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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e1z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium falciparum ookinete surface antigen Pfs28 | ||||||
![]() | Ookinete surface protein Pfs28 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Transmission blocking vaccine | ||||||
機能・相同性 | Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain / cell surface / membrane / Ookinete surface protein Pfs28![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shukla, N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of Plasmodium falciparum ookinete surface antigen Pfs28 relevant for malaria vaccine design. 著者: Shukla, N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20335.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pHL-Sec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5M ammonium sulfate and 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→34.59 Å / Num. obs: 15434 / % possible obs: 97.73 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.47 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1181 / Rpim(I) all: 0.07575 / Rrim(I) all: 0.1408 / Net I/σ(I): 7.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 1579 / CC1/2: 0.772 / CC star: 0.933 / Rpim(I) all: 0.4288 / Rrim(I) all: 0.8032 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AF-Q8IJ96-F1 解像度: 2.3→34.59 Å / SU ML: 0.3195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 31.5329 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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