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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+19 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TnmK1 complexed with TNM H | ||||||
要素 | Secreted hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / SUCCINIC ACID / Chem-U8L / Secreted hydrolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y.-C. / Gui, C. / Shen, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Intramolecular C-C Bond Formation Links Anthraquinone and Enediyne Scaffolds in Tiancimycin Biosynthesis. 著者: Gui, C. / Kalkreuter, E. / Liu, Y.C. / Adhikari, A. / Teijaro, C.N. / Yang, D. / Chang, C. / Shen, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e19.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e19.ent.gz | 84.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e19_validation.pdf.gz | 844.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e19_full_validation.pdf.gz | 849 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8e19_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e19_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e19 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e18SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52201.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) 遺伝子: tnmK1, AMK26_32035 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A125SA14 |
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#2: 化合物 | ChemComp-U8L / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#4: 化合物 | ChemComp-SIN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 1.0 M succinic acid, pH 7.0, and 1% w/v PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 31893 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.06 Å / Num. unique obs: 1569 / CC1/2: 0.728 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 8.0E+18 / 解像度: 2.03→29.55 Å / SU ML: 0.2103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.6859 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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