 1.749 % / Biso Wilson estimate: 75.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.842 / Net I/σ(I): 8.45 / Num. measured all: 211027
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.59-2.741.750.8180.823409420760194800.4131.12993.8
2.74-2.931.7450.4541.593270319599187420.6930.62895.6
2.93-3.171.7560.2662.83094018278176180.8730.36896.4
3.17-3.471.7230.1315.642730616770158460.9630.18194.5
3.47-3.881.7810.0759.962534615206142330.9870.10593.6
3.88-4.481.7450.04715.422102713302120500.9940.06590.6
4.48-5.481.7060.03619.791722111300100940.9950.05189.3
5.48-7.741.7890.03121.7514599878781600.9960.04492.9
7.74-73.531.7450.02129.317791482144640.9980.0392.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X0Q

4x0q


解像度: 2.59→73.53 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 1962 3.01 %
Rwork0.2468 63117 -
obs0.2482 65079 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 251.46 Å2 / Biso mean: 104.1841 Å2 / Biso min: 38.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→73.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9458 928 85 91 10562
Biso mean--93.04 76.73 -
残基数----1286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.59-2.650.34871420.33914479462199
2.65-2.730.37121580.313945064664100
2.73-2.810.37291370.31184479461699
2.81-2.90.35421320.32664550468299
2.9-30.39721390.332244784617100
3-3.120.35521540.310345054659100
3.12-3.260.33981300.28114508463899
3.26-3.440.32661400.26714534467499
3.44-3.650.28991450.2744498464399
3.65-3.930.27951360.23664485462198
3.93-4.330.2971320.2214494462698
4.33-4.950.26441400.21444434457496
4.95-6.240.2851390.24254527466698
6.24-73.530.25561380.21594640477898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9271-0.46390.10110.82210.41260.87360.02240.60850.00410.11560.31250.0352-0.06580.61520.00150.6459-0.06360.10450.9609-0.15770.566357.5412-14.531115.9636
21.476-0.14680.25891.68340.59792.52150.13310.1685-0.05790.03740.0786-0.2444-0.09530.82990.00250.4878-0.03540.03120.6068-0.12360.48453.0734-10.629133.3181
30.16040.51070.16342.29581.06050.3381-0.0218-0.01060.17840.26130.2641-0.00110.13190.28780.00010.94740.06130.09770.52180.00070.63938.7329.635946.0987
41.5739-0.1167-0.26281.89440.16742.3942-0.0001-0.06480.01920.13430.06340.2604-0.1206-0.121200.4958-0.06740.07530.3218-0.00230.538431.56850.553447.6924
50.0603-0.30810.11930.6762-0.1480.1217-0.1126-0.11370.50640.0621-0.0115-0.6639-0.79160.65770.07090.9261-0.42060.12010.83-0.17070.995949.334814.929751.6439
60.6644-0.1530.31930.1813-0.23670.5023-0.0222-0.3063-0.3149-0.780.2974-2.5978-0.60551.74090.26941.0614-0.39960.4391.2906-0.2411.793150.044817.537346.3744
72.8810.84362.61270.58140.1832.3766-0.2793-0.830.4928-0.1501-0.08090.1225-0.3436-0.524-0.13330.44760.1593-0.01940.8449-0.33880.573124.0519-24.5351-14.8377
81.604-0.21320.6537-0.0127-0.03980.9054-0.8937-0.04791.3821-0.44850.19810.4933-1.0594-0.0596-0.85991.23370.148-0.77260.6244-0.13061.486314.3528-4.4239-33.1102
90.5637-0.5665-0.31460.3317-0.05991.9319-0.2591-0.73680.6094-0.4302-0.31251.2993-1.05760.0611-0.9691.03210.2738-0.49520.944-0.63431.275118.4084-2.8341-8.7648
101.29830.12470.4646-0.01740.02390.1696-0.8254-0.76990.5384-0.28790.38440.5422-0.5331-1.17920.03481.04370.0382-0.35181.0339-0.20491.24399.501-22.3324-32.7795
110.34390.7185-0.49661.5713-1.19670.907-0.1429-1.0388-0.3538-0.1870.0353-0.83020.1043-0.2683-0.25311.06810.6168-0.51741.6954-0.80211.71726.2908-22.1507-29.2406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1824 through 1951 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1952 through 2095 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2096 through 2221 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2222 through 2590 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 3 through 13 )C3 - 13
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1821 through 2313 )D0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 2314 through 2493 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 2494 through 2590 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 12 )E1 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 6 through 13 )F6 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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