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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e1l | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96oCNF M100N construct | |||||||||
![]() | Photoactive yellow protein | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kirsh, J.M. / Weaver, J.B. / Boxer, S.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Protic and Aprotic Interactions Systematically Perturbed and Mapped via MD and IR Spectroscopy 著者: Kirsh, J.M. / Kozuch, J. / Weaver, J.B. / Boxer, S.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dzuC ![]() 8dzxC ![]() 8dzyC ![]() 8e02C ![]() 8e03C ![]() 8e09C ![]() 8e1kC ![]() 1nwzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13896.492 Da / 分子数: 1 / 変異: M100N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pyp 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P16113 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HC4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 mM potassium phosphate, pH 6.0, 1 M NaCl; 2.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7126 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→33.22 Å / Num. obs: 31397 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 41.4 % / Biso Wilson estimate: 11.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 1299513 / Scaling rejects: 51 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 3.254 / Num. measured all: 31725 / Num. unique obs: 1136 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.61 / Rrim(I) all: 3.316 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 72.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1NWZ 解像度: 1.2→33.13 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.62 Å2 / Biso mean: 15.73 Å2 / Biso min: 7.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→33.13 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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