+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dzy | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96oCNF I49T construct | |||||||||
要素 | Photoactive yellow protein | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Weaver, J.B. / Kirsh, J.M. / Boxer, S.G. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Protic and Aprotic Interactions Systematically Perturbed and Mapped via MD and IR Spectroscopy 著者: Kirsh, J.M. / Kozuch, J. / Weaver, J.B. / Boxer, S.G. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dzy.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8dzy.ent.gz | 56.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dzy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dzy_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8dzy_full_validation.pdf.gz | 445.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dzy_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dzy_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dzy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dzuC 8dzxC 8e02C 8e03C 8e09C 8e1kC 8e1lC 1nwzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13901.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 遺伝子: pyp 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌) 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P16113 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HC4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 mM potassium phosphate, pH 6.0, 1 M NaCl; 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.7126 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7126 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.01→33.28 Å / Num. obs: 51998 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 40.9 % / Biso Wilson estimate: 8.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 2126009 / Scaling rejects: 124 |
反射 シェル | 解像度: 1.01→1.03 Å / 冗長度: 22.7 % / Rmerge(I) obs: 2.793 / Num. measured all: 42087 / Num. unique obs: 1857 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.582 / Rrim(I) all: 2.858 / Net I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 70.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NWZ 解像度: 1.01→33.28 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.77 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.41 Å2 / Biso mean: 13.42 Å2 / Biso min: 4.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.01→33.28 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
|