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万見
- PDB-8dzs: GR89,696 bound Kappa Opioid Receptor in complex with Gz -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dzs
タイトルGR89,696 bound Kappa Opioid Receptor in complex with Gz
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Kappa-type opioid receptor
  • ScFv16 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Kappa opioid receptor / G protein
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase inhibitor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / dynorphin receptor activity ...adenylate cyclase inhibitor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / dynorphin receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / maternal behavior / conditioned place preference / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / T-tubule / sensory perception of pain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / response to nicotine / G protein-coupled receptor binding / cellular response to glucose stimulus / response to insulin / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / synaptic vesicle membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / response to estrogen / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / nuclear envelope / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell body / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / defense response to virus / G alpha (q) signalling events / perikaryon / postsynaptic membrane / response to ethanol / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U9I / Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha / Kappa-type opioid receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Fay, J.F. / Che, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143061 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Ligand and G-protein selectivity in the κ-opioid receptor.
著者: Jianming Han / Jingying Zhang / Antonina L Nazarova / Sarah M Bernhard / Brian E Krumm / Lei Zhao / Jordy Homing Lam / Vipin A Rangari / Susruta Majumdar / David E Nichols / Vsevolod Katritch ...著者: Jianming Han / Jingying Zhang / Antonina L Nazarova / Sarah M Bernhard / Brian E Krumm / Lei Zhao / Jordy Homing Lam / Vipin A Rangari / Susruta Majumdar / David E Nichols / Vsevolod Katritch / Peng Yuan / Jonathan F Fay / Tao Che /
要旨: The κ-opioid receptor (KOR) represents a highly desirable therapeutic target for treating not only pain but also addiction and affective disorders. However, the development of KOR analgesics has ...The κ-opioid receptor (KOR) represents a highly desirable therapeutic target for treating not only pain but also addiction and affective disorders. However, the development of KOR analgesics has been hindered by the associated hallucinogenic side effects. The initiation of KOR signalling requires the G-family proteins including the conventional (G, G, G, G and G) and nonconventional (G and G) subtypes. How hallucinogens exert their actions through KOR and how KOR determines G-protein subtype selectivity are not well understood. Here we determined the active-state structures of KOR in a complex with multiple G-protein heterotrimers-G, G, G and G-using cryo-electron microscopy. The KOR-G-protein complexes are bound to hallucinogenic salvinorins or highly selective KOR agonists. Comparisons of these structures reveal molecular determinants critical for KOR-G-protein interactions as well as key elements governing G-family subtype selectivity and KOR ligand selectivity. Furthermore, the four G-protein subtypes display an intrinsically different binding affinity and allosteric activity on agonist binding at KOR. These results provide insights into the actions of opioids and G-protein-coupling specificity at KOR and establish a foundation to examine the therapeutic potential of pathway-selective agonists of KOR.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_image_recording / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image ..._em_admin.last_update / _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image / _em_image_recording.num_real_images / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-type opioid receptor
B: Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
D: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
E: ScFv16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0196
ポリマ－146,6055
非ポリマー4141
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 BCD

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha / G(x) alpha chain / Gz-alpha


分子量: 39849.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAZ
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P19086
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37285.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 3分子 AE

#1: タンパク質 Kappa-type opioid receptor / K-OR-1 / KOR-1


分子量: 34928.555 Da / 分子数: 1 / 変異: I135L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPRK1, OPRK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41145
#5: 抗体 ScFv16 protein


分子量: 26679.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#6: 化合物 ChemComp-U9I / methyl (3R)-4-[(3,4-dichlorophenyl)acetyl]-3-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]piperazine-1-carboxylate / (3R)-3β-[(ピロリジン-1-イル)メチル]-4-[(3,4-ジクロロフェニル)アセチル]ピペラジン-1-カルボ(以下略)


分子量: 414.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25Cl2N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GR89,696 bound Kappa Opioid Receptor in complex with Gz
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 43.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3529

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.2 / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 643193 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048406
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75311429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.6971191
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051357
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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