[日本語] English
万見
- PDB-8e1g: SARS-CoV-2 RBD in complex with Omicron-neutralizing antibody 2A10 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1g
タイトルSARS-CoV-2 RBD in complex with Omicron-neutralizing antibody 2A10
要素
  • 2A10 Fab, heavy chain
  • 2A10 Fab, light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / antibody / neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Wasserman, H. / Hastie, K.M. / Buck, T.K. / Saphire, E.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Potent Omicron-neutralizing antibodies isolated from a patient vaccinated 6 months before Omicron emergence.
著者: Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth ...著者: Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth Kim / Kristen M Valentine / Sujan Shresta / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly ...Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly emergent strains of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), particularly those of the Omicron lineage. Here, we report the identification of a panel of vaccinee-derived antibodies that have broad-spectrum neutralization activity. Structural and biochemical characterization of the three broadest-spectrum antibodies reveal complementary footprints and differing requirements for avidity to overcome variant-associated mutations in their binding footprints. In the K18 mouse model of infection, these three antibodies exhibit protective efficacy against BA.1 and BA.2 infection. This study highlights the resilience and vulnerabilities of SARS-CoV-2 antibodies and provides road maps for further development of broad-spectrum therapeutics.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: 2A10 Fab, heavy chain
V: 2A10 Fab, heavy chain
L: 2A10 Fab, light chain
T: 2A10 Fab, light chain
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3458
ポリマ－157,9026
非ポリマー4422
水00
1
H: 2A10 Fab, heavy chain
L: 2A10 Fab, light chain
A: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1724
ポリマ－78,9513
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
V: 2A10 Fab, heavy chain
T: 2A10 Fab, light chain
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1724
ポリマ－78,9513
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.896, 117.944, 150.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: 抗体 2A10 Fab, heavy chain


分子量: 24003.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 2A10 Fab, light chain


分子量: 23421.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 31525.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 uL 7.4 mg/mL protein; 1 uL 23%w/v PEG 3350, 230 mM Ammonium fluoride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日
放射モノクロメーター: CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→92.79 Å / Num. obs: 58806 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 56.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2888 / CC1/2: 0.789 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.2-preモデル構築
autoPROC1.1.7data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XE1

6xe1


解像度: 2.57→9.99 Å / SU ML: 0.3547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 2808 4.87 %
Rwork0.1959 54895 -
obs0.1983 57703 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10157 0 28 0 10185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008210429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953214184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05361575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.54331433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.610.37391440.29422693X-RAY DIFFRACTION99.58
2.61-2.660.33261420.27172704X-RAY DIFFRACTION99.41
2.66-2.710.3071240.27092745X-RAY DIFFRACTION99.86
2.71-2.760.33671420.262722X-RAY DIFFRACTION99.62
2.76-2.820.29771620.24772691X-RAY DIFFRACTION99.79
2.82-2.880.33581440.25672728X-RAY DIFFRACTION99.79
2.88-2.950.30191500.25492734X-RAY DIFFRACTION99.93
2.95-3.030.34071220.26072771X-RAY DIFFRACTION99.83
3.03-3.120.3441180.25492740X-RAY DIFFRACTION99.79
3.12-3.220.30281490.2532649X-RAY DIFFRACTION96.78
3.22-3.330.38171360.25292754X-RAY DIFFRACTION99.9
3.33-3.450.31781270.24352757X-RAY DIFFRACTION99.9
3.45-3.60.23961400.21662743X-RAY DIFFRACTION99.83
3.6-3.780.22181370.20482772X-RAY DIFFRACTION99.79
3.78-4.010.24261480.17832754X-RAY DIFFRACTION99.9
4.01-4.290.19371160.15972806X-RAY DIFFRACTION99.9
4.29-4.680.16851450.13542724X-RAY DIFFRACTION97.55
4.68-5.270.1891590.14142748X-RAY DIFFRACTION99.42
5.27-6.350.21651390.16332842X-RAY DIFFRACTION99.83
6.35-9.990.18851640.16032818X-RAY DIFFRACTION98.25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る