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- PDB-8e1o: Crystal structure of hTEAD2 bound to a methoxypyridine lipid pock... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1o
タイトルCrystal structure of hTEAD2 bound to a methoxypyridine lipid pocket binder
要素Transcriptional enhancer factor TEF-4
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Transcription factor inhibitor complex / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / embryonic organ development / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / disordered domain specific binding / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y2S / Transcriptional enhancer factor TEF-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Noland, C.L. / Dey, A. / Zbieg, J. / Crawford, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Targeting the Hippo pathway in cancers via ubiquitination dependent TEAD degradation
著者: Pham, T. / Pahuja, K. / Hagenbeek, T. / Zbieg, Z. / Noland, C.L. / Pham, V.C. / Yao, X. / Rose, C. / Browder, K. / Lee, H.J. / Yu, M. / Chu, M.L. / Martin, S. / Verschueren, E. / Li, J. / ...著者: Pham, T. / Pahuja, K. / Hagenbeek, T. / Zbieg, Z. / Noland, C.L. / Pham, V.C. / Yao, X. / Rose, C. / Browder, K. / Lee, H.J. / Yu, M. / Chu, M.L. / Martin, S. / Verschueren, E. / Li, J. / Kubala, M. / Fong, R. / Lorenzo, M. / Beroza, P. / Hsu, P. / Paul, S. / Villemure, E. / Lee, W. / Cheung, T. / Clausen, S. / Lacap, J. / Liang, Y. / Schmidt, S. / Modrusan, Z. / Cohen, M. / Crawford, J. / Jasper, H. / Ashworth, A. / Lill, J.R. / Malek, S. / Rudolph, J. / Wertz, I. / Chang, M. / Ye, X. / Dey, A.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1315
ポリマ－57,0302
非ポリマー1,1013
水39622
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1273
ポリマ－28,5151
非ポリマー6122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0052
ポリマ－28,5151
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.150, 62.069, 79.856
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2


分子量: 28515.121 Da / 分子数: 2 / 変異: UNP residues 217-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-Y2S / 5-methoxy-N-({3-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]phenyl}methyl)-4-{(E)-2-[trans-4-(trifluoromethyl)cyclohexyl]ethenyl}pyridine-2-carboxamide


分子量: 489.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30F3N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM potassium/sodium tartrate, pH 6.5, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→70.89 Å / Num. obs: 14901 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.55 Å / Num. unique obs: 745 / CC1/2: 0.643

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMV

5emv


解像度: 2.25→70.89 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 713 4.79 %
Rwork0.2003 14186 -
obs0.2026 14899 58.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.2 Å2 / Biso mean: 46.6802 Å2 / Biso min: 22.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→70.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 78 22 3275
Biso mean--39.24 38.81 -
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7294522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.791170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.420.3516170.3586273X-RAY DIFFRACTION6
2.43-2.670.3459550.29871074X-RAY DIFFRACTION22
2.67-3.060.30611620.29093148X-RAY DIFFRACTION66
3.06-3.850.28862270.20744817X-RAY DIFFRACTION99
3.85-70.890.20642520.17054874X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59170.2626-0.63654.681-0.43022.13330.5153-0.4329-0.0607-0.0598-0.2978-0.09620.6516-0.66310.00160.3301-0.04040.00360.5003-0.03710.06-36.9002-21.418926.0289
22.83120.47652.25381.44131.74942.4497-0.20620.3872-0.0012-0.18490.1875-0.5217-0.01280.875600.35280.00550.01450.55210.03750.4704-22.9885-16.440819.1943
32.931-0.2518-1.25731.2489-1.22591.89140.0527-0.29230.1891-0.203-0.1912-0.10130.0694-0.1612-0.00230.37110.10070.00610.1987-0.01730.2261-33.057-18.21323.4994
41.3960.46820.34340.97030.29081.095-0.2432-0.1870.3656-0.3237-0.4140.2206-0.85480.1595-0.03840.38620.1911-0.10330.3383-0.02230.473-32.2731-6.290520.2049
53.65250.33780.0131.5232-0.58182.7626-0.0818-0.3420.2345-0.0618-0.101-0.0413-0.0856-0.4659-0.00240.29580.11450.02520.27240.02710.2929-34.3305-14.851318.3815
67.98244.03173.31795.87612.03164.9683-0.33190.8797-0.0928-0.41340.5991-0.23060.49920.80510.18490.53580.2162-0.08790.24220.08330.2864-27.1608-26.592416.7567
73.8131-0.7971-1.80983.7195-3.0792.3219-0.09660.6691-0.2636-0.02950.66850.8258-0.1827-0.42970.0030.36390.04730.05730.57530.0710.5279-42.474813.867720.2863
82.2224-0.0573-1.76572.0777-1.8265.91390.0179-0.3551-0.17550.13830.2560.2395-0.13930.23270.00480.29990.0492-0.01040.23840.05570.3891-36.612211.715720.9668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 217 through 248 )A217 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 249 through 293 )A249 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 294 through 339 )A294 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 340 through 362 )A340 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 363 through 430 )A363 - 430
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 431 through 446 )A431 - 446
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 222 through 293 )B222 - 293
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 294 through 446 )B294 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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