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- PDB-8e1s: Asp1 kinase in complex with ADPNP Mn IP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1s
タイトルAsp1 kinase in complex with ADPNP Mn IP6
要素Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Inositol pyrophosphosphate IPP kinase Fission yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity ...regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate catabolic process / inositol phosphate metabolic process / signaling / inositol phosphate biosynthetic process / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol metabolic process / mitotic spindle assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cytoskeleton / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatase, VIP1 family / VIP1, N-terminal / Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 N-terminal domain / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Goldgur, Y. / Shuman, S. / Benjamin, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structures of Fission Yeast Inositol Pyrophosphate Kinase Asp1 in Ligand-Free, Substrate-Bound, and Product-Bound States.
著者: Benjamin, B. / Goldgur, Y. / Jork, N. / Jessen, H.J. / Schwer, B. / Shuman, S.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
B: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9926
ポリマ－76,7162
非ポリマー1,2764
水13,061725
1
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6345
ポリマ－38,3581
非ポリマー1,2764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3581
ポリマ－38,3581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.076, 87.775, 86.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase / Cortical actin cytoskeleton protein asp1 / InsP6 and PP-IP5 kinase


分子量: 38357.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: asp1, vip1, SPCC1672.06c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O74429, diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris (pH 5.9), 0.025 M NH4OAc, and 17% PEG 10,000
Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 75427 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 2.181 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 313795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.71-1.743.40.63526640.6010.380.7441.27669.8
1.74-1.773.90.59138200.6790.3350.6831.39499.2
1.77-1.814.20.50738260.7760.2780.581.44699.1
1.81-1.844.30.43338400.8560.2330.4931.49299.2
1.84-1.884.40.37337730.8790.20.4251.64599.1
1.88-1.934.40.30638760.9070.1650.3481.76299.2
1.93-1.974.30.25237660.940.1360.2871.91199.3
1.97-2.034.20.21538100.9510.1180.2462.04299
2.03-2.0940.18138570.9590.1020.2092.25299.2
2.09-2.153.80.14537290.9730.0850.1692.33197.5
2.15-2.234.20.1338250.9780.0720.152.699.3
2.23-2.324.40.11738450.9850.0630.1342.63199.4
2.32-2.434.40.10338050.9880.0560.1172.65599.3
2.43-2.554.30.08838550.9890.0480.12.67799.4
2.55-2.714.20.07638420.9920.0420.0872.7899.5
2.71-2.9240.06338290.9930.0360.0732.80899.1
2.92-3.223.80.05137990.9950.030.062.77697.9
3.22-3.684.30.04238550.9970.0220.0482.699.5
3.68-4.644.30.03438730.9980.0190.0392.3399.7
4.64-504.20.02939380.9980.0160.0331.87199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8E1H

8e1h


解像度: 1.72→47.9 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 2028 2.69 %
Rwork0.1761 73364 -
obs0.1769 75392 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.61 Å2 / Biso mean: 27.427 Å2 / Biso min: 12.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5198 0 105 725 6028
Biso mean--33.95 35.87 -
残基数----647
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.760.33731340.30155150528497
1.76-1.810.28611540.24335164531899
1.81-1.860.27771420.21335260540299
1.86-1.920.22791520.19555255540799
1.92-1.990.24231250.19645212533799
1.99-2.070.22121470.18715221536899
2.07-2.160.20331500.17465183533398
2.16-2.270.2071370.16675285542299
2.27-2.420.22721510.17525217536899
2.42-2.60.21471410.17935260540199
2.6-2.870.19181540.17675289544399
2.87-3.280.19211450.17135185533098
3.28-4.130.18231490.152753145463100
4.13-47.90.18661470.16785369551699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3908-0.1375-0.12110.2292-0.08740.1838-0.01680.0266-0.58240.21870.0442-0.2760.4108-0.00340.00030.3175-0.01090.04170.22040.01090.345115.3789-34.54365.8939
20.4719-0.001-0.44390.49620.04120.5614-0.0250.05090.0411-0.1770.0583-0.26170.00570.047-00.18430.00820.05050.1651-0.00640.275522.6456-22.07951.2659
30.27220.0781-0.17241.07050.22641.07480.0089-0.0292-0.0137-0.01520.0193-0.0241-0.1129-0.080700.13580.03630.00150.1610.0160.14387.4937-5.270814.597
40.55380.05780.12080.5668-0.11390.3424-0.0431-0.0284-0.1364-0.05310.0390.09960.093-0.21160.00010.1943-0.03120.0150.19620.00520.20923.9194-24.49926.9688
50.74920.1418-0.0561.41590.26550.8781-0.0276-0.04010.12080.01720.0120.0455-0.24190.064900.2167-0.041-0.03730.16580.00720.169128.1939-24.735537.9792
60.5577-0.1298-0.58710.60810.44620.9510.0251-0.0085-0.0333-0.07480.0252-0.0167-0.02030.0573-00.1261-0.0215-0.01920.151-0.00410.144544.7738-48.084226.4658
70.2388-0.0166-0.01110.25260.11640.17890.11330.2053-0.0319-0.10820.0212-0.148-0.3059-0.24760.00460.2078-0.0366-0.02480.2921-0.02010.257519.3005-46.751225.7618
80.73750.350.05550.53270.30240.2979-0.008-0.0318-0.04620.0258-0.0090.10980.0206-0.007900.1453-0.0282-0.01790.1912-0.00370.192423.1562-42.303434.2474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 68 )A31 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 122 )A69 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 325 )A123 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 326 through 362 )A326 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 122 )B33 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 123 through 264 )B123 - 264
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 265 through 299 )B265 - 299
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 300 through 362 )B300 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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