+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8.0E+23 | |||||||||
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Title | Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA polymerase theta / inhibitor / allosteric / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / base-excision repair / protein homooligomerization / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / DNA helicase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59 Å | |||||||||
Authors | Mader, P. / Pau, V.P.T. / Sicheri, F. | |||||||||
Funding support | Canada, 2items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2022 Title: Identification of RP-6685 , an Orally Bioavailable Compound that Inhibits the DNA Polymerase Activity of Pol theta. Authors: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. ...Authors: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. / Duffy, N.M. / Godbout, C. / Casas-Selves, M. / Falgueyret, J.P. / Baruah, P.S. / Nicolas, O. / Stocco, R. / Poirier, H. / Martino, G. / Fortin, A.B. / Roulston, A. / Chefson, A. / Dorich, S. / St-Onge, M. / Patel, P. / Pellerin, C. / Ciblat, S. / Pinter, T. / Barabe, F. / El Bakkouri, M. / Parikh, P. / Gervais, C. / Sfeir, A. / Mamane, Y. / Morris, S.J. / Black, W.C. / Sicheri, F. / Gallant, M. #1: Journal: J. Med. Chem. / Year: 2022 Title: Identification of Lead RP-6685: an orally bioavailable compound that inhibits the DNA polymerase activity of Pol Theta Authors: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. ...Authors: Bubenik, M. / Mader, P. / Mochirian, P. / Vallee, F. / Clark, J. / Truchon, J.F. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Kurinov, I. / Zahn, K.E. / Leclaire, M.E. / Papp, R. / Mathieu, M.C. / Hamel, M. / Duffy, N.M. / Godbout, C. / Casas-Selves, M. / Falgueyret, J.P. / Baruah, P.S. / Nicolas, O. / Stocco, R. / Poirier, H. / Martino, J. / Fortin, A.B. / Chefson, A. / Dorich, S. / St-Onge, M. / Patel, P. / Pellerin, C. / Ciblat, S. / Pinter, T. / Barabe, F. / El Bakkouri, M. / Parikh, P. / Gervais, C. / Mamane, Y. / Morris, S.J. / Black, C.W. / Sicheri, F. / Gallant, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8e23.cif.gz | 560.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8e23.ent.gz | 452.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8e23.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8e23_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8e23_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 8e23_validation.xml.gz | 45.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8e23_validation.cif.gz | 62.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/8e23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/8e23 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8e24C 4x0qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 75200.070 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: POLQ, POLH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O75417, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 5157.351 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 3998.595 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 96 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-UAF / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 11, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→73.53 Å / Num. obs: 65106 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 1.749 % / Biso Wilson estimate: 75.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.842 / Net I/σ(I): 8.45 / Num. measured all: 211027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4X0Q Resolution: 2.59→73.53 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 251.46 Å2 / Biso mean: 104.1841 Å2 / Biso min: 38.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.59→73.53 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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