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万見
- PDB-8e09: Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96oCNF M1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8000000000
タイトルCrystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96oCNF M100E construct
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.01 Å
データ登録者Kirsh, J.M. / Weaver, J.B. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R35GM11804406 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1915727 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protic and Aprotic Interactions Systematically Perturbed and Mapped via MD and IR Spectroscopy
著者: Kirsh, J.M. / Kozuch, J. / Weaver, J.B. / Boxer, S.G.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0762
ポリマ－13,9121
非ポリマー1641
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.206, 66.206, 40.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 13911.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 mM potassium phosphate, pH 6.0, 1 M NaCl; 2.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.7126 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.01→40.61 Å / Num. obs: 53507 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 40.9 % / Biso Wilson estimate: 8.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 2188124 / Scaling rejects: 1124
反射 シェル解像度: 1.01→1.02 Å / 冗長度: 26.1 % / Rmerge(I) obs: 3.137 / Num. measured all: 56554 / Num. unique obs: 2164 / CC1/2: 0.549 / Rpim(I) all: 0.606 / Rrim(I) all: 3.199 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NWZ

1nwz


解像度: 1.01→33.1 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.164 2682 5.02 %
Rwork0.146 50728 -
obs0.147 53410 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 48.83 Å2 / Biso mean: 13.66 Å2 / Biso min: 3.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.01→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 11 102 1084
Biso mean--8.28 20.14 -
残基数----124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.01-1.020.29471100.27252143225380
1.02-1.040.24331430.233626772820100
1.04-1.060.20471430.184526942837100
1.06-1.090.1671370.163426612798100
1.09-1.110.19321410.155726742815100
1.11-1.140.17191440.145827202864100
1.14-1.170.14751420.131626802822100
1.17-1.210.15771430.120326992842100
1.21-1.240.14351350.116326722807100
1.24-1.290.14871460.120226952841100
1.29-1.340.16471420.120226962838100
1.34-1.40.15271450.127626962841100
1.4-1.480.16891400.127526872827100
1.48-1.570.1391460.124327012847100
1.57-1.690.13641440.127127172861100
1.69-1.860.15521400.142526812821100
1.86-2.130.15291500.139827252875100
2.13-2.680.17311440.163727352879100
2.68-33.10.17431470.157127752922100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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